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- PDB-7qgg: Neuronal RNA granules are ribosome complexes stalled at the pre-t... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7qgg
タイトルNeuronal RNA granules are ribosome complexes stalled at the pre-translocation state
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 29
  • (60S ribosomal protein ...) x 38
  • (RNA (76-MER)) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 4
  • ALA-ALA-LYS-ALA
  • RNA (121-MER)
  • RNA (157-MER)
  • RNA (1872-MER)
  • RNA (4803-MER)
  • RNA (5'-D(P*()P*()P*()P*())-R(P*UP*UP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*()P*()P*()P*()P*()P*())-3')
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Rps16 protein
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
キーワードRIBOSOME / RNA granule / rat
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid dendritic cell activation / positive regulation of selenocysteine incorporation / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling ...regulation of myeloid dendritic cell activation / positive regulation of selenocysteine incorporation / Protein hydroxylation / mTORC1-mediated signalling / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Regulation of FZD by ubiquitination / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Fanconi Anemia Pathway / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Cyclin D associated events in G1 / Stabilization of p53 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interferon alpha/beta signaling / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of NF-kappa B signaling / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / NOD1/2 Signaling Pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / TCF dependent signaling in response to WNT / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Downregulation of ERBB2 signaling / Regulation of signaling by CBL / Ovarian tumor domain proteases / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Interleukin-1 signaling / cellular response to Thyroid stimulating hormone / Downregulation of ERBB4 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of MET activity / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Protein methylation / Regulation of PTEN localization / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Josephin domain DUBs / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Pexophagy / Stimuli-sensing channels / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / 5.8S rRNA binding / Metalloprotease DUBs / Regulation of necroptotic cell death / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e ...40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL38 / Ribosomal protein L19 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL38 / Ribosomal protein L19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ribosomal protein L37 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Ribosomal protein L37a / 40S ribosomal protein S25 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Ribosomal protein L15 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 40S ribosomal protein S16 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Pulk, A. / Kipper, K. / Mansour, A.
資金援助 Estonia, 3件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)IG 3911 Estonia
Estonian Research CouncilPSG87 Estonia
Estonian Research CouncilMOBTP44 Estonia
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Neuronal RNA granules are ribosome complexes stalled at the pre-translocation state.
著者: Kalle Kipper / Abbas Mansour / Arto Pulk /
要旨: The polarized cell morphology of neurons dictates many neuronal processes, including the axodendridic transport of specific mRNAs and subsequent translation. mRNAs together with ribosomes and RNA- ...The polarized cell morphology of neurons dictates many neuronal processes, including the axodendridic transport of specific mRNAs and subsequent translation. mRNAs together with ribosomes and RNA-binding proteins form RNA granules that are targeted to axodendrites for localized translation in neurons. It has been established that localized protein synthesis in neurons is essential for long-term memory formation, synaptic plasticity, and neurodegeneration. We have used proteomics and electron microscopy to characterize neuronal RNA granules (nRNAg) isolated from rat brain tissues or human neuroblastoma. We show that ribosome-containing RNA granules are morula-like structures when visualized by electron microscopy. Crosslinking-coupled mass-spectrometry identified a potential G3BP2 binding site on the ribosome near the eIF3d-binding site on the 40S ribosomal subunit. We used cryo-EM to resolve the structure of the ribosome-component of nRNAg. The cryo-EM reveals that predominant particles in nRNAg are 80S ribosomes, resembling the pre-translocation state where tRNA's are in the hybrid A/P and P/E site. We also describe a new kind of principal motion of the ribosome, which we call the rocking motion.
履歴
登録2021年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S2: RNA (1872-MER)
SA: 40S ribosomal protein SA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
SF: 40S ribosomal protein S5
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SK: 40S ribosomal protein S10
SL: 40S ribosomal protein S11
SP: 40S ribosomal protein S15
SQ: Rps16 protein
SR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S19
SU: 40S ribosomal protein S20
SV: 40S ribosomal protein S21
SX: 40S ribosomal protein S23
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sc: 40S ribosomal protein S28
Sd: 40S ribosomal protein S29
Sg: Receptor of activated protein C kinase 1
SC: 40S ribosomal protein S2
SG: 40S ribosomal protein S6
SJ: 40S ribosomal protein S9
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14
SW: 40S ribosomal protein S15a
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sb: 40S ribosomal protein S27
Se: Ubiquitin-like domain-containing protein
Sf: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
A: 60S ribosomal protein L8
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4
D: RNA (157-MER)
E: RNA (121-MER)
F: 60S ribosomal protein L5
G: 60S ribosomal protein L6
H: 60S ribosomal protein L7
I: 60S ribosomal protein L7a
J: 60S ribosomal protein L9
K: 60S ribosomal protein L10
L: 60S ribosomal protein L11
M: 60S ribosomal protein L13
N: 60S ribosomal protein L14
O: Ribosomal protein L15
P: 60S ribosomal protein L13a
Q: 60S ribosomal protein L17
R: 60S ribosomal protein L18
S: Ribosomal protein L19
T: 60S ribosomal protein L18a
U: 60S ribosomal protein L21
V: 60S ribosomal protein L22
W: 60S ribosomal protein L23
X: 60S ribosomal protein L24
Y: 60S ribosomal protein L23a
Z: 60S ribosomal protein L26
a: 60S ribosomal protein L27
b: 60S ribosomal protein L27a
c: 60S ribosomal protein L29
d: 60S ribosomal protein L30
e: 60S ribosomal protein L31
f: 60S ribosomal protein L32
g: 60S ribosomal protein L35a
h: 60S ribosomal protein L34
i: 60S ribosomal protein L35
j: 60S ribosomal protein L36
k: Ribosomal protein L37
l: 60S ribosomal protein L38
m: 60S ribosomal protein L39
n: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
o: 60S ribosomal protein L41
p: Ribosomal protein L36a
q: 60S ribosomal protein L37a
r: 60S ribosomal protein L28
t: RNA (4803-MER)
u: RNA (76-MER)
v: RNA (76-MER)
w: RNA (5'-D(P*()P*()P*()P*())-R(P*UP*UP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*()P*()P*()P*()P*()P*())-3')
Cz: 60S ribosomal protein L10a
y: ALA-ALA-LYS-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,778,137123
ポリマ－3,776,94284
非ポリマー1,19539
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 S2DEtuvw

#1: RNA鎖 RNA (1872-MER)


分子量: 604241.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#38: RNA鎖 RNA (157-MER)


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 57148
#39: RNA鎖 RNA (121-MER)


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 793860
#79: RNA鎖 RNA (4803-MER)


分子量: 1553954.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#80: RNA鎖 RNA (76-MER)


分子量: 24414.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: A/P and P/E tRNAs. For some reason it has united the two tRNAs into one molecule, although these are different molecules with different sequences. As the structure contains heterogeneous ...詳細: A/P and P/E tRNAs. For some reason it has united the two tRNAs into one molecule, although these are different molecules with different sequences. As the structure contains heterogeneous population of tRNAs then the identity of tRNA is unknown.
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 1851728667
#81: RNA鎖 RNA (76-MER)


分子量: 24436.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: A/P and P/E tRNAs. For some reason it has united the two tRNAs into one molecule, although these are different molecules with different sequences.As the structure contains heterogeneous ...詳細: A/P and P/E tRNAs. For some reason it has united the two tRNAs into one molecule, although these are different molecules with different sequences.As the structure contains heterogeneous population of tRNAs then the identity of tRNA is unknown.
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: GenBank: 1879656365
#82: RNA鎖 RNA (5'-D(P*()P*()P*()P*())-R(P*UP*UP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*()P*()P*()P*()P*()P*())-3')


分子量: 6360.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 SASBSDSESFSHSISKSLSPSRSSSTSUSVSXSaScSdSCSGSJSMSNSOSWSYSZSb

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32853.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P38983
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / V-fos transformation effector protein


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P49242
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26715.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
参照: UniProt: P62909, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62703
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5 / isoform CRA_b / Rps5 protein


分子量: 22943.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0BN81
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / S8


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62083
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62243
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 18951.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63326
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A8B8VW69
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2K6QL61
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15537.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P04644
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: H0WTR0
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16117.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P17074
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P60868
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9140.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P05765
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A340WVW7
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2K5LQY6
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A3M0JHZ8
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2J8WKD7
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 31283.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P27952
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62755
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A6J0B498
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14549.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63324
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A663F1C0
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 16288.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P13471
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2K5QKS6
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62850
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A6J3IG71
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A7J8BG50

-
タンパク質 , 5種, 5分子 SQSgSeSfn

#12: タンパク質 Rps16 protein


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5XFV9
#22: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2K6K8B0
#33: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2K6U587
#34: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 17990.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62982
#74: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P7R7

+
60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 ABCFGHIJKLMNPQRTUVWXYZabcdefgh...

#35: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A8B8VPA8
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / L4


分子量: 46238.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P21531
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1


分子量: 47363.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50878
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34522.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P09895
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140


分子量: 33644.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P21533
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 30399.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P05426
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62425
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21929.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P17077
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10


分子量: 24657.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PDV7
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62914
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24368.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P41123
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23393.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q63507
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23501.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Please keep residue Gly 13 as it is. The Mass-spectrometry data shows that leading razor peptide for this protein is Uniprot Q5RK10.
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5RK10
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21444.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A8J4KQ25
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21712.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P12001
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20778.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62718
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18624.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PDW2
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / RCG31311 / Ribosomal protein L22 / Ribosomal protein L22-like


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PDV8
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A3P9HH38
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: F2X267
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62752
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 17322.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P12749
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A851LWS6
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16661.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P18445
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / P23


分子量: 17374.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25886
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62890
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: G7NZE1
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62912
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12580.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P04646
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B2RZD4
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14595.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P17078
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Please keep the Gly 49 as it is. Mass-spectrometry data indicates that leading razor peptide is D4A1Q0.
由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A1A7W9T9
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A7N4PFJ2
#75: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62948
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L37a


分子量: 10299.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A6J2LF66
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15770.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: F7EPV5
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L10a


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62907

-
Ribosomal protein ... , 4種, 4分子 OSkp

#49: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: L8Y0W1
#53: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2J8KH59
#71: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A2Y9RW09
#76: タンパク質 Ribosomal protein L36a


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A7J7V6K8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 y

#84: タンパク質・ペプチド ALA-ALA-LYS-ALA


分子量: 360.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 47分子

#85: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#86: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#87: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived neuronal RNA granules.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#79, #82-#84 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Brain / Organelle: RNA granule / 組織: Cortex and hippocampus
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMpotassium acetateKOAc1
34 mMmagnesium acetateMgOAc1
40.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 10 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3644

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20_4444精密化
PHENIX1.20_4444精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
13RELION分類
14RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 499054
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62369 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6OLE

6ole


Accession code: 6OLE / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 69.49 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004234968
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7387345320
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.035642991
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005822020
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.78182916

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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