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- EMDB-13975: Neuronal RNA granules are ribosome complexes stalled at the pre-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13975
タイトルNeuronal RNA granules are ribosome complexes stalled at the pre-translocation state
マップデータRibosome structure from the intact RNA granules
試料
  • 複合体: Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived intact neuronal RNA granules.
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Pulk A
資金援助 Estonia, 3件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)IG 3911 Estonia
Estonian Research CouncilPSG87 Estonia
Estonian Research CouncilMOBTP44 Estonia
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Neuronal RNA granules are ribosome complexes stalled at the pre-translocation state.
著者: Kalle Kipper / Abbas Mansour / Arto Pulk /
要旨: The polarized cell morphology of neurons dictates many neuronal processes, including the axodendridic transport of specific mRNAs and subsequent translation. mRNAs together with ribosomes and RNA- ...The polarized cell morphology of neurons dictates many neuronal processes, including the axodendridic transport of specific mRNAs and subsequent translation. mRNAs together with ribosomes and RNA-binding proteins form RNA granules that are targeted to axodendrites for localized translation in neurons. It has been established that localized protein synthesis in neurons is essential for long-term memory formation, synaptic plasticity, and neurodegeneration. We have used proteomics and electron microscopy to characterize neuronal RNA granules (nRNAg) isolated from rat brain tissues or human neuroblastoma. We show that ribosome-containing RNA granules are morula-like structures when visualized by electron microscopy. Crosslinking-coupled mass-spectrometry identified a potential G3BP2 binding site on the ribosome near the eIF3d-binding site on the 40S ribosomal subunit. We used cryo-EM to resolve the structure of the ribosome-component of nRNAg. The cryo-EM reveals that predominant particles in nRNAg are 80S ribosomes, resembling the pre-translocation state where tRNA's are in the hybrid A/P and P/E site. We also describe a new kind of principal motion of the ribosome, which we call the rocking motion.
履歴
登録2021年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2022年9月21日-
現状2022年9月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13975.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ribosome structure from the intact RNA granules
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 234 pix.
= 379.08 Å		1.62 Å/pix.
x 234 pix.
= 379.08 Å		1.62 Å/pix.
x 234 pix.
= 379.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0588
最小 - 最大-0.2605123 - 0.45730248
平均 (標準偏差)0.0058582793 (±0.031516615)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ234234234
Spacing234234234
セルA=B=C: 379.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13975_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived intact n...

全体名称: Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived intact neuronal RNA granules.
要素
  • 複合体: Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived intact neuronal RNA granules.

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超分子 #1: Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived intact n...

超分子名称: Ribosome structure in the rat cortex-hippocampus derived intact neuronal RNA granules.
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#83
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Brain / 組織: Cortex and hippocampus / Organelle: RNA granule

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMKOAcpotassium acetate
4.0 mMMgOAcmagnesium acetate
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 30.0 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1144 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 176232
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0600

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 97082
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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