[日本語] English
万見
- PDB-7qg6: Co-crystal structure of UPF3A-RRM-NOPS-L with UPF2-MIF4GIII -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qg6
タイトルCo-crystal structure of UPF3A-RRM-NOPS-L with UPF2-MIF4GIII
要素
  • Regulator of nonsense transcripts 2
  • Regulator of nonsense transcripts 3A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / nonsense mediated mRNA decay neurological development x-linked intellectual disability up-frameshift proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / mRNA transport / animal organ regeneration / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / liver development ...negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / mRNA transport / animal organ regeneration / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / liver development / positive regulation of translation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / spermatogenesis / in utero embryonic development / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RNA-binding domain superfamily ...Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Regulator of nonsense transcripts 3A / Regulator of nonsense transcripts 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Powers, K.T. / Bufton, J.C. / Szeto, J.A. / Schaffitzel, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210701/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structures of nonsense-mediated mRNA decay factors UPF3B and UPF3A in complex with UPF2 reveal molecular basis for competitive binding and for neurodevelopmental disorder-causing mutation.
著者: Bufton, J.C. / Powers, K.T. / Szeto, J.A. / Toelzer, C. / Berger, I. / Schaffitzel, C.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Regulator of nonsense transcripts 3A
D: Regulator of nonsense transcripts 2
A: Regulator of nonsense transcripts 3A
B: Regulator of nonsense transcripts 2
E: Regulator of nonsense transcripts 3A
F: Regulator of nonsense transcripts 2
G: Regulator of nonsense transcripts 3A
H: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,97112
ポリマ－234,4868
非ポリマー4864
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, picomolar affinity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
2
C: Regulator of nonsense transcripts 3A
D: Regulator of nonsense transcripts 2
B: Regulator of nonsense transcripts 2
E: Regulator of nonsense transcripts 3A
F: Regulator of nonsense transcripts 2
G: Regulator of nonsense transcripts 3A
H: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,14211
ポリマ－213,6567
非ポリマー4864
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
3
C: Regulator of nonsense transcripts 3A
D: Regulator of nonsense transcripts 2
B: Regulator of nonsense transcripts 2
E: Regulator of nonsense transcripts 3A
F: Regulator of nonsense transcripts 2
G: Regulator of nonsense transcripts 3A
H: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,14211
ポリマ－213,6567
非ポリマー4864
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
4
C: Regulator of nonsense transcripts 3A
D: Regulator of nonsense transcripts 2
B: Regulator of nonsense transcripts 2
E: Regulator of nonsense transcripts 3A
F: Regulator of nonsense transcripts 2
G: Regulator of nonsense transcripts 3A
H: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,14211
ポリマ－213,6567
非ポリマー4864
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.677, 108.579, 119.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Regulator of nonsense transcripts 3A / Nonsense mRNA reducing factor 3A / Up-frameshift suppressor 3 homolog A / hUpf3


分子量: 20829.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPF3A, RENT3A, UPF3 / プラスミド: pPROEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H1J1
#2: タンパク質
Regulator of nonsense transcripts 2 / Up-frameshift suppressor 2 homolog / hUpf2


分子量: 37791.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPF2, KIAA1408, RENT2 / プラスミド: pPROEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAU5
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 % / 解説: cubic spinel
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Sodium HEPES pH 7.0 10% w/v PEG 4000 10% v/v 2-Propanol
Temp details: 20C

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
放射モノクロメーター: cPGM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→65.25 Å / Num. obs: 41731 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 66.66 Å2 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2660 / Rpim(I) all: 0.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uw4

1uw4


解像度: 2.95→65.25 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 2080 4.99 %
Rwork0.2069 39630 -
obs0.2096 41710 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.32 Å2 / Biso mean: 66.928 Å2 / Biso min: 23.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→65.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11685 0 31 19 11735
Biso mean--69.17 50.83 -
残基数----1458
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.020.38781330.320926602793100
3.02-3.090.3751200.288726762796100
3.09-3.180.34931560.27292602275899
3.18-3.270.33121810.26132577275899
3.27-3.380.32461320.24472658279099
3.38-3.50.3121220.241926472769100
3.5-3.640.30271320.22962637276999
3.64-3.80.27661470.22952619276699
3.8-40.24541270.1992673280099
4-4.250.26311350.18552612274799
4.25-4.580.20431360.17312661279799
4.58-5.040.21621450.16682604274999
5.04-5.770.25551640.18922645280999
5.77-7.270.26171290.22242655278499
7.28-65.250.20961210.17262704282598

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る