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- PDB-7qfh: Peptide AYFKKVL in complex with human cathepsin V C25A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfh
タイトルPeptide AYFKKVL in complex with human cathepsin V C25A mutant
要素
  • Cathepsin L2
  • LYS-VAL-LEU-AMI
キーワードHYDROLASE / CathepsinV / Peptidyl substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin V / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Trafficking and processing of endosomal TLR / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen ...cathepsin V / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Trafficking and processing of endosomal TLR / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / lysosome / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / trifluoroacetic acid / Cathepsin L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Loboda, J. / Sosnowski, P. / Tusar, L. / Vidmar, R. / Vizovisek, M. / Horvat, J. / Kosec, G. / Impens, F. / Demol, H. / Turk, B. ...Loboda, J. / Sosnowski, P. / Tusar, L. / Vidmar, R. / Vizovisek, M. / Horvat, J. / Kosec, G. / Impens, F. / Demol, H. / Turk, B. / Gevaert, K. / Turk, D.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0048 スロベニア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Proteomic data and structure analysis combined reveal interplay of structural rigidity and flexibility on selectivity of cysteine cathepsins.
著者: Tusar, L. / Loboda, J. / Impens, F. / Sosnowski, P. / Van Quickelberghe, E. / Vidmar, R. / Demol, H. / Sedeyn, K. / Saelens, X. / Vizovisek, M. / Mihelic, M. / Fonovic, M. / Horvat, J. / ...著者: Tusar, L. / Loboda, J. / Impens, F. / Sosnowski, P. / Van Quickelberghe, E. / Vidmar, R. / Demol, H. / Sedeyn, K. / Saelens, X. / Vizovisek, M. / Mihelic, M. / Fonovic, M. / Horvat, J. / Kosec, G. / Turk, B. / Gevaert, K. / Turk, D.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年10月18日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Cathepsin L2
BA: Cathepsin L2
PA: LYS-VAL-LEU-AMI
PB: LYS-VAL-LEU-AMI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66924
ポリマ－49,8364
非ポリマー1,83320
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area17760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)94.09, 94.09, 126.42
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AA-623-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AABAPAPB

#1: タンパク質 Cathepsin L2 / Cathepsin U / Cathepsin V


分子量: 24021.936 Da / 分子数: 2 / 変異: C25A, N179Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSV, CATL2, CTSL2, CTSU, UNQ268/PRO305 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: O60911, cathepsin V
#2: タンパク質・ペプチド LYS-VAL-LEU-AMI


分子量: 896.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

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非ポリマー , 6種, 458分子

#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#7: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 77 % MPD, 23 % of 60 mM TRIS, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 87589 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.43
反射 シェル解像度: 1.52→1.574 Å / Num. unique obs: 8613 / CC1/2: 0.286

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAIN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FH0

1fh0


解像度: 1.52→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.843 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 87564 100 %Rkick
Rwork0.1838 87563 --
all0.1838 ---
obs0.1838 87563 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.8 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 0 Å2 / Biso mean: 0 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.058 Å20 Å20 Å2
2--0.058 Å20 Å2
3----0.116 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 117 438 3992
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3384 4328 100 %
Rwork0.3258 4328 -
all-4328 -
obs-4328 1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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