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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qe1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo SN243 | ||||||
要素 | SN243 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / enzyme discovery / carbohydrate-active enzymes (CAZy) / protein engineering / functional metagenomics) | ||||||
生物種 | unidentified (未定義) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Omari, K. / Wagner, O. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Functional metagenomic screening identifies an unexpected beta-glucuronidase. 著者: Neun, S. / Brear, P. / Campbell, E. / Tryfona, T. / El Omari, K. / Wagner, A. / Dupree, P. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qe1.cif.gz | 286.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qe1.ent.gz | 231.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qe1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qe1_validation.pdf.gz | 447.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qe1_full_validation.pdf.gz | 476.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qe1_validation.xml.gz | 51.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qe1_validation.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81916.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / プラスミド: pSol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.01 M ZnSO4 and 25% PEG MME 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.999 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→51.89 Å / Num. obs: 123601 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 735719 / Scaling rejects: 1095 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→51.887 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 44.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.81 Å2 / Biso mean: 72.8258 Å2 / Biso min: 43.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→51.887 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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