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- PDB-7qdx: bacterial IMPDH chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdx
タイトルbacterial IMPDH chimera
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMPDH chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex ...C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Labesse, G. / Gelin, M. / Munier-Lehmann, H. / Gedeon, A. / Haouz, A.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-0005 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM) フランス
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Insight into the role of the Bateman domain at the molecular and physiological levels through engineered IMP dehydrogenases.
著者: Gedeon, A. / Ayoub, N. / Brule, S. / Raynal, B. / Karimova, G. / Gelin, M. / Mechaly, A. / Haouz, A. / Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: MgATP regulates allostery and fiber formation in IMPDHs.
著者: Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id
改定 1.22024年2月7日Group: Author supporting evidence / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,18710
ポリマ－108,0612
非ポリマー2,1268
水81145
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,74940
ポリマ－432,2458
非ポリマー8,50432
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area40230 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area127490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.270, 109.270, 176.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 24 through 25 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 24 through 160 or (resid 161...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ILEILELYSLYSAA24 - 16124 - 161
d_12ASPASPGLYGLYAA166 - 235166 - 235
d_13LEULEUPROPROAA237 - 320237 - 320
d_14CYSCYSSERSERAA324 - 482324 - 482
d_21ILEILEGLYGLYBB24 - 23524 - 235
d_22LEULEUPROPROBB237 - 390237 - 390
d_23ARGARGSERSERBB445 - 482445 - 482

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.55994645409, 0.82851638863, 0.00453456981742), (0.828185582441, -0.559548598046, -0.0318434838299), (-0.0238455360401, 0.0215861112018, -0.999482581246)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.55994645409, 0.82851638863, 0.00453456981742), (0.828185582441, -0.559548598046, -0.0318434838299), (-0.0238455360401, 0.0215861112018, -0.999482581246)
ベクター: -21.3806953427, 42.1281845593, 56.7163143187)

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要素

#1: タンパク質 Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 54030.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: guaB, guaR, b2508, JW5401, guaB, PA3770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADG7, UniProt: Q9HXM5, IMP dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 191 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10%w/v PEG 3K, 0.1 M Na Cacod 6.5 pH, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→47.05 Å / Num. obs: 53261 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 76.88 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rsym value: 0.162 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.74→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.1267 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 8420 / CC1/2: 0.445 / Rsym value: 0.1126

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4dqw

4dqw


解像度: 2.9→47.05 Å / SU ML: 0.5291 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.3255
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 1141 5 %
Rwork0.2007 21689 -
obs0.2041 22830 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5950 0 128 45 6123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01356149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37258333
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0668999
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01041061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9175865
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.30668223434 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.030.49221410.37522689X-RAY DIFFRACTION98.88
3.03-3.190.31921420.292684X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.390.35061430.23822715X-RAY DIFFRACTION99.97
3.39-3.650.29511430.22742720X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.020.29171410.18612688X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.60.2161440.16032732X-RAY DIFFRACTION100
4.6-5.80.25021430.17722707X-RAY DIFFRACTION100
5.8-47.050.22431440.18752754X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00084215460.43392830189-0.1291669983252.3037136166-0.4764206754610.519107719273-0.1489042132190.301258469866-0.1004350608720.05628882248250.1716118913680.200238029578-0.108772088991-0.01861018725190.02112681550660.508585688981-0.0420257987636-0.01980414821290.4818198166030.003448888808440.50686472268922.621488492547.644904556956.6991537208
22.52721174605-0.20579126092-0.166822385852.469912168440.8273833462392.36878007106-0.1082633567480.04260576582130.471500672643-0.05239481448880.0881534479860.177530280509-0.00427964360011-0.1739929886890.09502035682030.6057909119470.01210063015010.02049277127050.69595701028-0.126195298750.83120361033-1.2040917640637.643358974736.4685972988
33.068947494940.769735636729-0.2637836115711.1285470075-0.2984692427310.8467634603090.003861250244180.1679481301340.1442768730790.05662206797280.00870553255054-0.06628752355770.10371914096-0.01135351177970.04671302918970.487196042697-1.07600658468E-5-0.01303126971910.4523824595110.04645637390510.38488598291724.504249297852.016673497961.6457204386
44.26852386332-0.901768862060.6334343958851.3807266985-0.3752578547810.3918547138870.05340734677691.087106625610.980850004993-0.242366475268-0.2752823439620.177993746032-0.0665144049153-0.265408477001-0.01719769571440.5798927853390.036381798483-0.07077414667330.6827324839570.07685485269710.52588781417440.059233940648.7627808293-10.2019970384
52.268746129941.32498445437-0.1245755732452.534240025370.1548915379792.438382571330.009813944394960.02506986532330.1212625297360.1906355170130.005573228769560.1792619044920.306584022331-0.1291478587220.02127183822330.434794616893-0.04542438025990.05033166626150.488685321787-0.05649890246550.36149216497628.578537593830.28342730722.55082928555
60.9506914728130.568771644111-1.34347327530.339959868741-0.804503572761.88881810089-0.0154471300633-0.08942176487360.2430134689090.0201757858298-0.0951878687536-0.4660519362950.229291303507-0.283962147272-0.01570522357160.626734331174-0.06813640346530.08931804789190.5903583499980.01830742855390.57280052872721.240474038816.041355643813.6151678692
71.43766293866-1.444275516550.3399119824653.067123631340.8145442577872.072302253150.1066086717550.4204359002810.0814297830949-0.3230383100640.09392603918770.08263222549240.0265394211126-0.0349741047941-0.149750091070.551212107348-0.02825726626190.08595970689420.557682648143-0.001650220971450.4582347267388.1450683734918.170310005322.2909590614
81.38252210069-0.0601383746474-1.119560892460.597859788297-0.5709414565491.542687614270.164941154956-0.07474773456150.102775302858-0.2380729028530.179191074703-0.0234271625023-0.2453390503610.511991189854-0.3001921842160.472166680994-0.04937008433230.1106885624220.5811134117390.03234170365310.35315530787414.716419080427.01224421267.50056072556
90.8076425308710.806260825861-0.3836366855531.86114528672-0.7031043526052.242930786930.1569039963530.4823801607640.5156094275660.0005783452615020.1123380227360.001353985798590.278908531739-0.06120864197880.08294426075510.543943900597-0.0252043390633-0.02554961159560.5947422676440.03399966809370.42959012242438.223548365717.1097745603-1.38521706476
101.455980098760.0756823226330.06931955477591.607860008310.3922370201071.845580558780.04200618720680.254296027859-0.1344166412110.128999896791-0.156412672813-0.2963820296250.152565794533-0.2525982054180.02190138936640.63680064357-0.03267533870040.07940483188270.448549142278-0.02235459503640.36161198622439.261839384220.6746891899-10.8114140132
113.70653674509-1.718558487620.1669131424612.38599418123-0.3537657560110.117361820115-0.1491922319030.7959815794950.516813807039-0.0380023515963-0.0142780136447-0.373371460362-0.1157767471260.5212410176170.01772088545570.697228719942-0.07369795343380.09889569310080.5789019825520.01448331620820.49109465936348.042713704936.4112767832-6.52141049717
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131.82898998453-1.168876794960.3480875985722.36135381123-0.6914973425632.824350451940.0361261635573-0.09531900501410.5524698328040.2489822118180.01910055407010.126159234676-0.570264799952-0.03566214530250.1767278190040.674537170545-0.0272529727211-0.002923906724730.556459950579-0.1177501063070.49698843818430.200927008944.0462532474-0.000585524638881
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 24 through 108 )AA24 - 1081 - 85
22chain 'A' and (resid 109 through 224 )AA109 - 22486 - 200
33chain 'A' and (resid 225 through 482 )AA225 - 482201 - 402
44chain 'B' and (resid 23 through 44 )BB23 - 441 - 22
55chain 'B' and (resid 45 through 95 )BB45 - 9523 - 73
66chain 'B' and (resid 96 through 125 )BB96 - 12574 - 103
77chain 'B' and (resid 126 through 210 )BB126 - 210104 - 184
88chain 'B' and (resid 211 through 239 )BB211 - 239185 - 213
99chain 'B' and (resid 240 through 273 )BB240 - 273214 - 247
1010chain 'B' and (resid 274 through 316 )BB274 - 316248 - 290
1111chain 'B' and (resid 317 through 346 )BB317 - 346291 - 317
1212chain 'B' and (resid 347 through 383 )BB347 - 383318 - 354
1313chain 'B' and (resid 384 through 483 )BB384 - 483355 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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