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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qdx | |||||||||||||||
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Title | bacterial IMPDH chimera | |||||||||||||||
![]() | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | |||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IMPDH chimera | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex ...C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Labesse, G. / Gelin, M. / Munier-Lehmann, H. / Gedeon, A. / Haouz, A. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Insight into the role of the Bateman domain at the molecular and physiological levels through engineered IMP dehydrogenases. Authors: Gedeon, A. / Ayoub, N. / Brule, S. / Raynal, B. / Karimova, G. / Gelin, M. / Mechaly, A. / Haouz, A. / Labesse, G. / Munier-Lehmann, H. #1: ![]() Title: MgATP regulates allostery and fiber formation in IMPDHs. Authors: Labesse, G. / Munier-Lehmann, H. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 358.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 259.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7qbjC ![]() 7qemC ![]() 4dqwS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.55994645409, 0.82851638863, 0.00453456981742), (0.828185582441, -0.559548598046, -0.0318434838299), (-0.0238455360401, 0.0215861112018, -0.999482581246)Vector: -21. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.55994645409, 0.82851638863, 0.00453456981742), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 54030.613 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: guaB, guaR, b2508, JW5401, guaB, PA3770 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0ADG7, UniProt: Q9HXM5, IMP dehydrogenase #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-ATP / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 191 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 10%w/v PEG 3K, 0.1 M Na Cacod 6.5 pH, 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.74→47.05 Å / Num. obs: 53261 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 76.88 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rsym value: 0.162 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.74→2.91 Å / Rmerge(I) obs: 0.1267 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 8420 / CC1/2: 0.445 / Rsym value: 0.1126 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4dqw Resolution: 2.9→47.05 Å / SU ML: 0.5291 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / Phase error: 30.3255 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→47.05 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 1.30668223434 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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