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- PDB-7qbj: bacterial IMPDH chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qbj
タイトルbacterial IMPDH chimera
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMPDH chimera
機能・相同性
機能・相同性情報


C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex ...C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain ...IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Labesse, G. / Gelin, M. / Munier-Lehmann, H. / Gedeon, A. / Haouz, A.
資金援助 フランス, 4件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-0005 フランス
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM) フランス
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Insight into the role of the Bateman domain at the molecular and physiological levels through engineered IMP dehydrogenases.
著者: Gedeon, A. / Ayoub, N. / Brule, S. / Raynal, B. / Karimova, G. / Gelin, M. / Mechaly, A. / Haouz, A. / Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: MgATP regulates allostery and fiber formation in IMPDHs.
著者: Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22024年2月7日Group: Author supporting evidence / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,1224
ポリマ－216,1224
非ポリマー00
水10,629590
1
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,2458
ポリマ－432,2458
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area33550 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area137200 Å2
手法PISA
2
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,2458
ポリマ－432,2458
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area31360 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area125440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.041, 145.041, 120.099
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-621-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH


分子量: 54030.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: guaB, guaR, b2508, JW5401, guaB, PA3770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADG7, UniProt: Q9HXM5, IMP dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 8 %w/v PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→48.32 Å / Num. obs: 117473 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1671 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/av σ(I): 10.07 / Net I/σ(I): 10.07
反射 シェル解像度: 2.27→2.4 Å / Num. unique obs: 18121 / CC1/2: 0.794 / Rrim(I) all: 0.891 / Rsym value: 0.859

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DQW

4dqw


解像度: 2.27→48.32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.1087
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 11565 5.05 %
Rwork0.193 217541 -
obs0.197 116298 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12085 0 0 590 12675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009112256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.041516520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05881962
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01062149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.90731765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.30.33475110.37419960X-RAY DIFFRACTION86.35
2.3-2.340.37645950.372710876X-RAY DIFFRACTION94.71
2.34-2.380.41165040.355711087X-RAY DIFFRACTION95.59
2.38-2.430.36126480.330410812X-RAY DIFFRACTION94.26
2.43-2.480.31316580.32410824X-RAY DIFFRACTION94.24
2.48-2.540.32344930.316710989X-RAY DIFFRACTION95.64
2.54-2.610.27814860.287811022X-RAY DIFFRACTION95.75
2.61-2.680.30755380.268710963X-RAY DIFFRACTION95.3
2.68-2.750.29355500.255410953X-RAY DIFFRACTION95.22
2.75-2.840.27445840.248610912X-RAY DIFFRACTION94.92
2.84-2.950.24326160.228810940X-RAY DIFFRACTION94.67
2.95-3.060.25375940.217610893X-RAY DIFFRACTION94.81
3.06-3.20.22055800.211310939X-RAY DIFFRACTION94.96
3.2-3.370.22046400.195110872X-RAY DIFFRACTION94.44
3.37-3.580.2314860.182410963X-RAY DIFFRACTION95.76
3.58-3.860.19346170.16710922X-RAY DIFFRACTION94.65
3.86-4.250.18616360.146310914X-RAY DIFFRACTION94.49
4.25-4.860.17455410.130810933X-RAY DIFFRACTION95.28
4.86-6.120.21476580.152210857X-RAY DIFFRACTION94.29
6.12-48.320.20186190.169910921X-RAY DIFFRACTION94.63
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4490749983380.2482081682710.2496653257511.176554851010.3452037742870.620931336743-0.0345763473648-0.106412978470.06735450635230.0889062788253-0.04236616434770.05131478203610.00519453879583-0.04586632814210.07784947694070.265429564189-0.03090434565650.001986643438720.3020048036460.001568946840250.3756667174516.476573536432.582011565818.9521267555
21.40404718593-0.3020766401820.5042461791762.130654688730.9663409634396.7967019546-0.1284954427030.1350333255190.254845222496-0.112229590181-0.02020374330730.0967164264072-0.545156207577-0.1621264375490.1527782138860.321670483138-0.0619819723569-0.03016183452260.3189901823850.0287777748360.36195064267534.131554209157.97847581735.0764592842
33.229135711951.800532542261.733604723761.883005183071.326159432371.852936787450.0500853309399-0.005711099068190.2495779252160.0253800108542-0.05626852002860.131798548408-0.0252644819811-0.07643131338450.04841495776940.2560806479240.004022815986740.02261814041670.2320403143570.03295841743360.3415470977177.1651785804733.8182786569.66160450966
41.62996126702-0.765420506881-0.05663662178121.45579199651.370493874063.44743097782-0.0460605574867-0.28714923279-0.194104835850.189504751837-0.005525446998730.008829874875410.149228091693-0.0833654976620.03678503412340.312931012548-0.0320837040356-0.003689680299370.3091833305660.06848871103660.37682894085216.362333767519.566294020220.6957400756
51.26591304104-0.184213981325-0.07228099152991.078586006450.1296200206820.8030783631560.04773665818530.172718612378-0.107080512391-0.105393970791-0.0429999519166-0.04176006920790.0458277767407-0.07770047550920.0230944172310.276976251049-0.002586405075220.01074997374750.2972576709920.00833173033240.25598432656857.71184640949.42669896652.51192596059
60.2937312669721.331875280021.710231910126.085558231147.134890204668.13366431740.364194427292-0.0659756158360.00775061230301-0.218994726349-0.4957757064470.1567862058680.154096741729-0.6075355019770.2261568740470.526699106697-0.0939889083676-0.1183017719330.578687195991-0.07241646128960.47965125852938.330051356826.0796928262-20.3897310557
75.24395865154-0.407048741687-0.116121238484.339328305621.656519087024.209737393910.073199261219-0.445506527343-0.3304645861880.933449566254-0.499086179390.002630051988791.21192950311-0.8880706399690.08594155295441.02494697179-0.208306019631-0.2506322979560.789476532466-0.2055720638420.74636498645639.175455951912.4626897803-16.7184629442
81.1147365474-0.150608534012-0.129060391636.553013558813.206829890683.573773676650.03635949937530.345076072847-0.215756283708-0.260774122532-0.0941062625730.3098145553980.197026492286-0.2399450529350.09102208238490.291503027263-0.0506442560395-0.02871516235660.336441262071-0.02542480292540.26807704688443.309845119942.25271223581.47551923735
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101.91196229596-0.790962196313-0.6876996205731.45779385270.8093644777763.240692305840.07236140707350.3762875705650.0539855254107-0.264684994281-0.135020700855-0.116069910898-0.0460594069663-0.1274208257110.08283026821430.241855135481-0.007491332897090.03070362759320.2847649750360.002842035392110.25576686341862.340216875548.5768903451-3.81634414243
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 105 )AA1 - 1051 - 105
22chain 'A' and (resid 106 through 202 )AA106 - 202106 - 199
33chain 'A' and (resid 203 through 337 )AA203 - 337200 - 333
44chain 'A' and (resid 338 through 464 )AA338 - 464334 - 427
55chain 'B' and (resid -3 through 75 )BB-3 - 751 - 79
66chain 'B' and (resid 76 through 115 )BB76 - 11580 - 119
77chain 'B' and (resid 116 through 190 )BB116 - 190120 - 190
88chain 'B' and (resid 191 through 289 )BB191 - 289191 - 289
99chain 'B' and (resid 290 through 326 )BB290 - 326290 - 325
1010chain 'B' and (resid 327 through 464 )BB327 - 464326 - 429
1111chain 'C' and (resid 0 through 75 )CC0 - 751 - 76
1212chain 'C' and (resid 76 through 116 )CC76 - 11677 - 99
1313chain 'C' and (resid 117 through 218 )CC117 - 218100 - 133
1414chain 'C' and (resid 219 through 337 )CC219 - 337134 - 247
1515chain 'C' and (resid 338 through 464 )CC338 - 464248 - 341
1616chain 'D' and (resid 0 through 24 )DD0 - 241 - 25
1717chain 'D' and (resid 25 through 105 )DD25 - 10526 - 106
1818chain 'D' and (resid 106 through 154 )DD106 - 154107 - 155
1919chain 'D' and (resid 155 through 202 )DD155 - 202156 - 203
2020chain 'D' and (resid 203 through 238 )DD203 - 238204 - 239
2121chain 'D' and (resid 239 through 337 )DD239 - 337240 - 338
2222chain 'D' and (resid 338 through 464 )DD338 - 464339 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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