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- PDB-7qb6: Crystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qb6
タイトルCrystal Structure of Medicago truncatula Nodulin 13 (MtN13) in complex with 3-carboxybenzophenone
要素Nodulin-13
キーワードPLANT PROTEIN / Patogenesis Related protein / PR-10 protein / nodulin-13 / cytokinin signaling pathway / nodulation / 3-carboxybenzophenone / photooxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


nodulation / cytokinin-activated signaling pathway / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-benzoylbenzoic acid / MALONATE ION / Nodulin-13
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Grzechowiak, M. / Ignasiak, M. / Nowicka-Bauer, K. / Marciniak, B. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO_2017/27/B/ST/00375 ポーランド
引用
ジャーナル: Free Radic Biol Med / 年: 2023
タイトル: Does the presence of ground state complex between a PR-10 protein and a sensitizer affect the mechanism of sensitized photo-oxidation?
著者: Ignasiak-Kciuk, M. / Nowicka-Bauer, K. / Grzechowiak, M. / Ravnsborg, T. / Frackowiak, K. / Jensen, O.N. / Jaskolski, M. / Marciniak, B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The landscape of cytokinin binding by a plant nodulin.
著者: Ruszkowski, M. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodulin-13
B: Nodulin-13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9884
ポリマ－37,6602
非ポリマー3282
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.803, 102.803, 223.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-312-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid -4 through 159)
d_2ens_1(chain "B" and resid -4 through 159)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILEASNA1 - 164
d_21ens_1ILEASNC1 - 164

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.120590891633, -0.0449602411824, 0.991683625744), (-0.00281267745899, -0.998985311995, -0.0449492520852), (0.992698305479, 0.0026311842066, -0.120594988159) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.120590891633, -0.0449602411824, 0.991683625744), (-0.00281267745899, -0.998985311995, -0.0449492520852), (0.992698305479, 0.0026311842066, -0.120594988159)
ベクター: -57.5070231483, 143.793152308, 68.2659009)

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要素

#1: タンパク質 Nodulin-13 / MtN13 / Pathogenesis-related PR10-like protein


分子量: 18830.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: N13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: P93330
#2: 化合物 ChemComp-A8I / 3-benzoylbenzoic acid / 3-(phenylcarbonyl)benzoic acid / benzophenone-3-carboxylic acid / 3-carboxybenzophenone


分子量: 226.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.9 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M SODIUM MALONATE, protein 10 mg/ml, 3-carboxybenzophenone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→19.92 Å / Num. obs: 20540 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 26.3 % / Biso Wilson estimate: 77.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 33.93
反射 シェル解像度: 2.52→2.66 Å / 冗長度: 26.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 3210 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 0.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jhg

4jhg


解像度: 2.52→19.92 Å / SU ML: 0.3588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 27.4873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 984 4.8 %
Rwork0.1952 19534 -
obs0.1965 20518 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 24 16 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00842658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00233593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0134985
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.922722005973 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.660.34721360.31012712X-RAY DIFFRACTION99.23
2.66-2.820.31191380.31092741X-RAY DIFFRACTION99.79
2.82-3.040.32541400.2742770X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.340.27451380.24462757X-RAY DIFFRACTION99.79
3.34-3.820.23411400.19892785X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-4.810.17771430.16832818X-RAY DIFFRACTION99.97
4.81-19.920.20331490.16652951X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.558584543191.98302516534-5.287149701562.53163063294-3.402779049156.09166852676-0.0524272848023-0.4104132750830.162309720912-0.185147374729-0.0438747870334-0.0202454687133-0.4370441154761.02599910242-0.3012391905380.576904800284-0.0477911599446-0.1079627963330.937083700056-0.01943266463030.74373200887317.09035178467.331984455581.1189738514
26.641665893950.749283783227-2.024079641464.11827305891-0.536270053253.79447706423-0.248157824724-0.423121517168-0.7177981180720.06695614614940.151042667388-0.4934963788240.189134327350.3497360999670.2385542859270.4346882397410.0545678572837-0.005926511574740.8163948769710.04480849307780.66084931557714.689793186249.102870861692.6663752885
34.348334708124.45811835691-3.409598176155.2816124181-4.144924741827.55277963959-1.132776219253.07522795254-2.13367126221-1.836317505530.5467611109630.657078447880.453229852582-1.641850231230.5194805507141.02245266375-0.134534377932-0.04288916722331.41042476379-0.2697183324661.1570391890312.94464245355.354077726675.152733787
46.24475737412-1.98931231693-7.153488993023.828717071881.416773653879.24363503075-0.0466761835104-0.567966369970.3271025898340.3145046293590.290328439022-0.201234748994-0.241944232530.930349087191-0.2650846608520.402360147167-0.0326418846245-0.1044328185570.745676710523-0.03808282318270.58120888244515.074863723362.947151664992.6259670696
51.150875585330.631477151106-0.6386857086350.356300133964-0.3700838941360.678266560919-0.5093594867252.78973501324-0.648380900429-1.397741793250.8081054505850.0296229249331-0.738543749538-1.59261418269-0.6357563622261.5976708524-0.16073163199-0.03768387991522.104353030380.2241764435490.9904117514112.583403705966.510326116269.6034280213
65.146209221663.52214924487-5.070972295556.87753604873-2.66304738939.815654270940.0228177745598-0.3501261363230.00148608095686-0.129404334623-0.2463142831280.0533336586065-0.02479387062730.2545498426140.2937889272790.3517442189020.0692899144146-0.03986926970860.824751773508-0.09723690603070.6217063261625.7440016552855.954860704594.2887235288
74.31265531140.394637882316-2.15250516862.72467129844-0.5848720748584.09287037514-0.157205978121-0.33683869142-0.441520891528-0.132999491716-0.217464246008-0.386523599038-0.3833765211890.9755768214480.235983001610.779484382949-0.117379373566-0.1716497504641.075771451760.07098323071530.60689523284731.048679591677.159835830773.1155443085
83.79283138384-0.886243133814-1.728597615264.45054055314-0.02503041679275.570845298960.226711349474-0.333061466620.3018915799590.256821401165-0.237116782174-0.367520328898-1.466974577430.9736306014710.02633054095511.2276444076-0.330229059597-0.1895443088620.995033148746-0.03685176880170.72468797491732.044775658991.738729307172.207899682
93.531841830121.81871848548-2.38849943386.20527604967-1.119851251596.42977478999-0.06839383050510.3499493722310.4093826817820.1312558703080.08872311171380.340038639029-0.982231170187-0.06638686476990.01442722639460.812260560264-0.056648983135-0.1618332045440.9589532585370.08169906088280.51600440888828.206172651379.236519512372.2576104793
108.171118355771.8505119261-5.527423701684.70933481987-2.333849931358.78035227347-0.2044712635831.66486485890.630656662877-0.2191980732110.5125743337520.509883315671-0.509272692424-0.216640513037-0.1310629239260.962413879764-0.00769582538345-0.1613127908161.000362473390.173518916030.75721756416929.719687659981.888227322664.5535383084
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -4 through 12 )AA-4 - 121 - 17
22chain 'A' and (resid 13 through 84 )AA13 - 8418 - 89
33chain 'A' and (resid 85 through 96 )AA85 - 9690 - 101
44chain 'A' and (resid 97 through 123 )AA97 - 123102 - 128
55chain 'A' and (resid 124 through 130 )AA124 - 130129 - 135
66chain 'A' and (resid 131 through 159 )AA131 - 159136 - 164
77chain 'B' and (resid -4 through 23 )BC-4 - 231 - 28
88chain 'B' and (resid 24 through 84 )BC24 - 8429 - 89
99chain 'B' and (resid 85 through 123 )BC85 - 12390 - 128
1010chain 'B' and (resid 124 through 159 )BC124 - 159129 - 164

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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