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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qb4 | ||||||
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タイトル | Mus Musculus Acetylcholinesterase in complex with 7-[(1-benzylpiperidin-3-yl)methoxy]-3,4-dimethyl-2H-chromen-2-one | ||||||
![]() | Acetylcholinesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ekstrom, F.J. / Forsgren, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dual Reversible Coumarin Inhibitors Mutually Bound to Monoamine Oxidase B and Acetylcholinesterase Crystal Structures. 著者: Ekstrom, F. / Gottinger, A. / Forsgren, N. / Catto, M. / Iacovino, L.G. / Pisani, L. / Binda, C. #1: ![]() 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 526.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 361.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 59764.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | |
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-非ポリマー , 6種, 145分子 ![](data/chem/img/AJ9.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TOE.gif)
![](data/chem/img/9YU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TOE.gif)
![](data/chem/img/9YU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG0 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-TOE / | #7: 化合物 | ChemComp-9YU / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 30% (v/v) polyethylene glycol 750 monomethylether, 100 mM HEPES, pH 7.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→46.191 Å / Num. obs: 70307 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 54.5079911089 Å2 / CC1/2: 0.891 / Rmerge(I) obs: 0.2744 / Net I/σ(I): 9.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / Rmerge(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 6926 / CC1/2: 0.676 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1J06 解像度: 2.50001104077→46.191 Å / SU ML: 0.254836318421 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33568768175 / 位相誤差: 26.7739461301 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.911917035 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.50001104077→46.191 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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