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- PDB-7qb3: Solution structure of a lanthanide-binding DNA aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qb3
タイトルSolution structure of a lanthanide-binding DNA aptamer
要素Lanthanide-binding aptamer
キーワードDNA / aptamer / lanthanide
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Andralojc, W. / Gdaniec, Z.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号
Polish National Science Centre2020/37/B/ST4/03182 ポーランド
Polish National Science Centre2018/31/D/ST4/01467 ポーランド
引用ジャーナル: Chemistry / : 2022
タイトル: Solution Structure of a Lanthanide-binding DNA Aptamer Determined Using High Quality pseudocontact shift restraints.
著者: Andralojc, W. / Wieruszewska, J. / Pasternak, K. / Gdaniec, Z.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanthanide-binding aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8182
ポリマ-8,6431
非ポリマー1751
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, The geometry of the DNA-metal interaction was determined using paramagnetic NMR data: pseudo-contact shifts (PCS)
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: DNA鎖 Lanthanide-binding aptamer


分子量: 8642.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Lu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-31P COSY
152isotropic12D 1H-1H NOESY
162isotropic12D 1H-13C HSQC
172isotropic12D 1H-1H TOCSY
182isotropic12D 1H-31P COSY
193isotropic12D NOESY
1103isotropic12D 1H-13C HSQC
1113isotropic12D 1H-1H TOCSY
1123isotropic12D 1H-31P COSY
1134isotropic12D NOESY
1144isotropic12D 1H-13C HSQC
1164isotropic12D 1H-1H TOCSY
1174isotropic12D 1H-31P COSY
1185isotropic12D NOESY
1195isotropic12D 1H-13C HSQC
1205isotropic12D 1H-1H TOCSY
1215isotropic12D 1H-31P COSY
1226isotropic12D NOESY
1236isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1700 uM Lanthanide-binding aptamer, 10 mM cacodylate, 150 mM sodium chloride, 700 uM Lutetium chloride, 100% D2OLu100% D2O
solution2700 uM Lanthanide-binding aptamer, 10 mM cacodylate, 150 mM sodium chloride, 700 uM Europium chloride, 100% D2OEu100% D2O
solution3700 uM Lanthanide-binding aptamer, 10 mM cacodylate, 150 mM sodium chloride, 700 uM Ytterbium acetate, 100% D2OYb100% D2O
solution4700 uM Lanthanide-binding aptamer, 10 mM cacodylate, 150 mM sodium chloride, 700 uM cerium chloride, 100% D2OCe100% D2O
solution5700 uM Lanthanide-binding aptamer, 10 mM cacodylate, 150 mM sodium chloride, 700 uM thulium chloride, 100% D2OTm100% D2O
solution6700 uM Lanthanide-binding aptamer, 10 mM cacodylate, 150 mM sodium chloride, 700 uM Lutetium chloride, 90% H2O/10% D2OLu_H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
700 uMLanthanide-binding aptamernatural abundance1
10 mMcacodylatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
700 uMLutetium chloridenatural abundance1
700 uMLanthanide-binding aptamernatural abundance2
10 mMcacodylatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
700 uMEuropium chloridenatural abundance2
700 uMLanthanide-binding aptamernatural abundance3
10 mMcacodylatenatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
700 uMYtterbium acetatenatural abundance3
700 uMLanthanide-binding aptamernatural abundance4
10 mMcacodylatenatural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
700 uMcerium chloridenatural abundance4
700 uMLanthanide-binding aptamernatural abundance5
10 mMcacodylatenatural abundance5
150 mMsodium chloridenatural abundance5
700 uMthulium chloridenatural abundance5
700 uMLanthanide-binding aptamernatural abundance6
10 mMcacodylatenatural abundance6
150 mMsodium chloridenatural abundance6
700 uMLutetium chloridenatural abundance6
試料状態

イオン強度: 0.16 M / pH: 6.2 / PH err: 0.1 / : 1 atm / 温度: 298 K

Conditions-IDLabel詳細
2conditions_1
3conditions_2Eu

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
NMRFAM-SPARKYNMRFAMchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYNMRFAMpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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