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- PDB-7q9z: Crystal structure of Chromobacterium violaceum aminotransferase i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q9z
タイトルCrystal structure of Chromobacterium violaceum aminotransferase in complex with PLP-pyruvate adduct
要素Probable aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Transaminase / inhibition / pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AN7 / Putative 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Sayer, C. / Littlechild, J.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/T002875/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L002035/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aminotransferase from Chromobacterium violaceum in complex with PLP-pyruvate adduct.
著者: Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Sayer, C. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Probable aminotransferase
BBB: Probable aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,69112
ポリマ－109,6642
非ポリマー1,02610
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.150, 60.720, 61.800
Angle α, β, γ (deg.)71.300, 75.940, 85.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 33 - 459 / Label seq-ID: 67 - 493

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Probable aminotransferase


分子量: 54832.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: CV_2025 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7NWG4, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase

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非ポリマー , 5種, 86分子

#2: 化合物 ChemComp-AN7 / (3E)-4-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}-2-oxobut-3-enoic acid


分子量: 317.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) 0.03M of each of sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate and ammonium sulfate in 0.1M MES/imidazole ...詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v (RS)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) 0.03M of each of sodium nitrate, disodium hydrogen phosphate and ammonium sulfate in 0.1M MES/imidazole pH6.5 buffer.5 mM PLP and 5 mM pyruvate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→56.41 Å / Num. obs: 55363 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 2719 / CC1/2: 0.322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ah3

4ah3


解像度: 1.95→56.408 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 15.01 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.202 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 2758 4.986 %
Rwork0.2433 52552 -
all0.245 --
obs-55310 97.678 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.362 Å2-2.605 Å25.517 Å2
2---0.053 Å2-3.352 Å2
3---1.164 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→56.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6702 0 65 76 6843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0126978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.6379443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6465866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66620.891393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.843151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6761558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.23453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.24723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1950.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2050.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9326.223428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9899.3164285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9696.5913550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0119.7535151
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.008117.4430428
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0760.0514239
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.076050.05009
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.076050.05009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.95-2.0010.5752110.56637240.56641630.0660.05994.52320.573
2.001-2.0550.5671720.51138000.51341040.1040.12696.78360.51
2.055-2.1150.5272040.47136130.47439440.2190.23596.77990.458
2.115-2.180.4522110.45135660.45138820.1150.12997.29520.436
2.18-2.2510.4451740.4234700.42237380.2120.21397.48530.397
2.251-2.330.4031720.38333470.38436110.310.33497.45220.358
2.33-2.4180.3831740.36232400.36334930.4490.47197.73830.329
2.418-2.5160.3591850.3330710.33233220.6050.62398.01320.298
2.516-2.6280.3871730.29130030.29632510.7450.77997.6930.259
2.628-2.7560.3051270.26828930.2730730.8210.83398.27530.244
2.756-2.9050.2881460.27427190.27429160.8390.8498.2510.246
2.905-3.080.2941380.24525880.24827660.8370.86998.55390.224
3.08-3.2920.2431100.25924370.25825860.8810.87598.49190.242
3.292-3.5550.29900.2322990.23224300.8890.90698.31280.219
3.555-3.8930.2251220.20320850.20422390.9380.93798.57080.2
3.893-4.350.218890.17619120.17820190.9380.95199.10850.182
4.35-5.0180.1911070.15316400.15617620.9560.96299.14870.163
5.018-6.1340.193980.16114060.16315150.9570.96299.27390.172
6.134-8.6230.185300.14511200.14611590.9520.96899.22350.161
8.623-56.4080.204250.1446190.1466500.9370.96699.07690.169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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