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- PDB-7q9q: Crystal structure of PDE6D Geranylgeranylated cystein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q9q
タイトルCrystal structure of PDE6D Geranylgeranylated cystein complex
要素Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ARL13B-mediated ciliary trafficking of INPP5E / GTPase inhibitor activity / visual perception / cytoplasmic vesicle membrane / cilium / small GTPase binding / RAS processing / cytoplasmic vesicle / cytoskeleton / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3', 5'-cyclic phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit / GMP phosphodiesterase, delta subunit superfamily / GMP-PDE, delta subunit / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
O-METHYLCYSTEINE / GERAN-8-YL GERAN / Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yelland, T. / Ismail, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Stabilization of the RAS:PDE6D Complex Is a Novel Strategy to Inhibit RAS Signaling.
著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. ...著者: Yelland, T. / Garcia, E. / Parry, C. / Kowalczyk, D. / Wojnowska, M. / Gohlke, A. / Zalar, M. / Cameron, K. / Goodwin, G. / Yu, Q. / Zhu, P.C. / ElMaghloob, Y. / Pugliese, A. / Archibald, L. / Jamieson, A. / Chen, Y.X. / McArthur, D. / Bower, J. / Ismail, S.
履歴
登録2021年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3266
ポリマ－17,7301
非ポリマー5965
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.048, 35.289, 37.645
Angle α, β, γ (deg.)77.725, 68.980, 69.228
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta / GMP-PDE delta / Protein p17


分子量: 17730.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE6D, PDED / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43924
#2: 化合物 ChemComp-CMT / O-METHYLCYSTEINE / L-システインメチル


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GER / GERAN-8-YL GERAN / (6E,10E)-3,7,11,15-テトラメチル-2,6,10,14-ヘキサデカテトラエン


分子量: 274.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H34 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→34.971 Å / Num. obs: 24436 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.98
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Num. unique obs: 1715 / CC1/2: 0.669

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TB5

5tb5


解像度: 1.45→34.971 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.248 / WRfactor Rwork: 0.201 / SU B: 2.617 / SU ML: 0.096 / Average fsc free: 0.8 / Average fsc work: 0.8215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1222 5.001 %
Rwork0.2251 23214 -
all0.228 --
obs-24436 96.193 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.546 Å20.939 Å2-0.111 Å2
2--0.583 Å2-0.592 Å2
3---1.126 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→34.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1208 0 40 115 1363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d00.0131290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0171237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8391.6541726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6631.5842857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6595150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33321.18476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03315232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.1931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2120.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.2440.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1310.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1460.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4782.891603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4742.891603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3764.309752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3764.318753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2283.212687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2263.218688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7514.676974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7494.683975
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.1433.5211372
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.11733.3751362
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.45-1.4880.392860.36816270.3718370.4920.48893.24990.346
1.488-1.5280.369890.35416980.35418930.610.62294.40040.331
1.528-1.5730.352820.3215650.32217370.6770.71994.81860.291
1.573-1.6210.37820.29115590.29517370.7710.78294.47320.26
1.621-1.6740.346800.27515120.27916780.8170.82994.87490.245
1.674-1.7320.345780.25214780.25616300.7940.8695.46010.22
1.732-1.7980.341740.25214170.25615520.8210.86796.06960.219
1.798-1.8710.359730.25913860.26315160.810.85196.24010.225
1.871-1.9540.32690.25213090.25614290.8360.86696.43110.221
1.954-2.0490.282670.23712710.23913820.8960.90396.81620.21
2.049-2.1590.267630.22111980.22313010.8910.92396.92540.191
2.159-2.290.248610.22811600.22912540.9230.91697.36840.204
2.29-2.4470.287570.22610740.22911600.8670.997.50.202
2.447-2.6420.338540.2310220.23611000.8650.89597.81820.211
2.642-2.8930.294490.2379370.23910040.8710.89298.20720.218
2.893-3.2310.244440.2398350.2398920.9090.89798.54260.219
3.231-3.7260.246390.217480.2127940.920.93799.11840.202
3.726-4.550.179340.1766410.1776800.9540.95599.26470.168
4.55-6.3810.288260.1964990.2015300.9380.93799.05660.193
6.381-34.9710.274150.2112730.2152920.8960.998.63010.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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