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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q8l | ||||||
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タイトル | Peptide VPCGTAHE in complex with human cathepsin V C25A mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / CathepsinV / Peptidyl substrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cathepsin V / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Trafficking and processing of endosomal TLR / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix ...cathepsin V / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / Trafficking and processing of endosomal TLR / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Loboda, J. / Sosnowski, P. / Tusar, L. / Vidmar, R. / Vizovisek, M. / Horvat, J. / Kosec, G. / Impens, F. / Demol, H. / Turk, B. ...Loboda, J. / Sosnowski, P. / Tusar, L. / Vidmar, R. / Vizovisek, M. / Horvat, J. / Kosec, G. / Impens, F. / Demol, H. / Turk, B. / Gevaert, K. / Turk, D. | ||||||
資金援助 | スロベニア, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Proteomic data and structure analysis combined reveal interplay of structural rigidity and flexibility on selectivity of cysteine cathepsins. 著者: Tusar, L. / Loboda, J. / Impens, F. / Sosnowski, P. / Van Quickelberghe, E. / Vidmar, R. / Demol, H. / Sedeyn, K. / Saelens, X. / Vizovisek, M. / Mihelic, M. / Fonovic, M. / Horvat, J. / ...著者: Tusar, L. / Loboda, J. / Impens, F. / Sosnowski, P. / Van Quickelberghe, E. / Vidmar, R. / Demol, H. / Sedeyn, K. / Saelens, X. / Vizovisek, M. / Mihelic, M. / Fonovic, M. / Horvat, J. / Kosec, G. / Turk, B. / Gevaert, K. / Turk, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q8l.cif.gz | 200.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q8l.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7q8l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q8l_validation.pdf.gz | 474.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q8l_full_validation.pdf.gz | 477.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q8l_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q8l_validation.cif.gz | 36.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q8l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7q8dC 7q8fC 7q8gC 7q8hC 7q8iC 7q8jC 7q8kC 7q8mC 7q8nC 7q8oC 7q8pC 7q8qC 7q9cC 7q9hC 7qffC 7qfhC 7qhjC 7qhkC 1fh0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 AABAPAPB
#1: タンパク質 | 分子量: 24137.025 Da / 分子数: 2 / 変異: C25A, N179Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSV, CATL2, CTSL2, CTSU, UNQ268/PRO305 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: O60911, cathepsin V #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 837.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 503分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 77 % MPD, 23 % of 60 mM TRIS, pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 53536 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.87 Å / Num. unique obs: 5244 / CC1/2: 0.614 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FH0 解像度: 1.8→47.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MASK FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.77 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 187.49 Å2 / Biso mean: 46.36 Å2 / Biso min: 28.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.18 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Total num. of bins used: 20
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