PDB-7q7n: Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q7n

タイトル

Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosynthetic Reaction Center F(M197)H mutant at 120 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary

要素

(Reaction center protein ...) x 3

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Selikhanov, G.K. / Gabdulkhakov, A.G. / Meents, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q7n.cif.gz	630.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q7n.ent.gz	441.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q7n_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q7n_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	7q7n_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	7q7n_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q75C 7q76C 7q77C 7q78C 7q79C 7q7aC 7q7bC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7jC 7q7mC 7q7oC 3v3yS 7q7c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (14)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Reaction center protein H chain

L: Reaction center protein L chain

M: Reaction center protein M chain

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.130, 102.130, 237.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質	Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit 分子量: 26170.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: puhA / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質	Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit 分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufL / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質	Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit 分子量: 33876.895 Da / 分子数: 1 / Mutation: F197H, S8T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufM / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 11種, 166分子

#4: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆
#6: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-UQ7 / UBIQUINONE-7 / 3-メチル-5,6-ジメトキシ-2-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,2(以下略) 分子量: 658.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₆₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-SPN / SPEROIDENONE 分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#13: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in the dark at 289 K for 1 week. 圧: 101.325 kPa

結晶

マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.71 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折	Ambient environment: gaseous He / Ambient pressure: 120000 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
回折測定	Specimen support: sapphire capillary
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→46.91 Å / Num. obs: 28804 / % possible obs: 96.97 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.83 Å² / CC_1/2: 0.935 / CC star: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.48 / R_pim(I) all: 0.186 / R_rim(I) all: 0.517 / Net I/σ(I): 3.39
反射シェル	解像度: 2.87→2.973 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 2.012 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 2803 / CC_1/2: 0.367 / CC star: 0.733 / R_pim(I) all: 0.771 / R_rim(I) all: 2.163 / % possible all: 96.07
Cell measurement	圧: 120000 kPa

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.13-2998_9999	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V3Y

3v3y

解像度: 2.87→46.91 Å / SU ML: 0.3327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1371 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	1157	4.02 %
R_work	0.1892	27613	-
obs	0.1908	28770	97.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→46.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6461	0	674	142	7277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	7511
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5469	10276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0387	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7643	4204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.87-3	0.3258	141	0.2792	3355	X-RAY DIFFRACTION	96.23
3-3.16	0.3012	142	0.2543	3387	X-RAY DIFFRACTION	97.14
3.16-3.36	0.2537	140	0.2282	3417	X-RAY DIFFRACTION	97.94
3.36-3.62	0.2243	146	0.194	3432	X-RAY DIFFRACTION	97.68
3.62-3.98	0.2318	144	0.1641	3420	X-RAY DIFFRACTION	97.24
3.98-4.55	0.1774	146	0.15	3471	X-RAY DIFFRACTION	97.68
4.55-5.74	0.1768	149	0.1633	3514	X-RAY DIFFRACTION	97.58
5.74-46.91	0.2508	149	0.189	3617	X-RAY DIFFRACTION	94.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.08189303201	0.126932038338	6.10793332551	1.07330749826	-0.374323260249	9.35015444767	-0.155847681747	-0.46029606007	0.306652350216	0.0644580766155	-0.137783444502	0.187085432508	-0.351411677386	-0.825194414317	0.348973768497	0.317444133096	0.0218147963207	0.0536471717628	0.255828072291	-0.0168349786989	0.418824060575	-20.4233840796	48.6083904309	-32.8750629504
2	1.18550298786	1.04453307079	0.877612968837	1.71684248963	0.880883370779	0.901644974343	-0.133994498191	-0.0460059233015	0.261360801165	-0.143658643082	-0.120457032077	0.38597090578	-0.292430839771	-0.144254412748	0.271993613556	0.328910160254	0.0280316467337	-0.00344912374905	0.336395610445	0.00638915047003	0.341053835254	-25.4364250255	41.0103970168	-55.0757288358
3	2.65238145662	-0.100474385074	1.39546024212	3.24022748196	0.379426985914	0.975088600977	0.0104494934364	0.436521102453	-0.431199916991	-0.217983778159	0.297050983926	-0.276963045707	0.121210003438	0.374334711895	-0.297284514638	0.316429393816	0.0234625878885	-0.00241888780714	0.416713635503	-0.130476864932	0.268515376201	-13.2093639713	19.7353638074	-61.9918836549
4	3.58443473669	-4.40101917431	-0.494151056227	5.5021569987	-0.0561750197646	6.71171191555	-0.452444173386	0.388465778264	-0.432565450313	-0.309862627144	0.404699500872	0.327387464586	0.653404273884	-0.427107593492	0.0120451401158	0.277931045339	0.00103210122283	-0.0733486550794	0.354839445995	-0.0630416433573	0.140441737705	-25.9297597201	23.3225939731	-58.9430785555
5	4.98961988076	1.12576268415	-1.93901455912	5.10262193903	-0.710703730361	4.95737491583	0.0255665401271	0.0238263252326	-0.0387987593222	0.487360300699	0.153766089274	0.61022253427	-0.167391464855	-0.514331039299	-0.19417558139	0.173721396173	0.0387510371786	0.0143654255345	0.253189733308	0.00569751254732	0.292100428923	-36.0044711947	33.6818184665	-45.9659414969
6	1.50814196304	-0.410308031964	0.478456786108	1.68696675655	0.33629399427	1.65304396947	0.098106243335	-0.800430256229	-0.126596808276	0.4176638398	0.210558659827	0.351720845323	-0.0266675575626	-1.0143433609	-0.0808360911824	0.321080243429	0.000257185169988	0.182440333301	0.56638433049	0.0399651504625	0.489856147063	-39.9531906962	30.3822044795	-20.7770532315
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17	7.58256480866	5.6263268139	-7.89473392612	5.40651295908	-6.68953564472	8.78597560027	0.586300091492	-0.645707343614	1.18134150443	1.00203780794	0.240106780611	0.553691223702	-0.493958233423	-0.59948488701	-0.729198089915	0.626003338398	-0.0850626705993	0.0658270032837	0.470888639548	-0.0422830166947	0.282852104887	-10.7272768487	41.7719543781	-4.20007940681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 10 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 57 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 113 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 227 through 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 1 through 31 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 32 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 57 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 84 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 133 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 199 through 249 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 250 through 267 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 268 through 280 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'M' and (resid 2 through 53 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'M' and (resid 54 through 77 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and (resid 78 through 112 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and (resid 113 through 285 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'M' and (resid 286 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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