PDB-7q7m: Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q7m

タイトル

Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosynthetic Reaction Center F(M197)H mutant at 100 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary

要素

(Reaction center protein ...) x 3

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Selikhanov, G.K. / Gabdulkhakov, A.G. / Meents, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q7m.cif.gz	636.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q7m.ent.gz	445.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q7m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q7m_validation.pdf.gz	5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q7m_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	7q7m_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	7q7m_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q75C 7q76C 7q77C 7q78C 7q79C 7q7aC 7q7bC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7jC 7q7nC 7q7oC 3v3yS 7q7c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (14)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Reaction center protein H chain

L: Reaction center protein L chain

M: Reaction center protein M chain

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.210, 102.210, 237.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質	Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit 分子量: 26170.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: puhA / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質	Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit 分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufL / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質	Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit 分子量: 33876.895 Da / 分子数: 1 / Mutation: F197H, S8T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufM / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 11種, 218分子

#4: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-UQ7 / UBIQUINONE-7 / ユビキノンQ₇ 分子量: 658.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₆₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-SPN / SPEROIDENONE 分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#13: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in the dark at 289 K for 1 week. 圧: 101.325 kPa

結晶

マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折	Ambient environment: gaseous He / Ambient pressure: 100000 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
回折測定	Specimen support: sapphire capillary
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→46.95 Å / Num. obs: 41962 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 17.2 % / B_iso Wilson estimate: 37.37 Å² / CC_1/2: 0.979 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.509 / R_pim(I) all: 0.124 / R_rim(I) all: 0.525 / Net I/σ(I): 5.93
反射シェル	解像度: 2.55→2.641 Å / 冗長度: 16.2 % / R_merge(I) obs: 2.931 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4104 / CC_1/2: 0.375 / CC star: 0.738 / R_pim(I) all: 0.739 / R_rim(I) all: 3.027 / % possible all: 99.95
Cell measurement	圧: 100000 kPa

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.13-2998_9999	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V3Y

3v3y

解像度: 2.55→46.95 Å / SU ML: 0.2763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3013 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	1686	4.02 %
R_work	0.1828	40261	-
obs	0.1844	41947	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6466	0	675	194	7335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	7551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5782	10334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0389	1022
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	1346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.106	4228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.62	0.3413	137	0.2939	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.62-2.71	0.2986	137	0.2703	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.81	0.2791	140	0.2444	3288	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.81-2.92	0.2714	139	0.2254	3320	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.92-3.05	0.2405	137	0.205	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.21	0.2455	139	0.1845	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.21-3.41	0.2013	140	0.1624	3336	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.41-3.68	0.1743	139	0.1495	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.05	0.2093	141	0.1383	3363	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.63	0.1703	142	0.1406	3385	X-RAY DIFFRACTION	99.8
4.63-5.83	0.1828	143	0.1717	3418	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.83-46.95	0.2632	152	0.2052	3623	X-RAY DIFFRACTION	99.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.36258956933	0.367683528433	4.28582244561	1.80669793981	-0.057384872954	6.18591520932	-0.108772092215	-0.325632138698	0.241183507581	0.123425492318	-0.110314251454	0.110336804227	-0.326753007442	-0.498708591869	0.275574438138	0.331402411172	0.00399821623111	0.0562679448802	0.247563284463	-0.0103317083481	0.3337960028	-20.2188456362	48.7468701278	-32.5462256119
2	2.98655714682	1.35558675175	1.06333155292	1.49952156293	0.537370982167	0.426100609455	0.00105279306054	0.189674823092	0.355355094678	-0.00299898240088	-0.0879484125673	0.354085694428	-0.0684652901946	-0.0874045559582	0.0917162916686	0.257512707421	0.00231083040134	-0.0121279755864	0.291137765281	0.046174163391	0.29415906417	-25.445779075	41.0407212466	-55.0932238327
3	2.56364880305	0.384131801123	1.24854809154	3.15087003375	0.791131814498	0.989231375398	0.0341970892771	0.434987049597	-0.397241494929	-0.0605945157459	0.273641974889	-0.33530551104	0.114254037907	0.348462904697	-0.291157054513	0.284770990924	0.0241784078036	-0.00172530090997	0.433966800848	-0.119729379694	0.277947123048	-13.2566240287	19.7506557459	-62.2315121103
4	4.21164658971	-4.30312885826	0.32804967524	5.47059418359	0.308432983097	6.59625859424	-0.122690324818	0.391003613035	-0.328561520328	-0.0788301012411	0.129393260513	0.524304876107	0.592143757467	-0.412505950777	-0.000194954100764	0.234875220207	-0.0155275403983	-0.0741830065304	0.287746397376	-0.0332154489901	0.211295754849	-25.9224574353	23.372280611	-58.9688951583
5	5.10299542256	-0.104528255031	-1.42674806303	2.06185891374	0.147990027513	5.01494605142	0.0206786851019	-0.13853296393	-0.0154185298005	0.163282243594	-0.077500288354	0.407124444128	0.0063018258082	-0.388268135596	0.0146773354354	0.17401433472	0.0191119840538	0.017022361386	0.196031341192	-0.00465749124074	0.310719571704	-36.0333108326	33.7007927908	-45.9819141154
6	3.04760941061	1.04778678588	4.46332278907	1.89866274604	2.23267380486	6.87625471342	-0.00430659078683	-0.641218725533	-0.0342510985534	0.284875084357	-0.0638129232599	0.15091995368	-0.261495908836	-0.87723823269	0.128749534893	0.358312989403	-0.0263047409022	0.104573536025	0.49192802156	0.0433035185334	0.449094675536	-40.1450527118	30.3336576176	-21.1805739936
7	4.02708836714	2.12717347315	0.424879380986	4.12352645874	0.281668547603	2.4123749727	0.242176001728	-0.534668634306	0.281859644598	0.240334474692	-0.2235040328	0.516256440013	-0.0507823670828	-0.684509309339	-0.0422856984259	0.471360504541	-0.0600640972369	0.0978856582415	0.567848196776	0.00849023899772	0.283506558221	-34.0759047871	26.3213829573	-7.3361816481
8	1.25820308309	0.11606020382	-0.463040234604	0.885058024443	-1.60438731527	6.3378409999	0.136733885959	-0.0692732204	-0.0660267263756	0.0731616751083	0.0393944380351	0.0561528510581	0.243026459269	-0.416623083112	-0.078205632397	0.28757192758	-0.0583532527316	0.0319054997215	0.225795010526	0.0285288663485	0.338632423977	-29.3697423707	22.9406712848	-30.6702963591
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13	2.31036416103	3.58016065696	0.0172663322451	5.46548028755	0.183370324673	2.90240934223	0.0551625072277	0.334480069085	-0.322579131375	-0.228708547985	0.0613287009127	-0.132557209868	0.227104489923	0.00700553521951	-0.11435642595	0.26028563756	0.0873487041216	-0.0465181998139	0.301450681488	-0.00307146343433	0.387857843097	3.31165583179	22.2918673392	-47.9802916656
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17	6.15185759404	5.30905130726	-5.59058755547	4.59906687642	-4.83098795068	5.09763504265	0.446448666202	-0.424147563972	1.17704217075	0.453835524745	0.140960877353	0.600307562576	-0.186285462171	-0.336897124919	-0.5505071265	0.574350832684	-0.188720122014	0.0694307906645	0.431990570716	-0.0500056125234	0.354845925958	-10.7191216718	41.759729003	-4.24336115991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 10 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 57 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 113 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 227 through 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 1 through 31 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 32 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 57 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 84 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 133 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 199 through 249 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 250 through 267 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 268 through 281 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'M' and (resid 2 through 53 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'M' and (resid 54 through 77 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and (resid 78 through 112 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and (resid 113 through 285 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'M' and (resid 286 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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