PDB-7q7j: Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q7j

タイトル

Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosynthetic Reaction Center F(M197)H mutant at 75 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary

要素

(Reaction center protein ...) x 3

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Selikhanov, G.K. / Gabdulkhakov, A.G. / Meents, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q7j.cif.gz	629.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q7j.ent.gz	440 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q7j_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q7j_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	7q7j_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	7q7j_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q75C 7q76C 7q77C 7q78C 7q79C 7q7aC 7q7bC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7mC 7q7nC 7q7oC 3v3yS 7q7c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (14)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Reaction center protein H chain

L: Reaction center protein L chain

M: Reaction center protein M chain

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.300, 102.300, 237.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質	Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit 分子量: 26170.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: puhA / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質	Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit 分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufL / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質	Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit 分子量: 33876.895 Da / 分子数: 1 / Mutation: F197H, S8T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufM / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9

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非ポリマー , 11種, 189分子

#4: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-UQ7 / UBIQUINONE-7 / 3-メチル-5,6-ジメトキシ-2-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,2(以下略) 分子量: 658.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₆₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-SPN / SPEROIDENONE 分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#13: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.87 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: batch mode 詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in the dark at 289 K for 1 week.

結晶

マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.87 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
回折測定	Specimen support: sapphire capillary
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→46.99 Å / Num. obs: 35764 / % possible obs: 99.28 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 42.04 Å² / CC_1/2: 0.968 / CC star: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.451 / R_pim(I) all: 0.138 / R_rim(I) all: 0.473 / Net I/σ(I): 5.04
反射シェル	解像度: 2.69→2.786 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 2.294 / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 3422 / CC_1/2: 0.347 / CC star: 0.718 / R_pim(I) all: 0.747 / R_rim(I) all: 2.422 / % possible all: 97.37
Cell measurement	圧: 75000 kPa

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.13-2998_9999	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V3Y

3v3y

解像度: 2.69→46.99 Å / SU ML: 0.3535 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8236 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	1436	4.02 %
R_work	0.1789	34304	-
obs	0.181	35740	99.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→46.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6466	0	674	165	7305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	7492
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6259	10258
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0398	1017
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	1336
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4323	4185

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.69-2.79	0.3411	137	0.285	3273	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.79-2.9	0.3289	143	0.2628	3377	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.9-3.03	0.2824	142	0.2437	3385	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.03-3.19	0.2816	141	0.2218	3395	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.19-3.39	0.2387	142	0.1911	3400	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.39-3.65	0.2055	145	0.1685	3434	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.65-4.02	0.2133	143	0.1416	3432	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.02-4.6	0.1789	145	0.1339	3450	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.6-5.79	0.1744	146	0.1487	3489	X-RAY DIFFRACTION	98.91
5.79-46.99	0.2616	152	0.1796	3669	X-RAY DIFFRACTION	98.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9673633627	0.322356076446	4.71955803732	2.11644613905	-0.539692613617	7.37414949346	-0.191132517322	-0.256722312902	0.427848849028	0.152438476688	-0.100787083654	0.148147020528	-0.503339148345	-0.621379263116	0.338504140089	0.337336177242	0.030142854904	0.0517564293615	0.248665276494	-0.0321343918967	0.372248881542	-20.4597669027	48.7596303571	-32.9402998998
2	1.91062658567	1.26372033212	0.788703104705	1.246513969	0.407891084835	0.482121336905	0.0135555416409	0.173371514561	0.273845930613	-0.0113116656956	-0.100235558158	0.27497460296	-0.04515930121	-0.00513227189948	0.0621721336165	0.349698521798	0.0171625530714	-0.0479995438932	0.330037632668	0.026441506026	0.404687083782	-25.4684048287	41.0687072479	-55.1156124447
3	2.70854241495	0.137525227847	0.946899334501	3.01632920267	0.43380746433	1.15347391146	0.000759731756924	0.503205770704	-0.450169935157	-0.147444123929	0.285421120002	-0.342697986	0.119522267126	0.340915526113	-0.272721350525	0.297933792765	0.0137707512284	-0.0207272669429	0.453116175642	-0.14123317082	0.28604217626	-13.2639301613	19.7849019613	-62.27302871
4	3.43174449111	-3.90683943214	1.14345444809	5.89210969208	0.435128483605	6.08168087205	-0.224436024131	0.675655007346	-0.469998706256	-0.148083497488	0.313853330556	0.717242311933	0.657719372637	-0.511681621666	-0.0999228512838	0.268709199911	-0.0400204179835	-0.0469346109646	0.363957934921	-0.0518471286032	0.280120388905	-25.9536856825	23.3778047627	-58.9855069868
5	4.03038559554	-0.291393583006	-1.06997688341	1.5090535444	0.548907375907	3.6856795541	0.0790498617024	0.0361236270767	-0.0216639998714	0.123533174837	-0.0655469829428	0.609913757597	-0.0859858658809	-0.476708408944	-0.0849566767632	0.19455432002	-0.00369495681117	0.0576444843739	0.24913278722	0.0086127709139	0.328865900728	-36.0639733709	33.718643615	-46.0129310458
6	1.60364124558	0.0882121113885	1.265221163	0.95598624104	0.361148191474	4.645619138	-0.0888900544445	-0.701647369283	-0.0671996748095	0.419441605739	-0.163520171392	0.40965747313	0.107781042756	-1.1448316164	0.248965872875	0.377828777241	-0.00336863705555	0.170323240341	0.579064039692	0.0180348387782	0.499534159413	-40.0149757147	30.4270897999	-20.7972324586
7	3.76379956878	1.48701146452	0.141906490044	3.62955576284	0.316624162791	2.49876840481	0.157456054677	-0.485383278427	0.201346478645	0.613305340173	-0.19593165357	0.545829982603	-0.206423067085	-0.680211501068	-0.00939105808731	0.525188566191	-0.0306446234719	0.0871662678219	0.642181210419	0.016101128418	0.292730630012	-34.1427635637	26.3201903805	-7.28279655283
8	1.03303235795	0.0119953191277	-0.688101423079	1.26270884791	-1.97938220744	4.87578199669	0.087279606387	-0.0805659567662	-0.148505477518	0.134213085614	-0.0209080763383	0.050220686186	0.179878296413	-0.429811054561	-0.102018334007	0.309782927452	-0.0836189385738	0.0278437630054	0.260374939624	0.0217331484383	0.336678499195	-29.4040408496	22.9535263183	-30.6758372709
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10	0.862801608083	-0.0203703934067	0.000774860308783	0.369278416274	0.385059002113	0.572000513574	0.00671208614113	0.0398850253418	-0.200784644457	-0.0248559054853	-0.0296728986969	-0.133750622443	0.0735576615057	0.048790150413	0.00530979608458	0.243122981727	-0.00614824203776	-0.00738991276787	0.28637139603	-0.0319763202732	0.235194116629	-4.15259589557	28.4641215632	-39.4752472841
11	7.83882827455	1.83461239384	1.22708067721	1.20704824723	-1.2669750644	3.539102177	0.192169674251	-1.02542249786	-1.69203429583	0.75877808553	-0.333690618962	-0.539990434855	-0.476370225822	0.673996704205	0.142116136992	0.605633464802	-0.0760524843181	-0.0909900987112	0.526247917797	0.241610490336	0.626815070952	-7.31832868767	8.63962894444	-10.805282622
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13	2.21427797296	3.56087624563	-0.271912708001	6.19690598518	0.0679436235617	3.28639176239	0.1233807256	0.278232545334	-0.419745982678	0.00968259171902	0.0651575618649	-0.278799254049	0.336422105101	-0.0170195304388	-0.161973457899	0.30987033378	0.0721978801292	-0.0646328532331	0.319331318272	0.0114308766451	0.386616031387	3.30718439998	22.255570702	-47.9624606958
14	1.79775608141	2.6548877727	-3.08023711566	5.18970746643	-4.59493923764	5.3019550097	-0.202912702486	0.0218561227863	-0.330492611145	-0.150616206052	-0.0525976252784	-0.369958977647	0.278411326714	-0.0390258829948	0.192781498547	0.310800906903	-0.0376079224272	-0.0834448369218	0.440013142563	0.0352764429274	0.461525570369	17.8329008886	23.7242024857	-21.153733233
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17	6.24649835447	5.47039625732	-7.05150708021	4.99398676026	-6.31853483998	8.06271424721	0.209629834885	-0.334631599648	0.858008672807	0.495422392186	0.243954194325	0.553976388239	-0.177626331903	-0.603437411414	-0.425292248056	0.594685777463	-0.158848926298	0.0315976953846	0.464802986564	-0.0406726445722	0.289760187103	-10.75236849	41.7706790759	-4.20508296108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 10 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 57 through 112 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 113 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 227 through 249 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 1 through 31 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 32 through 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 57 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 84 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 133 through 198 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 199 through 249 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 250 through 267 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 268 through 281 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'M' and (resid 2 through 53 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'M' and (resid 54 through 77 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'M' and (resid 78 through 112 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'M' and (resid 113 through 285 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'M' and (resid 286 through 301 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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