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- PDB-7q7h: Room temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q7h
タイトルRoom temperature structure of the Rhodobacter Sphaeroides Photosynthetic Reaction Center F(M197)H mutant at 51 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードELECTRON TRANSPORT / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CITRIC ACID / : / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / SPEROIDENONE / UBIQUINONE-7 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Selikhanov, G.K. / Gabdulkhakov, A.G. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research031B0405A ドイツ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,53127
ポリマ－91,4073
非ポリマー10,12324
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37400 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area28760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.290, 102.290, 237.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 26170.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: puhA / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7
#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31360.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufL / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 33876.895 Da / 分子数: 1 / Mutation: F197H, S8T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: pufM / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 10種, 223分子

#4: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-UQ7 / UBIQUINONE-7


分子量: 658.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H66O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-SPN / SPEROIDENONE


分子量: 594.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H70O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in ...詳細: 20-25 mg/ml protein solution was mixed 1:1 with lipid sponge phase. The mixture was filled into a sealed plastic tip covered with an excess amount of 1 M trisodium citrate and incubated in the dark at 289 K for 1 week.
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折Ambient environment: gaseous He / Ambient pressure: 51000 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日
回折測定Specimen support: sapphire capillary
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→46.99 Å / Num. obs: 44663 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 40.43 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.306 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.326 / Net I/σ(I): 5.86
反射 シェル解像度: 2.49→2.579 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 2.105 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 4379 / CC1/2: 0.347 / CC star: 0.717 / Rpim(I) all: 0.818 / Rrim(I) all: 2.266 / % possible all: 99.18
Cell measurement圧: 51000 kPa

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.13-2998_9999精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V3Y

3v3y


解像度: 2.49→46.99 Å / SU ML: 0.2671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.7656 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1794 4.02 %
Rwork0.1768 42849 -
obs0.1782 44643 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 689 199 7354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00277512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56210285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03861020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.89744209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.560.29831360.29243229X-RAY DIFFRACTION99.15
2.56-2.630.30911340.26873237X-RAY DIFFRACTION98.83
2.63-2.720.26691360.2633235X-RAY DIFFRACTION99.5
2.72-2.810.30061370.24283272X-RAY DIFFRACTION99.42
2.81-2.930.26271360.21643268X-RAY DIFFRACTION99.42
2.93-3.060.25791370.20193259X-RAY DIFFRACTION99.36
3.06-3.220.21651370.17953275X-RAY DIFFRACTION99.04
3.22-3.420.1931370.16243285X-RAY DIFFRACTION99.3
3.42-3.690.16621380.14573294X-RAY DIFFRACTION99.02
3.69-4.060.17581390.13033304X-RAY DIFFRACTION98.74
4.06-4.650.16451390.13333338X-RAY DIFFRACTION98.78
4.65-5.850.16661400.1583334X-RAY DIFFRACTION97.94
5.85-46.990.25061480.18613519X-RAY DIFFRACTION97.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.883604488254.55879022783-6.030629212124.25612916192-5.626568902447.461649182710.3123541527-0.409805489640.9872427091330.6313972652460.1168523196760.617159028232-0.39360757913-0.521085011562-0.3421132634080.632201380299-0.1624453316120.06104833828110.482366313545-0.04755280702790.411629925062-10.710955222541.7818649476-4.20755915761
21.520071988430.3163999141730.8784444298721.14546403308-0.4406177132021.870482915240.0165280085231-0.04006117122320.2311279856610.14547780646-0.04032424855090.213967250952-0.288697434503-0.2693772014220.05154801724580.309889582169-0.00766402167919-0.007238582961910.251686162528-0.01594390902150.394460161314-17.53316874848.6987176677-38.148028084
31.077221199022.133899105430.2979246866684.255468366180.2466424631422.909810701480.1152794323170.2771648214650.812410657597-0.03496353197190.004356624032670.692959328479-0.491639543249-0.334219753756-0.1244404463090.4055951550230.0218211870056-0.02741981515650.4583170764510.05830165527060.517514453651-33.914313721441.690860412-54.5767691376
43.268715231740.1956305362151.140906075493.522570815640.8855097967981.397363525180.0005625016703910.430642191896-0.486725068682-0.1189789140060.248501809864-0.2287281778580.1486843719140.327801728876-0.2508811530640.3061897679160.0105706426994-0.01096763985410.417944829819-0.09467436373520.27041724638-15.359669566420.9191189912-62.0618342383
54.28220955728-3.32499510253-1.041405530155.99327094244-1.914054928862.84921198575-0.2877060905540.467702674686-0.571669422445-0.1999316030990.2532584110310.5601269194710.453727399371-0.3611103253080.002441276216480.267071294076-0.0615606846149-0.06985396378480.414477642166-0.07177788173610.322736482467-25.564259365924.2304507273-59.096939171
63.537402236272.549291693762.280761351975.721343137290.9398161992941.59808861675-3.80144068458-0.9339617496514.12548327874-6.723261899571.031254135225.46951957224-8.010410582970.1165708678892.770473967111.602280270670.207231399352-0.05666525106250.829504359461-0.1260051974341.46180648743-33.41113580227.17253047123-57.4129868054
71.983422782280.209583434694-0.9709453103470.995550240826-1.111379159767.113875774910.0650134369804-0.18433954738-0.086000552860.2335208049580.0815157333780.308573883341-0.22186029353-0.646899045945-0.1661545725780.2774570489510.0114430988530.08751138129420.323419805575-0.004223168179990.478579807698-37.843564242832.2519850007-34.7356713639
84.240987205370.8498133071111.362691202366.286056904382.57987670711.69693953480.102715388277-0.6548063240590.0253122121030.434224723078-0.20879283310.425517657746-0.201513041587-0.5019343017130.09144542640810.578315308157-0.1208102915810.1026230145620.6391510649030.04816228315310.343159656664-34.145322945226.3125556219-7.30464046426
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'M' and (resid 286 through 301)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 10 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 76 through 97 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 98 through 226 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 227 through 248 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 249 through 249 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 57 through 83 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 84 through 151 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 152 through 249 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 250 through 267 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 268 through 281 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 2 through 53 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'M' and (resid 54 through 77 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'M' and (resid 78 through 112 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'M' and (resid 113 through 285 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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