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万見
- PDB-7q7d: Room temperature structure of the human Serine/Threonine Kinase 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q7d
タイトルRoom temperature structure of the human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B/DRAK2) in complex with ATP/ADP at 111 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary
要素Serine/threonine-protein kinase 17B
キーワードTRANSFERASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / actin cytoskeleton / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 17B, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase 17B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research031B0405A ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 17B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8593
ポリマ－37,3271
非ポリマー5312
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.890, 83.890, 116.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 17B / DAP kinase-related apoptosis-inducing protein kinase 2


分子量: 37327.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK17B, DRAK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O94768, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode
詳細: 20 mg/ml protein in 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 0.5 mM TCEP was mixed 1:1.5 with precipitant solution (0.1 M HEPES 6.5, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 3350, 50mM sodium/potassium ...詳細: 20 mg/ml protein in 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 0.5 mM TCEP was mixed 1:1.5 with precipitant solution (0.1 M HEPES 6.5, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 3350, 50mM sodium/potassium tartrate, 0.8mM quercetin). Batch grown crystals were subsequently mixed 1:1 with 100 mM ATP/50 mM magnesium chloride in DRAK2 crystallization buffer and incubated for half an hour.
PH範囲: 6.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月30日
回折測定Specimen support: sapphire capillary
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→39.46 Å / Num. obs: 12947 / % possible obs: 96.68 % / 冗長度: 25.8 % / Biso Wilson estimate: 62.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 13.03
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 24.1 % / Rmerge(I) obs: 2.875 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 1181 / CC1/2: 0.446 / CC star: 0.785 / Rpim(I) all: 0.584 / Rrim(I) all: 2.937 / % possible all: 89.2
Cell measurement圧: 111000 kPa

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.13-2998_9999精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QF4

6qf4


解像度: 2.6→39.46 Å / SU ML: 0.2968 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5288 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 1293 10.01 %
Rwork0.1923 11622 -
obs0.1964 12915 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 32 17 2301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5433224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0429363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.20661404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.70.30731310.28011165X-RAY DIFFRACTION89.19
2.7-2.830.3291280.2981158X-RAY DIFFRACTION89.31
2.83-2.980.30241430.26671285X-RAY DIFFRACTION98.41
2.98-3.160.31051420.25581287X-RAY DIFFRACTION99.51
3.16-3.410.28241480.23941329X-RAY DIFFRACTION99.6
3.41-3.750.25581460.19261315X-RAY DIFFRACTION99.39
3.75-4.290.1861470.15681322X-RAY DIFFRACTION99.46
4.29-5.40.19551500.15061348X-RAY DIFFRACTION98.36
5.4-39.460.2181580.17991413X-RAY DIFFRACTION97.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70726653982-1.14952674448-1.891244347324.716446643183.238392309713.65179151034-0.01862630126820.09459537418960.07963405297650.06909418757920.04243256541990.1500443561620.0228135087374-0.0723061969607-0.0002434470745420.50951115719-0.0015297333694-0.07080333153080.5816510816970.01501649135950.52712477576326.977544174188.01558692813.09948348606
23.25573007727-0.132797296789-0.6146397874644.037141028221.315360642081.7398728832-0.08837600320680.4415269961960.367285245842-0.2973993556420.113051531521-0.0593936279014-0.614416227782-0.233406774617-3.90575145865E-50.5821694219230.03186720928060.01699300472310.6628973814960.007045028053540.61439514029917.4904136537109.2601943225.47315012289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 196 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 197 through 297 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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