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Yorodumi- PDB-7q7b: Room temperature structure of RNase A at atmospheric pressure in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q7b | ||||||
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Title | Room temperature structure of RNase A at atmospheric pressure in a sapphire capillary after high helium gas pressure release | ||||||
Components | Ribonuclease pancreatic | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary | ||||||
Function / homology | Function and homology information pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography Authors: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...Authors: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Chapman, H.N. / Meents, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7q7b.cif.gz | 109.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7q7b.ent.gz | 70.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7q7b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7b | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7q75C 7q76C 7q77C 7q78C 7q79C 7q7aC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7jC 7q7mC 7q7nC 7q7oC 2e3wS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13708.326 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: RNASE1, RNS1 / Production host: Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease | ||||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...Details: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium chloride and equilibrated for one to two days at room temperature. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 295 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 0.477 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 26, 2019 |
Diffraction measurement | Specimen support: sapphire capillary |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.477 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→28 Å / Num. obs: 15243 / % possible obs: 98.18 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 29.18 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1107 / Rpim(I) all: 0.0559 / Net I/σ(I): 7.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.844 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.512 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 1502 / CC1/2: 0.311 / CC star: 0.689 / Rpim(I) all: 0.8206 / % possible all: 98.55 |
Cell measurement | Pressure: 101.325 kPa |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2E3W Resolution: 1.78→28 Å / SU ML: 0.2431 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.0547 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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