PDB-7q79: Room temperature structure of RNase A at 100 MPa helium gas press...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q79

タイトル

Room temperature structure of RNase A at 100 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	7q79_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	7q79_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	7q79_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q79	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q75C 7q76C 7q77C 7q78C 7q7aC 7q7bC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7jC 7q7mC 7q7nC 7q7oC 2e3wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.400, 64.400, 64.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium chloride and equilibrated for one to two days at room temperature. 圧: 101.325 kPa

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折	Ambient environment: gaseous He / Ambient pressure: 100000 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
回折測定	Specimen support: sapphire capillary
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→28 Å / Num. obs: 22676 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.53 Å² / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1619 / R_pim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 6.11
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.905 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 2245 / CC_1/2: 0.306 / CC star: 0.685 / R_pim(I) all: 0.7833 / % possible all: 99.6
Cell measurement	圧: 100000 kPa

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13-2998_9999	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E3W

2e3w

解像度: 1.55→28 Å / SU ML: 0.2113 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8459 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	1780	7.85 %
R_work	0.1558	20893	-
obs	0.1582	22673	98.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	14	80	1045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0445	1501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	165
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9049	723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.3797	135	0.3215	1586	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.59-1.64	0.3126	135	0.2934	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.64-1.69	0.282	141	0.2644	1588	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.69-1.75	0.2716	129	0.2441	1592	X-RAY DIFFRACTION	98.91
1.75-1.82	0.2773	139	0.2147	1600	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.82-1.91	0.2484	132	0.1786	1584	X-RAY DIFFRACTION	98.73
1.91-2.01	0.1873	142	0.1504	1608	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.01-2.13	0.1721	128	0.137	1596	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.13-2.3	0.1561	135	0.1375	1609	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.3-2.53	0.174	135	0.1418	1623	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.53-2.89	0.1896	138	0.1506	1611	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.89-3.64	0.1659	145	0.1435	1616	X-RAY DIFFRACTION	97.62
3.64-28	0.159	146	0.1307	1680	X-RAY DIFFRACTION	96.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.202902234666	-0.223492884128	-0.178081332623	0.694398080388	-0.250016023163	0.864409429845	0.021615269519	0.00266141759474	0.11211662643	0.0104778977502	0.11249698129	0.322134616989	-0.0315261551637	-0.485142171606	0.00016791451425	0.195419990031	-0.0308622296118	-0.00140043363345	0.20254165065	0.0056904075178	0.212937003726	19.4912922913	-15.7842814379	2.80297082724
2	0.293728561103	-0.335170831667	0.106008465937	0.457556013057	-0.0408629454479	0.119752711092	0.0240208809436	0.194575617122	0.0786179460867	-0.204010989033	-0.109466716894	-0.56168311468	-0.271528583153	0.58745019691	0.000422998330198	0.314555075228	-0.0445385415073	0.0477364896571	0.351990691287	0.0091485584496	0.280270855832	35.4244724192	-9.33853800289	-3.41413098353
3	0.148886677996	0.114254720514	0.0863117191726	0.293513332276	-0.0346801537922	0.159021751447	-0.0964439110976	0.349026196526	-0.164142372821	-0.676679049235	0.250910952942	-0.178246239026	0.253657986361	0.082151508124	-0.000597263081695	0.349516133036	-0.0593355989573	-0.0181296410885	0.233442680349	-0.0103927712266	0.1780953846	27.9219555122	-7.25558327935	-7.81537832275
4	1.36194837121	1.21217504051	-1.17013078177	2.62800815789	0.131077617385	1.89177023683	-0.133602497024	0.168819387078	0.129890113705	-0.349597643909	0.127069560802	0.537957021218	0.006669023843	-0.398353301635	0.0117152846829	0.226654832255	-0.0458615785407	-0.0684251800165	0.217720594164	-0.00464620181062	0.262584122541	22.6796963678	-7.80984954132	-2.40735368763
5	1.42697093765	1.57752366322	0.407105246554	1.91585396699	-0.0318031575988	1.70913474291	-0.0791561997494	-0.205153992206	0.155011465647	0.168864934668	-0.0616813683297	0.238290401454	0.032218879456	-0.305568580114	-9.38685870495E-6	0.215466941355	0.0332754551622	-0.0293918581535	0.232788128307	-0.0254556642424	0.220366052261	24.846261588	-11.9033769237	17.1424937095
6	0.493524623441	0.369113917357	-0.174118192249	0.308610370838	-0.191240477148	0.888779190097	-0.12778962649	-0.0654391269265	0.0392446742164	0.0738897222104	0.0173377779347	-0.0841891169664	-0.0864108282487	-0.0241407714803	-0.000161230625919	0.208169428309	-0.00789219508049	-0.0221725651229	0.176236873525	-0.0118115044274	0.19881383656	30.5396524036	-5.88814702076	8.97375588452
7	0.307475022983	-0.146158870737	-0.41202608659	0.0692170699394	0.195837694189	0.552495150362	-0.489340596047	1.21927735817	1.12813209719	-1.45639708332	0.508303399391	1.33476949922	-0.768630720526	-0.286896026276	0.149779919004	0.582672183995	-0.0472527412665	-0.24067984431	0.42573296248	0.128556412219	0.507162242365	20.09533583	2.96117228944	-10.6021452397
8	0.0161979370573	0.0787702218343	-0.0938038517856	0.36580653464	-0.437499938119	0.519964796327	-0.0644003299945	-0.0359088145416	0.057874067315	0.0318945895801	-0.0107423852742	-0.143073963157	-0.149625988662	0.076330681682	9.13369605085E-5	0.242602123524	-0.0282935707195	-0.0273754330698	0.182599304616	-0.00166652716591	0.192997423984	31.6265225416	-3.97265247511	6.01926433743
9	0.192753933737	-0.0739414457246	-0.041878201058	0.168659083395	0.12146219273	0.293224079128	0.119878190501	-0.225394744967	-0.359366375674	0.140498223144	-0.206524785119	0.235795512798	0.573074780142	-0.451087895948	0.000375866797482	0.292241183957	-0.02227571652	-0.00124833923681	0.284459189914	0.0178300081112	0.270770390732	20.4798407874	-19.3474710097	14.2766109668
10	0.648066455475	0.232206135012	0.187445891129	0.162305632491	0.140574586189	0.31148465111	-0.424680815056	-0.374701311574	1.35830325236	-0.274626054085	-0.0595367581855	0.557820171244	-0.586328351613	0.0672819692572	-0.0118597223632	0.272818127567	0.0650815579307	-0.0440147208875	0.25074624167	0.0114149693706	0.312752148994	24.6616338866	-6.22317057786	11.3023299096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 96 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 97 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 110 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 119 through 124 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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