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万見
- PDB-7q76: Room temperature structure of RNase A at 22 MPa helium gas pressu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q76
タイトルRoom temperature structure of RNase A at 22 MPa helium gas pressure in a sapphire capillary
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research031B0405A ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Chapman, H.N. / Meents, A.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0307
ポリマ－13,7081
非ポリマー3216
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area7000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.420, 64.420, 65.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium chloride and equilibrated for one to two days at room-temperature.
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折Ambient environment: gaseous He / Ambient pressure: 22000 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
回折測定Specimen support: sapphire capillary
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→25.65 Å / Num. obs: 26313 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 21.28 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.0485 / Net I/σ(I): 7.44
反射 シェル解像度: 1.48→1.533 Å / Rmerge(I) obs: 2.128 / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 2593 / CC1/2: 0.304 / CC star: 0.683 / Rpim(I) all: 0.7747 / % possible all: 98.67
Cell measurement圧: 22000 kPa

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.13-2998_9999精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E3W

2e3w


解像度: 1.48→25.65 Å / SU ML: 0.1793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.0956 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 2075 7.89 %
Rwork0.1493 24228 -
obs0.1516 26303 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 14 77 1042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29051491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0897164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1459441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.510.30071400.29691548X-RAY DIFFRACTION98.25
1.51-1.550.3361360.27151612X-RAY DIFFRACTION98.92
1.55-1.590.30291390.25351583X-RAY DIFFRACTION98.85
1.59-1.640.23961390.22891584X-RAY DIFFRACTION98.91
1.64-1.690.2291380.20681599X-RAY DIFFRACTION99.31
1.69-1.750.22561340.17841586X-RAY DIFFRACTION99.14
1.75-1.820.20411360.16451606X-RAY DIFFRACTION99.09
1.82-1.910.17811360.14831615X-RAY DIFFRACTION99.6
1.91-2.010.17111370.13271598X-RAY DIFFRACTION99.43
2.01-2.130.16381320.12471628X-RAY DIFFRACTION99.55
2.13-2.30.15231380.13241623X-RAY DIFFRACTION99.55
2.3-2.530.18261350.13981642X-RAY DIFFRACTION99.66
2.53-2.90.18631420.15081625X-RAY DIFFRACTION99.55
2.9-3.650.16311470.14251659X-RAY DIFFRACTION99.29
3.65-25.650.15861460.13241720X-RAY DIFFRACTION99.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.216146220704-0.224739301821-0.1309268391560.512662284024-0.125222148430.6343647425620.02018433255770.03819348314960.143546957153-0.07085769255370.07118792070970.342712402626-0.0880707147498-0.358045515663-2.58905415456E-50.183213786608-0.0254788667195-0.005072253820820.1814931062780.001319487765410.20634459138919.4942613076-15.78319075382.77685488151
20.9288492292631.106475349390.006152465699743.87187732112-0.1725416973462.74109335407-0.1474047911270.2614721130480.0685542604757-0.5115357374460.09993258211350.130126744970.0231592436996-0.01155067349565.37659312949E-50.23087642964-0.047241054702-0.01937008623480.194229950765-0.008536916690620.16628374865527.3203308452-8.02825913992-3.7504288646
31.042803540161.108936219050.2810058819151.280241289920.1396054085081.25942034717-0.0423154083821-0.1444559073410.1314937057350.143640703474-0.106701799310.1277522570280.0593026146063-0.364060861839-0.001181657638910.2167767283330.0350869120951-0.0187974530050.229834730683-0.01948141725570.20555485744824.8545549942-11.935075508117.2021745753
40.6249874969510.209314123066-0.3121825519950.40569362697-0.00971364073610.701324450042-0.150742224265-0.08233575340120.07602711830440.05212679249630.0137786454448-0.110070556544-0.0962737285104-0.0492787922373-4.62484744536E-50.186020764974-0.00904040974062-0.02289116121380.143005859264-0.007744216605950.1795806122430.5552168076-5.887102246058.99586553078
52.45138221556-0.751234230215-1.138353920520.7442586516061.35287718812.51904536640.04560064769741.442780368311.00407829589-1.518750492770.4750475993241.23131741204-0.615564674406-0.2509481121210.7037344007140.572776542327-0.0470894241441-0.2662437687420.4368913242770.1639313708410.42008081240820.14947034843.11569258349-10.4729835711
60.07017947170440.055598788718-0.03014064366320.239505839324-0.3910657573590.46738387683-0.0716180608946-0.03757487471110.07275817365520.0654417459948-0.0212259937778-0.153550964273-0.2025255262730.0601980919583-2.98661075075E-50.227477887318-0.0331598608788-0.03019060983720.173571605577-0.004486882318940.18112135294931.6176953371-3.990028101366.05147285537
71.45786946805-1.01478026159-0.2526644201290.797217911280.5621457494481.629731055830.0390335099846-0.2298629608860.12466696830.04750013167-0.2155034704240.2627251038150.0555232296917-0.2029270008875.88334122267E-60.2187768424510.0183476201996-0.01667102055920.226120386537-0.005153092348440.21920495460722.3480465385-13.523487713712.9866724157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 50 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 71 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 72 through 86 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 87 through 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 97 through 109 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 110 through 124 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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