PDB-7q75: Room temperature structure of RNase A at atmospheric pressure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q75

タイトル

Room temperature structure of RNase A at atmospheric pressure

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fixed-target high-pressure macromolecular crystallography
著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...

履歴

登録	2021年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q75.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q75.ent.gz	70.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q75_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q75_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	7q75_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	7q75_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q75	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q76C 7q77C 7q78C 7q79C 7q7aC 7q7bC 7q7dC 7q7eC 7q7fC 7q7gC 7q7hC 7q7jC 7q7mC 7q7nC 7q7oC 2e3wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.520, 64.520, 65.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium chloride and equilibrated for one to two days at room-temperature. 圧: 101.325 kPa

結晶

マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10-20 mg/ml protein dissolved in 0.1 M sodium acetate pH 4.5 was mixed in a 1:1 ratio with precipitant containing 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 1.2-1.5 M ammonium sulphate and 2-2.5 M sodium ...
圧: 101.325 kPa

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データ収集

回折	Ambient pressure: 101.325 kPa / 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.477 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
回折測定	Specimen support: sapphire capillary
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.477 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→28.14 Å / Num. obs: 19611 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.03 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.1685 / R_pim(I) all: 0.0515 / Net I/σ(I): 7.76
反射シェル	解像度: 1.64→1.69 Å / R_merge(I) obs: 2.139 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1936 / CC_1/2: 0.334 / R_pim(I) all: 0.6683 / % possible all: 99.38
Cell measurement	圧: 101.325 kPa

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13-2998_9999	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E3W

2e3w

解像度: 1.64→28.14 Å / SU ML: 0.2427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.9503 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	1535	7.83 %
R_work	0.1548	18063	-
obs	0.1573	19598	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→28.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	951	0	14	81	1046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0083	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0701	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0526	164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7154	715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.69	0.381	135	0.3406	1612	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.69-1.75	0.2885	140	0.2882	1608	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.75-1.82	0.2669	136	0.253	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.82-1.91	0.288	138	0.2084	1629	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.91-2.01	0.2221	140	0.1815	1629	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.01-2.13	0.1895	134	0.1438	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.3	0.1725	138	0.1436	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.53	0.1905	135	0.1373	1637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.89	0.1784	142	0.1492	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.65	0.1686	151	0.1392	1668	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.65-28.14	0.1573	146	0.1293	1742	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.132173224832	-0.154892957259	-0.0759702977405	0.549852409114	-0.12734531852	0.653338022163	-0.0417645990499	-0.0120585931965	0.189254364948	-0.0136219683416	0.127118162059	0.30903123049	-0.0965466722089	-0.384669112921	-0.000273434383358	0.199586028391	-0.0313161408585	-0.00541115363674	0.207788690418	0.0121454994555	0.235727411278	19.5122351061	-15.8004902676	2.785288469
2	0.273560949805	-0.191255961756	0.207365839418	0.329548335073	0.0462508896941	0.22366073238	0.048224903267	0.197352207781	-0.0466375910344	-0.0654080334311	-0.0464330346051	-0.482136738865	-0.20786638134	0.595253136744	0.000220591867364	0.303037628397	-0.0475255690661	0.0498170943302	0.355475626306	0.00853842146793	0.260629003318	35.4787049649	-9.32062320602	-3.45491296071
3	0.270517191943	0.0392098558382	0.148393435096	0.251013550211	-0.117727907125	0.188146930746	-0.118374652747	0.483565583915	-0.170503497372	-0.688377390306	0.273466498635	-0.208997961583	0.307250204763	-0.0205314172203	-6.57524309357E-5	0.357107595125	-0.0603914317952	-0.00977846501063	0.256991796488	-0.0101552883924	0.181227837176	28.2293722174	-7.12135162781	-7.48800547959
4	1.25439199896	1.39425844839	-0.84896256111	2.5105512264	0.0747406097885	1.50959951493	-0.183951202963	0.240618463225	0.0891540349084	-0.40758838503	0.188057145884	0.566937802366	0.00184945154892	-0.364293786207	0.00956236377561	0.235702867117	-0.0496626098917	-0.0726872005034	0.227661626079	0.00416318517547	0.269973771869	22.7312900466	-7.76976206708	-2.44213302957
5	1.19051035385	1.32469778543	0.194498318375	1.60433285672	0.0589323831575	1.18927778452	-0.044801365513	-0.243646642657	0.0587712919137	0.139371348804	-0.117727406666	0.190942597357	0.0463860168714	-0.299187621514	0.000150758180514	0.226867377777	0.0381858707035	-0.0191079220694	0.247439355347	-0.0234177667675	0.201473242406	24.9076950983	-11.9640937372	17.1859087426
6	0.472760048253	0.289564321684	-0.330308924582	0.365473294011	-0.124748352414	0.560490492615	-0.148836553916	-0.0684510362926	0.0478267854816	0.0954594154937	-0.000156979246526	-0.077619909949	-0.156928564653	-0.0162238846706	-5.20488140524E-5	0.224238180822	-0.0106852668593	-0.0268298069365	0.174410089518	-0.0120080748047	0.198300750102	30.6194017741	-5.89974852932	8.98274716704
7	1.69706260256	-0.414989584241	-0.432543045061	0.483251333158	0.906363074021	1.80042842105	-0.0167017236096	1.26009404638	1.18668388362	-1.54885758783	0.407563445955	1.25990862812	-0.506287904143	-0.266069767892	0.543664847836	0.556661255098	-0.0493782379664	-0.326546794828	0.426030618127	0.170607500473	0.485979666088	20.1930476627	3.10355209279	-10.4729664518
8	0.0925116268167	0.127585301005	-0.177439646487	0.369325607617	-0.396358941056	0.470167325572	-0.062297627002	-0.052507242956	0.0563299990305	0.0422341515827	-0.0442019956708	-0.157911224626	-0.21005429553	0.128408155916	0.000191406560639	0.242313165065	-0.0285055467625	-0.0262161680242	0.205356406822	0.00105337723505	0.209447645962	31.670093304	-3.99756749883	6.04463493585
9	0.154593977547	-0.10523818207	-0.00283472497226	0.126220055181	0.0154246981404	0.235862444406	0.040271768496	-0.207367816193	-0.243803399829	0.15312647469	-0.211347586424	0.47710534291	0.594702668336	-0.53764987498	0.000686979409512	0.300745927732	-0.0410001737122	0.0160873571397	0.294016441799	0.0133268284613	0.274264465934	20.5257232601	-19.4457619827	14.2764910518
10	0.0828844155124	-0.056662213873	-0.0815984969094	0.0613227380531	0.0702203495245	0.0753709979772	-0.254927222214	-0.504148548593	0.933454060299	-0.294784006178	-0.0674225810671	0.122767617496	-0.485960306637	0.1893726391	0.000266259893462	0.273419006166	0.0527462259219	-0.0433316040695	0.243610483048	0.00563395059748	0.313942953674	24.6845812201	-6.24483961672	11.3290183325

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 32 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 71 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 72 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 96 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 97 through 109 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 110 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 119 through 124 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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