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- PDB-7q6m: Structure of WrbA from Yersinia pseudotuberculosis in P1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6m
タイトルStructure of WrbA from Yersinia pseudotuberculosis in P1
要素NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
キーワードFLAVOPROTEIN / NADH dehydrogenase / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NADPH dehydrogenase (quinone) activity / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / NAD binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Beckham, K.S.H. / Roe, A.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of WrbA, a spurious target of the salicylidene acylhydrazide inhibitors of type III secretion in Gram-negative pathogens, and verification of improved specificity of ...タイトル: Crystal structures of WrbA, a spurious target of the salicylidene acylhydrazide inhibitors of type III secretion in Gram-negative pathogens, and verification of improved specificity of next-generation compounds.
著者: Zambelloni, R. / Beckham, K.S.H. / Wu, H.J. / Elofsson, M. / Marquez, R. / Gabrielsen, M. / Roe, A.J.
履歴
登録2021年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
C: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
D: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6258
ポリマ－98,4834
非ポリマー1424
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Established in literature
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.690, 63.860, 66.360
Angle α, β, γ (deg.)61.210, 77.900, 86.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...
d_2ens_1(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...
d_3ens_1(chain C and (resid 1 through 49 or (resid 50...
d_4ens_1(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...AA1 - 4934 - 82
d_12LYSLYSALAALA(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...AA50 - 5183 - 84
d_13METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...AA1 - 19834 - 231
d_14METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...AA1 - 19834 - 231
d_15METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...AA1 - 19834 - 231
d_16METMETLYSLYS(chain A and (resid 1 through 49 or (resid 50...AA1 - 19834 - 231
d_21METMETTHRTHR(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BB1 - 5534 - 88
d_22ASNASNASNASN(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BB5689
d_23PHEPHELYSLYS(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BB-7 - 19826 - 231
d_24PHEPHELYSLYS(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BB-7 - 19826 - 231
d_25PHEPHELYSLYS(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BB-7 - 19826 - 231
d_26PHEPHELYSLYS(chain B and (resid 1 through 55 or (resid 56...BB-7 - 19826 - 231
d_31METMETALAALA(chain C and (resid 1 through 49 or (resid 50...CC1 - 4934 - 82
d_32LYSLYSALAALA(chain C and (resid 1 through 49 or (resid 50...CC50 - 5183 - 84
d_33METMETLYSLYS(chain C and (resid 1 through 49 or (resid 50...CC1 - 19834 - 231
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d_36METMETLYSLYS(chain C and (resid 1 through 49 or (resid 50...CC1 - 19834 - 231
d_41METMETGLNGLN(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...DD1 - 5734 - 90
d_42GLNGLNALAALA(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...DD58 - 5991 - 92
d_43PHEPHELYSLYS(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...DD-7 - 19826 - 231
d_44PHEPHELYSLYS(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...DD-7 - 19826 - 231
d_45PHEPHELYSLYS(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...DD-7 - 19826 - 231
d_46PHEPHELYSLYS(chain D and (resid 1 through 57 or (resid 58...DD-7 - 19826 - 231

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.58317097351, -0.0796081878934, -0.808439331104), (-0.086913398096, -0.995588782111, 0.0353417340706), (-0.807686620471, 0.0496539359573, -0.587517497405)3.88819525453, 60.2650693081, 1.32441290259
2given(-0.994280682894, 0.106792269617, -0.0011553241052), (0.106790095949, 0.994279952532, 0.00180316390945), (0.00134127956286, 0.00166947387121, -0.99999770691)-24.9242654761, 1.30474644246, 14.6065433818
3given(-0.588446251079, -0.0263145184666, 0.808108009927), (-0.024332962001, -0.998441157758, -0.0502310805637), (0.808170103722, -0.0492219525437, 0.586888646028)-22.3972225431, 61.6680478451, 13.2974906573

-
要素

#1: タンパク質
NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / Flavoprotein WrbA / NAD(P)H:quinone oxidoreductase / NQO


分子量: 24620.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: YPTB1728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66BP3, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.01 M nickel chloride hexahydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 20 % w/v PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→46.17 Å / Num. obs: 123249 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 1.98 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 11.83 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 1.17
反射 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 2434 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.154 / % possible all: 59.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R96

2r96


解像度: 2.04→43.86 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 5014 5.07 %
Rwork0.1736 93828 -
obs0.1756 98842 91.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.41 Å2 / Biso mean: 14.0114 Å2 / Biso min: 4.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→43.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5921 0 4 526 6451
Biso mean--30.24 21.69 -
残基数----808
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
ens_11A2340X-RAY DIFFRACTION3.74TORSIONAL
ens_12B2340X-RAY DIFFRACTION3.74TORSIONAL
ens_13C2340X-RAY DIFFRACTION3.74TORSIONAL
ens_14D2340X-RAY DIFFRACTION3.74TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.04-2.070.2391060.21262085219160
2.07-2.090.25941440.19163065320990
2.09-2.120.19951160.18363041315790
2.12-2.140.22492090.17823081329089
2.14-2.170.22691640.18253030319490
2.17-2.20.21491780.18163125330390
2.2-2.230.17141520.17453047319990
2.23-2.270.27291700.1743093326391
2.27-2.30.20351540.17633130328491
2.3-2.340.23291510.17963162331392
2.34-2.380.24371730.17673082325591
2.38-2.420.18841600.17273175333592
2.42-2.470.19241560.16263044320091
2.47-2.520.20511500.16313178332893
2.52-2.580.20721750.1653204337992
2.58-2.640.20011360.17233116325292
2.64-2.70.24341540.17233171332593
2.7-2.780.22132120.17393242345493
2.78-2.860.22721440.18233143328793
2.86-2.950.20891810.1873191337294
2.95-3.050.23141840.18493230341494
3.05-3.180.26071830.18183206338994
3.18-3.320.21751850.16773192337794
3.32-3.50.20781650.16913254341995
3.5-3.720.22562030.1693188339195
3.72-40.21871620.15993288345096
4-4.40.1711660.15493261342796
4.4-5.040.16842080.14773249345796
5.04-6.350.18011850.18293271345697
6.35-43.860.21431880.20143284347296
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.8788 Å / Origin y: 30.8181 Å / Origin z: 7.2569 Å
111213212223313233
T0.0481 Å20.0012 Å20.0142 Å2-0.0621 Å2-0.005 Å2--0.0581 Å2
L0.2192 °20.0055 °20.1848 °2-0.4711 °2-0.0142 °2--0.54 °2
S-0.0073 Å °-0.0046 Å °0.0208 Å °0.004 Å °0.0011 Å °-0.0067 Å °-0.0477 Å °0.0055 Å °0.0032 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 198
2X-RAY DIFFRACTION1allB-7 - 198
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 198
4X-RAY DIFFRACTION1allD-7 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1allF4 - 148
6X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 489
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 2
8X-RAY DIFFRACTION1allI1
9X-RAY DIFFRACTION1allJ1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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