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- PDB-7q6i: Vibrio maritimus FtsA 1-396 ATP and FtsN 1-29, bent tetramers in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6i
タイトルVibrio maritimus FtsA 1-396 ATP and FtsN 1-29, bent tetramers in double filament arrangement
要素
  • Cell division protein FtsA
  • Cell division protein FtsN (polyAla model)
キーワードCELL CYCLE / Bacterial cell division / Divisome / Actin homologue
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cytoplasmic side of plasma membrane / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #110 / Cell division protein FtsA / SHS2 domain inserted in FTSA / Cell division protein FtsA / SHS2 domain inserted in FtsA / Cell division protein FtsA / : / Dna Ligase; domain 1 / ATPase, nucleotide binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cell division protein FtsA
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio maritimus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Nierhaus, T. / Kureisaite-Ciziene, D. / Lowe, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Bacterial divisome protein FtsA forms curved antiparallel double filaments when binding to FtsN.
著者: Nierhaus, T. / McLaughlin, S.H. / Burmann, F. / Kureisaite-Ciziene, D. / Maslen, S.L. / Skehel, J.M. / Yu, C.W.H. / Freund, S.M.V. / Funke, L.F.H. / Chin, J.W. / Lowe, J.
履歴
登録2021年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsA
B: Cell division protein FtsA
C: Cell division protein FtsA
D: Cell division protein FtsA
E: Cell division protein FtsA
F: Cell division protein FtsA
G: Cell division protein FtsA
H: Cell division protein FtsA
I: Cell division protein FtsA
J: Cell division protein FtsA
K: Cell division protein FtsA
L: Cell division protein FtsA
M: Cell division protein FtsA
N: Cell division protein FtsA
O: Cell division protein FtsA
P: Cell division protein FtsA
X: Cell division protein FtsN (polyAla model)
Y: Cell division protein FtsN (polyAla model)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)697,23350
ポリマ－688,72918
非ポリマー8,50432
水00
1
A: Cell division protein FtsA
X: Cell division protein FtsN (polyAla model)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1734
ポリマ－46,6422
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cell division protein FtsA
Y: Cell division protein FtsN (polyAla model)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1734
ポリマ－46,6422
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: Cell division protein FtsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0633
ポリマ－42,5321
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.692, 119.993, 329.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
51chain I
61chain K
71chain M
81chain O
12(chain B and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
22chain D
32(chain F and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
42(chain H and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
52(chain J and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
62(chain L and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
72(chain N and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
82(chain P and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))
13chain Y
23chain X

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNSERSERchain AAA8 - 3898 - 389
211ASNASNSERSERchain CCC8 - 3898 - 389
311ASNASNSERSERchain EEE8 - 3898 - 389
411ASNASNSERSERchain GGG8 - 3898 - 389
511ASNASNSERSERchain III8 - 3898 - 389
611ASNASNSERSERchain KKK8 - 3898 - 389
711ASNASNSERSERchain MMM8 - 3898 - 389
811ASNASNSERSERchain OOO8 - 3898 - 389
112ASNASNVALVAL(chain B and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))BB8 - 2698 - 269
122ARGARGSERSER(chain B and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))BB290 - 389290 - 389
132ATPATPMGMG(chain B and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))BU - V501 - 502
212ASNASNSERSERchain DDD8 - 3898 - 389
312ASNASNVALVAL(chain F and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))FF8 - 2698 - 269
322ARGARGSERSER(chain F and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))FF290 - 389290 - 389
332ATPATPMGMG(chain F and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))FCA - DA501 - 502
412ASNASNVALVAL(chain H and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))HH8 - 2698 - 269
422ARGARGSERSER(chain H and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))HH290 - 389290 - 389
432ATPATPMGMG(chain H and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))HGA - HA501 - 502
512ASNASNVALVAL(chain J and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))JJ8 - 2698 - 269
522ARGARGSERSER(chain J and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))JJ290 - 389290 - 389
532ATPATPMGMG(chain J and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))JKA - LA501 - 502
612ASNASNVALVAL(chain L and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))LL8 - 2698 - 269
622ARGARGSERSER(chain L and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))LL290 - 389290 - 389
632ATPATPMGMG(chain L and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))LOA - PA501 - 502
712ASNASNVALVAL(chain N and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))NN8 - 2698 - 269
722ARGARGSERSER(chain N and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))NN290 - 389290 - 389
732ATPATPMGMG(chain N and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))NSA - TA501 - 502
812ASNASNVALVAL(chain P and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))PP8 - 2698 - 269
822ARGARGSERSER(chain P and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))PP290 - 389290 - 389
832ATPATPMGMG(chain P and (resid 8 through 269 or resid 290 through 389 or resid 501 through 502))PWA - XA501 - 502
113UNKUNKUNKUNKchain YYR1 - 830 - 37
213UNKUNKUNKUNKchain XXQ1 - 830 - 37

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Cell division protein FtsA


分子量: 42531.809 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: chain D: amino acids 270-289 are disordered / 由来: (組換発現) Vibrio maritimus (バクテリア) / 遺伝子: ftsA, JCM19240_1885 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A090T942
#2: タンパク質・ペプチド Cell division protein FtsN (polyAla model)


分子量: 4109.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Vibrio maritimus FtsN 1-29 polyAla model for 8 amino acids,Vibrio maritimus FtsN 1-29 polyAla model for 8 amino acids
由来: (合成) Vibrio maritimus (バクテリア)
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21.645 % v/v PEG 600, 0.125 M MgCl2, 0.1 M Tris/HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.00915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→75.98 Å / Num. obs: 89730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 111.78 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 620636 / Scaling rejects: 1876
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.6-3.697.11.1974675065790.9830.4891.2941.8100
16.1-75.986.50.049700610720.9970.020.0532398.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc1_4392精密化
REFMAC5.8.0230精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Q6F

7q6f


解像度: 3.6→49.88 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 4323 4.85 %
Rwork0.2406 84808 -
obs0.2428 89131 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 791.37 Å2 / Biso mean: 115.6282 Å2 / Biso min: 36.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45750 0 512 0 46262
Biso mean--97.2 --
残基数----6109
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
12C9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
13E9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
14G9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
15I9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
16K9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
17M9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
18O9320X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
21B8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
22D8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
23F8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
24H8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
25J8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
26L8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
27N8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
28P8784X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
31Y46X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
32X46X-RAY DIFFRACTION8.987TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6-3.640.41251370.36852827296499
3.64-3.680.41381250.35822782290799
3.68-3.730.37221450.34172802294799
3.73-3.780.38071210.33742822294399
3.78-3.830.4191260.318328122938100
3.83-3.880.39551510.309828162967100
3.88-3.930.33721400.31812787292799
3.93-3.990.35261400.299128582998100
3.99-4.050.32411560.294827432899100
4.05-4.120.39721660.291228633029100
4.12-4.190.32781520.282527352887100
4.19-4.270.32281370.256728342971100
4.27-4.350.27141260.2528092935100
4.35-4.440.29141530.239228773030100
4.44-4.540.28861730.224427352908100
4.54-4.640.25741290.219528242953100
4.64-4.760.28471420.215428222964100
4.76-4.890.2661590.223428242983100
4.89-5.030.25241590.223828312990100
5.03-5.190.29721400.234828663006100
5.19-5.380.30131320.24428092941100
5.38-5.590.34621350.255228222957100
5.59-5.850.3211450.258828442989100
5.85-6.150.33851420.257428583000100
6.15-6.540.28151450.24728452990100
6.54-7.040.28781530.236128733026100
7.04-7.750.261580.207528062964100
7.75-8.860.20241430.178728693012100
8.86-11.150.17821400.16528923032100
11.15-49.880.24871530.2212921307499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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