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- PDB-7q5s: Protein community member fatty acid synthase complex from C. ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5s
タイトルProtein community member fatty acid synthase complex from C. thermophilum
要素
  • 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードTRANSFERASE / Fatty Acid Synthase / complex / chaetomium / thermophilum / fatty / acid / synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain ...: / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase alpha subunit-like protein / Malonyltransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.47 Å
データ登録者Chojnowski, G. / Skalidis, I. / Kyrilis, F.L. / Tueting, C. / Hamdi, F. / Kastritis, P.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM and artificial intelligence visualize endogenous protein community members.
著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Grzegorz Chojnowski / Panagiotis L Kastritis /
要旨: Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and ...Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and thioesters of coenzyme-A synthesis. Metabolons are highly heterogeneous due to their function, making their analysis particularly challenging. Here, we simultaneously characterize metabolon-embedded architectures of a 60S pre-ribosome, fatty acid synthase, and pyruvate/oxoglutarate dehydrogenase complex E2 cores de novo. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) 3D reconstructions are resolved at 3.84-4.52 Å resolution by collecting <3,000 micrographs of a single cellular fraction. After combining cryo-EM with artificial intelligence-based atomic modeling and de novo sequence identification methods, at this resolution range, polypeptide hydrogen bonding patterns are discernible. Residing molecular components resemble their purified counterparts from other eukaryotes but also exhibit substantial conformational variation with potential functional implications. Our results propose an integrated tool, boosted by machine learning, that opens doors for structural systems biology spearheaded by cryo-EM characterization of native cell extracts.
履歴
登録2021年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13846
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13846
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
C: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
E: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
G: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
H: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
I: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
J: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
K: 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
L: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,643,10612
ポリマ－2,643,10612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:
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ID
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7given(0.500100333014, -0.865967467803, 4.03275465976E-5), (-0.865967468393, -0.500100333592, -5.09392817571E-6), (2.45789955899E-5, -3.23748682566E-5, -0.999999999174)206.885950742, 358.383135047, 285.342688478
8given(-0.498093748577, -0.867120439912, -0.00218181452869), (0.867122812311, -0.498089625654, -0.00218018006431), (0.000803739514615, -0.00297783521087, 0.999995243239)346.574751114, 116.416680668, 0.392164901295
9given(-0.999993081442, 0.00228090480523, 0.00293845911074), (0.00229130840108, 0.999991102011, 0.00354200564544), (-0.00293035398667, 0.00354871405592, -0.999989409771)278.558081882, -0.384773820462, 285.035485449
10given(-0.499977928639, 0.866038146316, -9.01491159021E-8), (-0.866038146316, -0.499977928639, -6.72978629622E-8), (-1.03355084728E-7, 4.44251271022E-8, 1)72.1679467297, 358.373486314, 1.53734981012E-6

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / S-acyl fatty acid synthase thioesterase / [Acyl- ...Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / S-acyl fatty acid synthase thioesterase / [Acyl-carrier-protein] acetyltransferase / [Acyl-carrier-protein] malonyltransferase


分子量: 235450.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S867
#2: タンパク質
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / Acyl carrier / Beta-ketoacyl reductase / Beta-ketoacyl ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase / Acyl carrier / Beta-ketoacyl reductase / Beta-ketoacyl synthase / Fatty acid synthase subunit alpha


分子量: 205066.922 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0S866

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fatty Acid Synthase Complex from Chaetomium thermophilum
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 200 mM / 名称: Ammonium acetate / 式: NH4CH2COOH
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: For plunging, blot force 2 and blotting time of 6 sec were applied.

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 倍率（補正後）: 95675 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 103.15 K / 最低温度: 77.15 K / Residual tilt: 14.7 mradians
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 2808

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.1粒子像選択Blob Picker
4cryoSPARC3.1CTF補正Patch CTF
7Coot0.9.2-preモデルフィッティング
9cryoSPARC3.1初期オイラー角割当Ab-Initio Reconstruction
10cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.1分類2D Classification
12cryoSPARC3.1３次元再構成Homogeneous Refinement
13Coot0.9.2-preモデル精密化
14PHENIX1.18.2モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5231 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial models were predicted using AlphaFold v2.0.1, fitted into reconstructions using COOT and finally refined in real space using COOT and phenix.real_space_refine
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 244.94 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0054172272
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8933233568
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.050925962
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006430354
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.369163984
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.033116786264
ens_1d_3JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.033419085142
ens_1d_4JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701616506773
ens_1d_5JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706431306184
ens_1d_6JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0331128170036
ens_2d_2IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.02887809096
ens_2d_3IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070474578071
ens_2d_4IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707430627256
ens_2d_5IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0382715185447
ens_2d_6IELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000577671192073

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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