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- PDB-7q5g: LAN-DAP5 DERIVATIVE OF LANREOTIDE: L-DIAMINO PROPIONIC ACID IN PO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5g
タイトルLAN-DAP5 DERIVATIVE OF LANREOTIDE: L-DIAMINO PROPIONIC ACID IN POSITION 5 IN PLACE OF L-LYSINE
要素LAN-DAP5 DERIVATIVE OF LANREOTIDE
キーワードHORMONE / Lanreotide / nanotube / assembly
機能・相同性ETHANOL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.83 Å
データ登録者Bressanelli, S. / Le Du, M.H. / Gobeaux, F. / Legrand, P. / Paternostre, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Atomic structure of Lanreotide nanotubes revealed by cryo-EM.
著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane ...著者: Laura Pieri / Fengbin Wang / Ana-Andreea Arteni / Matthijn Vos / Jean-Marie Winter / Marie-Hélène Le Du / Franck Artzner / Frédéric Gobeaux / Pierre Legrand / Yves Boulard / Stéphane Bressanelli / Edward H Egelman / Maité Paternostre /
要旨: Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and ...Functional and versatile nano- and microassemblies formed by biological molecules are found at all levels of life, from cell organelles to full organisms. Understanding the chemical and physicochemical determinants guiding the formation of these assemblies is crucial not only to understand the biological processes they carry out but also to mimic nature. Among the synthetic peptides forming well-defined nanostructures, the octapeptide Lanreotide has been considered one of the best characterized, in terms of both the atomic structure and its self-assembly process. In the present work, we determined the atomic structure of Lanreotide nanotubes at 2.5-Å resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Surprisingly, the asymmetric unit in the nanotube contains eight copies of the peptide, forming two tetramers. There are thus eight different environments for the peptide, and eight different conformations in the nanotube. The structure built from the cryo-EM map is strikingly different from the molecular model, largely based on X-ray fiber diffraction, proposed 20 y ago. Comparison of the nanotube with a crystal structure at 0.83-Å resolution of a Lanreotide derivative highlights the polymorphism for this peptide family. This work shows once again that higher-order assemblies formed by even well-characterized small peptides are very difficult to predict.
履歴
登録2021年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: emd_author_list
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAN-DAP5 DERIVATIVE OF LANREOTIDE
B: LAN-DAP5 DERIVATIVE OF LANREOTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2054
ポリマ－2,1132
非ポリマー922
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Lanreotide determined to dimerize rpior to self-assembly. Uncertain about Lan-dap5
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area2200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)18.950, 18.950, 57.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LAN-DAP5 DERIVATIVE OF LANREOTIDE


分子量: 1056.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.41 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ethanol 29%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.79990, 0.78971
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.79991
20.789711
反射解像度: 0.825→16.41 Å / Num. obs: 11135 / % possible obs: 99.18 % / 冗長度: 44.4 % / Biso Wilson estimate: 4.77 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02957 / Rpim(I) all: 0.004005 / Rrim(I) all: 0.02985 / Net I/σ(I): 90.68
反射 シェル解像度: 0.825→0.8546 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1596 / Mean I/σ(I) obs: 7.14 / Num. unique obs: 1011 / CC1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.07567 / Rrim(I) all: 0.1784 / % possible all: 91.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.83→16.41 Å / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 8.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.0858 1113 10 %
Rwork0.0773 10019 -
obs0.0781 11132 99.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 19.59 Å2 / Biso mean: 5.8883 Å2 / Biso min: 3.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.83→16.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数148 0 24 8 180
Biso mean--10.01 10.53 -
残基数----16
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
0.83-0.860.13111280.11311182131094
0.86-0.910.09541400.086712621402100
0.91-0.960.11410.079312481389100
0.97-1.040.08221380.067712531391100
1.04-1.140.06571390.06312721411100
1.14-1.310.08361400.069912571397100
1.31-1.650.08181460.075412671413100
1.65-16.410.08641410.081312781419100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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