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万見
- PDB-7q4j: A thermostable lipase from Thermoanaerobacter thermohydrosulfuric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q4j
タイトルA thermostable lipase from Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus in complex a monoacylglycerol intermediate
要素(Serine aminopeptidase S33 domain-containing ...) x 2
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / THERMOSTABLE / monoacylglycerol / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / nonane / N-OCTANE / STEARIC ACID / Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Wilmanns, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery of a non-canonical prototype long-chain monoacylglycerol lipase through a structure-based endogenous reaction intermediate complex.
著者: Pinotsis, N. / Kruger, A. / Tomas, N. / Chatziefthymiou, S.D. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Daffe, M. / Marrakchi, H. / Antranikian, G. / Wilmanns, M.
履歴
登録2021年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_molecule_features / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
B: Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,13420
ポリマ－60,0022
非ポリマー2,13218
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The mutation E72R abolishes the dimerisation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.526, 137.526, 67.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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Serine aminopeptidase S33 domain-containing ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein / Prolyl oligopeptidase family


分子量: 29960.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Methylates Lysines, Seleno-methionines
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
遺伝子: SAMN04244560_02687 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G7VV58
#2: タンパク質 Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein


分子量: 30040.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus (バクテリア)
遺伝子: SAMN04244560_02687 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1G7VV58

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非ポリマー , 8種, 305分子

#3: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID


分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#9: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % / 解説: parallelepiped of about 50 x 50 x 100 micro-m
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97873, 0.97903
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978731
20.979031
反射解像度: 1.91→20 Å / Num. obs: 49383 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.26 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→19.75 Å / SU ML: 0.166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.5375
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1939 1532 3.11 %
Rwork0.1631 47663 -
obs0.164 49195 96.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4135 0 136 287 4558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83335856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.19791687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.91-1.970.2199960.25363803X-RAY DIFFRACTION85.96
1.97-2.040.26071470.20874291X-RAY DIFFRACTION97.35
2.04-2.120.23391410.18854310X-RAY DIFFRACTION97.67
2.12-2.220.25121250.16954334X-RAY DIFFRACTION97.89
2.22-2.340.19231540.16474344X-RAY DIFFRACTION98.34
2.34-2.480.21191380.17734373X-RAY DIFFRACTION98.77
2.48-2.670.21541380.17944390X-RAY DIFFRACTION98.5
2.67-2.940.20161560.18524408X-RAY DIFFRACTION98.47
2.94-3.370.22961530.1834386X-RAY DIFFRACTION98.03
3.37-4.230.17531520.14354425X-RAY DIFFRACTION97.3
4.24-19.750.15371320.14074599X-RAY DIFFRACTION96.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10756536479-0.3006813262070.1747840800461.74849102090.1122912830231.4023695721-0.05593959334320.00886421425176-0.500929692958-0.02372523235440.0150980117030.1468556151650.117326728787-0.2826258697280.03853652511820.270285550576-0.04394798619250.04401674101060.402318396889-0.02821614795630.4254184252231.6599904574229.85465742464.50445955336
24.323224656731.652827742850.07197299580691.91455563837-0.5322997265080.976546422788-0.1669873925180.3582925289390.320476010412-0.3171068198630.1500218252350.152716329262-0.216659912162-0.323968378236-0.01117193220720.4371773008730.01767514384990.009477487557960.462777423451-0.001094083105270.34139625194810.119743944748.6357309495-8.37299139125
31.706880378630.181024411285-0.02069781107772.382353762920.3757924083341.57515042741-0.0528303318663-0.140718453031-0.2268103178520.1008471802070.0577279700913-0.314138830387-0.04285034258130.146345861159-0.002140968720990.2569125392440.00573608480355-0.014372214430.3445482933890.06120230460130.33215558717327.802473838441.766960192718.831591889
43.09791000350.768959336364-0.7790990749621.45844098780.6417232567280.7761867494840.0609148501649-0.4872131334660.05309144919280.306267530358-0.07353767196110.16498120502-0.0808108995950.02681312062710.02284277738690.3959080417080.01848407421550.02314171690320.4753151048450.07756415979570.3057721140637.8908928018648.016363355531.6032867597
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and (resid 1:140 or resid 183:259)AA1 - 2591 - 259
22chain A and resid 141:182AA141 - 182141 - 182
33chain B and (resid 1:140 or resid 183:259)BB1 - 2591 - 259
44chain B and resid 141:182BB141 - 182141 - 182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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