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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q4j | ||||||
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タイトル | A thermostable lipase from Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus in complex a monoacylglycerol intermediate | ||||||
![]() | (Serine aminopeptidase S33 domain-containing ...) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / THERMOSTABLE / monoacylglycerol / lipase | ||||||
機能・相同性 | Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold / DECANE / nonane / N-OCTANE / STEARIC ACID / Serine aminopeptidase S33 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pinotsis, N. / Wilmanns, M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Discovery of a non-canonical prototype long-chain monoacylglycerol lipase through a structure-based endogenous reaction intermediate complex. 著者: Pinotsis, N. / Kruger, A. / Tomas, N. / Chatziefthymiou, S.D. / Litz, C. / Mortensen, S.A. / Daffe, M. / Marrakchi, H. / Antranikian, G. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 279.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7q4hC ![]() 8b9sC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Serine aminopeptidase S33 domain-containing ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29960.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Methylates Lysines, Seleno-methionines 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SAMN04244560_02687 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30040.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SAMN04244560_02687 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 8種, 305分子 ![](data/chem/img/STE.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OCT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DD9.gif)
![](data/chem/img/D10.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | ChemComp-DD9 / | #9: 化合物 | ChemComp-D10 / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % / 解説: parallelepiped of about 50 x 50 x 100 micro-m |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月7日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.91→20 Å / Num. obs: 49383 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 36.26 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.4 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.91→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 82.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.91→19.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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