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- PDB-7q3p: Crystal structure of IgG1-Fc-MST-HN (efgartigimod) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3p
タイトルCrystal structure of IgG1-Fc-MST-HN (efgartigimod)
要素IgG1-Fc-MST-HN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fc / IgG1-Fc-MST-HN / efgartigimod / ARGX-113 / FcRn / FcRn-binding protein
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / beta-D-mannopyranose / alpha-L-fucopyranose / alpha-D-mannopyranose
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The Fab region of IgG impairs the internalization pathway of FcRn upon Fc engagement.
著者: Brinkhaus, M. / Pannecoucke, E. / van der Kooi, E.J. / Bentlage, A.E.H. / Derksen, N.I.L. / Andries, J. / Balbino, B. / Sips, M. / Ulrichts, P. / Verheesen, P. / de Haard, H. / Rispens, T. / ...著者: Brinkhaus, M. / Pannecoucke, E. / van der Kooi, E.J. / Bentlage, A.E.H. / Derksen, N.I.L. / Andries, J. / Balbino, B. / Sips, M. / Ulrichts, P. / Verheesen, P. / de Haard, H. / Rispens, T. / Savvides, S.N. / Vidarsson, G.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG1-Fc-MST-HN
B: IgG1-Fc-MST-HN
C: IgG1-Fc-MST-HN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,02617
ポリマ－76,4793
非ポリマー4,54714
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.408, 87.935, 106.093
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.041, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-684-

HOH

21C-687-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A237 - 291
121(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A293 - 343
131(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A345 - 415
141(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A417 - 419
151(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A422 - 444
161(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A446
171(chain 'A' and (resid 237 through 255 or (resid 256...A450
281(chain 'B' and (resid 237 through 268 or (resid 269...B237 - 291
291(chain 'B' and (resid 237 through 268 or (resid 269...B293 - 343
2101(chain 'B' and (resid 237 through 268 or (resid 269...B345 - 415
2111(chain 'B' and (resid 237 through 268 or (resid 269...B417 - 419
2121(chain 'B' and (resid 237 through 268 or (resid 269...B422 - 445
2131(chain 'B' and (resid 237 through 268 or (resid 269...B449
3141(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C237 - 291
3151(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C293 - 343
3161(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C345 - 415
3171(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C417 - 419
3181(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C422 - 444
3191(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C446
3201(chain 'C' and (resid 237 through 255 or (resid 256...C450

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要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 464分子 ABC

#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
#1: タンパク質 IgG1-Fc-MST-HN


分子量: 25492.846 Da / 分子数: 3 / 変異: M252Y, S254T, T256E, N433K, H434F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 8種, 14分子

#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-1/a4-b1_b6-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-3-3/a4-b1_b3-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 20% w/v PEG3350 pH 5.1. Cyroprotectant: mother liquid + 20% ethylene glycol (final concentration)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→48.14 Å / Num. obs: 46871 / % possible obs: 98.76 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 40.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.42
反射 シェル解像度: 2.097→2.172 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 4414 / CC1/2: 0.464 / % possible all: 93.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE1.17.1_3660データ収集
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N0U

4n0u


解像度: 2.1→48.14 Å / SU ML: 0.2576 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2682
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2139 2344 5 %
Rwork0.1887 44507 -
obs0.19 46851 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5231 0 0 461 5692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33117401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1164890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.12862073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.140.36271240.31382351X-RAY DIFFRACTION90.49
2.14-2.190.31451390.29842622X-RAY DIFFRACTION98.57
2.19-2.240.33591360.28062596X-RAY DIFFRACTION99.24
2.24-2.290.3441380.26982626X-RAY DIFFRACTION99.46
2.29-2.360.27111380.26412625X-RAY DIFFRACTION99.25
2.36-2.420.27431410.24642660X-RAY DIFFRACTION99.68
2.42-2.50.29641370.24772611X-RAY DIFFRACTION98.88
2.5-2.590.25411370.23272611X-RAY DIFFRACTION99.42
2.59-2.70.24531380.22592623X-RAY DIFFRACTION99.03
2.7-2.820.26661380.21562610X-RAY DIFFRACTION98.99
2.82-2.970.26211380.21962635X-RAY DIFFRACTION99.28
2.97-3.150.25611390.21152625X-RAY DIFFRACTION99.82
3.15-3.40.20931390.18172657X-RAY DIFFRACTION99.75
3.4-3.740.23071390.17332637X-RAY DIFFRACTION99.68
3.74-4.280.15561400.15092665X-RAY DIFFRACTION99.64
4.28-5.390.13921400.13122656X-RAY DIFFRACTION98.94
5.39-48.140.16651430.1642697X-RAY DIFFRACTION99.02

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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