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- PDB-7q29: Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q29
タイトルCrystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with dual ACE/NEP inhibitor AD013
要素Angiotensin-converting enzyme
キーワードHYDROLASE / Angiotensin-1 converting enzyme / Dual inhibitor / NEP / Metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / tripeptidyl-peptidase activity / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / tripeptidyl-peptidase activity / exopeptidase activity / regulation of angiotensin metabolic process / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / regulation of renal output by angiotensin / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / negative regulation of calcium ion import / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of D-glucose import / vasoconstriction / neutrophil mediated immunity / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / hormone metabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of neurogenesis / heterocyclic compound binding / lung alveolus development / arachidonate secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / peptide catabolic process / heart contraction / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / blood vessel remodeling / hematopoietic stem cell differentiation / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / animal organ regeneration / amyloid-beta metabolic process / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of vasoconstriction / carboxypeptidase activity / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / basal plasma membrane / response to nutrient levels / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / cellular response to glucose stimulus / brush border membrane / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / male gonad development / metallopeptidase activity / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / lysosome / response to hypoxia / calmodulin binding / endosome / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8JV / BORIC ACID / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cozier, G.E. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M026647/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Probing the Requirements for Dual Angiotensin-Converting Enzyme C-Domain Selective/Neprilysin Inhibition.
著者: Arendse, L.B. / Cozier, G.E. / Eyermann, C.J. / Basarab, G.S. / Schwager, S.L. / Chibale, K. / Acharya, K.R. / Sturrock, E.D.
履歴
登録2021年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,38517
ポリマ－68,8621
非ポリマー2,52416
水9,962553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.164, 84.765, 132.728
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / ACE / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 68861.875 Da / 分子数: 1 / 変異: E46G, N90Q, N155Q, N337Q, N586Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, peptidyl-dipeptidase A

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 9種, 567分子

#4: 化合物
ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-8JV / (2~{S},5~{R})-5-(4-methylphenyl)-1-[2-[[(2~{S})-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-4-phenyl-butan-2-yl]amino]ethanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid


分子量: 424.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M MIB pH 4.0, 5% glycerol, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→66.36 Å / Num. obs: 84046 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 23.9 % / Biso Wilson estimate: 14.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 17.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3962 / CC1/2: 0.413 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F9T

6f9t


解像度: 1.6→66.36 Å / SU ML: 0.167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 17.6492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1843 2013 2.4 %
Rwork0.1605 81951 -
obs0.161 83964 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→66.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 164 553 5423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00395092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75646917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.45991881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.29591490.29045620X-RAY DIFFRACTION96.76
1.64-1.680.3141450.27455680X-RAY DIFFRACTION98.48
1.68-1.730.24831320.24375795X-RAY DIFFRACTION99.46
1.73-1.790.24031460.21985787X-RAY DIFFRACTION99.78
1.79-1.850.28061180.20435845X-RAY DIFFRACTION99.73
1.85-1.930.21861350.18535832X-RAY DIFFRACTION99.82
1.93-2.020.2051310.15585841X-RAY DIFFRACTION99.97
2.02-2.120.19551400.1445846X-RAY DIFFRACTION99.93
2.12-2.260.1531430.13925861X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.430.17631590.13435858X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.670.14891560.13345884X-RAY DIFFRACTION99.98
2.67-3.060.18071620.14795892X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.860.1551420.13915991X-RAY DIFFRACTION100
3.86-66.360.15561550.14586219X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06002808785-0.5528292753890.2537701426945.82256318486-2.229231525251.89314235879-0.04623633240850.1465702289590.056393747338-0.0859467292241-0.0777828204558-0.153896229564-0.1670219092030.004733851042930.1239790286310.195744552634-0.0188694093967-0.007706407264120.2163102799830.01294160052560.0871495109942-10.68314447056.715278160920.651155179732
21.642904166740.670755316737-0.03356023569681.47407322312-1.089663385171.21184860407-0.1885582228490.1175305364050.0937543663878-0.1307062438660.0982969367406-0.179716350545-0.1568828062690.03074803131990.09676010125730.203709544539-0.0118632832087-0.01184247515790.2012275644440.01338454141480.0932218830497-3.296605051277.445344137033.95447381446
30.8363531701790.560823705101-0.3524129729492.16886251717-0.6183347834421.18519921268-0.1335310062650.103872188837-0.18999842664-0.3336803649250.0215717830655-0.1248893761210.3220124135550.02229707751190.1615282029250.1732715978390.01242862637050.00105971360210.133202678792-0.02338248282050.13889071003-3.31102968283-19.22748288717.6883112761
40.3189717138980.058433358776-0.1174475919350.459592721309-0.2877823564710.643276608379-0.0139310517180.0293226199822-0.0383149183842-0.02519310557320.01570611122040.01034225995050.0451282120766-0.0230196648277-0.006805623776720.101452773724-0.002675007824030.01187016586610.0917103468674-0.01020082317210.104198917319-12.0210358749-10.874756745627.0426687051
51.456094106450.22016187194-0.4395116963711.6528736825-0.06882648695211.1717361779-0.02699663977940.0959116330571-0.030540860222-0.1163881253160.04432349222110.1228162412150.0605565683038-0.0928899532721-0.02524627973580.07656898041490.00124282817878-0.01487559950380.09292859513610.005379265645910.0892972998489-23.599983834-4.6877893653419.3999154207
60.6422025557350.110122490138-0.06315988631640.767022853966-0.2148946603760.8007756120940.000706438700037-0.00626819710869-0.02596903152740.0435758234372-0.0079944400779-0.0181575221529-0.003957583289550.04777782036860.0129240645640.0681995700069-0.0007973688128930.008568942713170.0695227005389-0.007012262140610.070414095366-6.92022229522-5.9706469170431.4366695142
71.952069055010.305017996246-0.05047628312061.165932548640.04474755515141.46793972303-0.002108888226920.04845947156630.1542500393710.03063333928410.07948544842110.198703964748-0.132934930069-0.187097825038-0.09527693272590.1141911810650.04820844627120.02290570924530.1149902282590.03619525835150.161135283128-26.65089777118.2329822416826.5044252493
80.5900200199510.124267761826-0.08207729640180.666119730405-0.336359096931.483302468070.0131630647929-0.01594541763090.01933030453910.1220420117040.08413147388650.112385266567-0.144034699233-0.118973891252-0.03908472327490.1381808028290.007350066856630.02020852697510.109725847747-0.02450243592670.127398936591-18.1294186919-1.4325562099138.2390016943
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 40 through 70 )A40 - 701 - 31
22chain 'A' and (resid 71 through 128 )A71 - 12832 - 89
33chain 'A' and (resid 129 through 174 )A129 - 17490 - 135
44chain 'A' and (resid 175 through 358 )A175 - 358136 - 319
55chain 'A' and (resid 359 through 439 )A359 - 439320 - 400
66chain 'A' and (resid 440 through 540 )A440 - 540401 - 501
77chain 'A' and (resid 541 through 589 )A541 - 589502 - 550
88chain 'A' and (resid 590 through 617 )A - J590 - 803551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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