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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q24 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with dual ACE/NEP inhibitor AD011 | ||||||
要素 | Angiotensin-converting enzymeアンジオテンシン変換酵素 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Angiotensin-1 converting enzyme / Dual inhibitor / NEP / Metalloprotease (金属プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / tripeptidyl-peptidase activity / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / response to laminar fluid shear stress / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / tripeptidyl-peptidase activity / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / response to laminar fluid shear stress / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of glucose import / 血管収縮 / neutrophil mediated immunity / hormone metabolic process / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of smooth muscle cell migration / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of neurogenesis / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / eating behavior / arachidonic acid secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / lung alveolus development / peptide catabolic process / heterocyclic compound binding / heart contraction / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / hematopoietic stem cell differentiation / blood vessel remodeling / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / animal organ regeneration / amyloid-beta metabolic process / carboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient levels / basal plasma membrane / kidney development / female pregnancy / angiotensin-activated signaling pathway / cellular response to glucose stimulus / brush border membrane / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / 血圧 / male gonad development / metallopeptidase activity / actin binding / peptidase activity / 精子形成 / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / リソソーム / response to hypoxia / calmodulin binding / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cozier, G.E. / Acharya, K.R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Probing the Requirements for Dual Angiotensin-Converting Enzyme C-Domain Selective/Neprilysin Inhibition. 著者: Arendse, L.B. / Cozier, G.E. / Eyermann, C.J. / Basarab, G.S. / Schwager, S.L. / Chibale, K. / Acharya, K.R. / Sturrock, E.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q24.cif.gz | 902.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q24.ent.gz | 632.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q24 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 72606.508 Da / 分子数: 2 / 変異: N9Q, N25Q, N82Q, N117Q, N131Q, N289Q, Q545R, P576L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, アンジオテンシン変換酵素 |
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-糖 , 4種, 6分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | #15: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-非ポリマー , 11種, 533分子
#5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | ChemComp-P33 / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | ChemComp-P6G / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.06 M Divalent cations, 30% PEG550MME/PEG20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→73.31 Å / Num. obs: 102179 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 30.87 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4951 / CC1/2: 0.418 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6F9V 解像度: 2→63.12 Å / SU ML: 0.2689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.4812 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→63.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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