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万見
- PDB-7q28: Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q28
タイトルCrystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with dual ACE/NEP inhibitor AD012
要素Angiotensin-converting enzyme
キーワードHYDROLASE / Angiotensin-1 converting enzyme / Dual inhibitor / NEP / Metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / tripeptidyl-peptidase activity / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / peptidyl-dipeptidase A / tripeptidyl-peptidase activity / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / response to laminar fluid shear stress / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / positive regulation of systemic arterial blood pressure / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of glucose import / vasoconstriction / hormone metabolic process / neutrophil mediated immunity / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of neurogenesis / arachidonic acid secretion / eating behavior / post-transcriptional regulation of gene expression / heterocyclic compound binding / lung alveolus development / heart contraction / peptide catabolic process / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / hematopoietic stem cell differentiation / peptidyl-dipeptidase activity / blood vessel remodeling / amyloid-beta metabolic process / angiotensin maturation / animal organ regeneration / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of vasoconstriction / carboxypeptidase activity / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient levels / basal plasma membrane / kidney development / angiotensin-activated signaling pathway / female pregnancy / cellular response to glucose stimulus / brush border membrane / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / male gonad development / peptidase activity / actin binding / spermatogenesis / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / lysosome / calmodulin binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8J9 / BORIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Angiotensin-converting enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cozier, G.E. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M026647/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Probing the Requirements for Dual Angiotensin-Converting Enzyme C-Domain Selective/Neprilysin Inhibition.
著者: Arendse, L.B. / Cozier, G.E. / Eyermann, C.J. / Basarab, G.S. / Schwager, S.L. / Chibale, K. / Acharya, K.R. / Sturrock, E.D.
履歴
登録2021年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,98713
ポリマ－68,8621
非ポリマー2,12512
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.254, 84.780, 133.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / ACE / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 68861.875 Da / 分子数: 1 / 変異: E54G, N90Q, N155Q, N337Q, N586Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, peptidyl-dipeptidase A

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 444分子

#4: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#5: 化合物 ChemComp-8J9 / (2~{S})-2-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-3-(4-hydroxyphenyl)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]amino]-4-phenyl-butanoic acid


分子量: 456.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M MIB pH 4.0, 5% glycerol, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→84.78 Å / Num. obs: 77571 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.7 % / Biso Wilson estimate: 21.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 22.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3761 / CC1/2: 0.512 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F9T

6f9t


解像度: 1.65→71.55 Å / SU ML: 0.1694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3968
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1831 1800 2.33 %
Rwork0.1634 75376 -
obs0.1639 77176 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→71.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4706 0 137 434 5277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00485062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82076880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.63561873
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.27141300.26475748X-RAY DIFFRACTION99.56
1.69-1.740.27521410.23185703X-RAY DIFFRACTION99.95
1.74-1.80.22281390.20895688X-RAY DIFFRACTION98.95
1.8-1.870.24371350.20245721X-RAY DIFFRACTION99.09
1.87-1.940.24771300.20085751X-RAY DIFFRACTION99.31
1.94-2.030.24471350.17835733X-RAY DIFFRACTION99.21
2.03-2.140.21471520.16085704X-RAY DIFFRACTION99.39
2.14-2.270.18771630.1585767X-RAY DIFFRACTION99.56
2.27-2.440.18091170.15325806X-RAY DIFFRACTION99.81
2.44-2.690.16461280.15085828X-RAY DIFFRACTION99.68
2.69-3.080.17871430.15955870X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.880.16871370.15135901X-RAY DIFFRACTION100
3.88-71.550.14961500.15136156X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.602961702590.6278817307740.0004999549961031.24831821753-0.8410255201211.67584338837-0.1851107837170.145518087276-0.00638168712056-0.1529813222180.049336276826-0.099943522113-0.0767121512366-0.01977912422830.1316826807140.292216082411-0.01140999894760.007677533500580.3000961950250.004927490435050.173437673402-5.894454965917.118399532912.76478209386
20.9857896034350.69158813791-0.5590292525342.28801086327-1.393851083941.93046060515-0.1242358846710.0785002126455-0.166620571971-0.420393603496-0.00921203527344-0.1288779475070.4111489494240.04321454859270.1575164900590.2844487354430.01568059533170.02637535691370.212013672656-0.04024854998290.221591117239-2.93303473389-20.623004093120.8128087162
30.6306790670120.398299170332-0.6538315637051.47417984916-0.8709165188141.872689211010.00258418803294-0.003279569237820.01348590024120.09344502793170.007399770943180.0526638215335-0.02340995259810.0404025094989-0.008538622671930.1060139334080.00418101597578-0.01456127834060.151754933358-0.005819144236530.129422775927-6.75088913763-7.4730835402733.2686618057
41.772282383030.245971011697-0.7459147186782.08916953808-0.364818157881.77382343766-0.1599542201520.204595670676-0.218971256948-0.1949418797530.1250455190490.1089707063870.253434756917-0.2374777039940.02848251145860.182656318813-0.02631907723490.01243595171260.2188533253630.00749462822680.192976854528-24.3796623953-8.4987957221417.1863497622
50.848197306380.03988617394940.01027284656650.822065891194-0.3213436979541.00249309505-0.00630688792355-0.052282423362-0.01241199532520.07194697418750.02585631338740.0426092279116-0.0422291297471-0.00327287639551-0.00543546974080.1188260965450.001854479891070.01822214448720.1256807866890.0004084935819460.123526383061-10.1389106384-5.328702740931.5238831045
60.688918758432-0.2366928202010.3006674238651.40637531876-1.024863513862.05183488956-0.00726036912521-0.03291381456920.1198613218480.2007237048580.1506296148790.155541025269-0.309934881877-0.221965419864-0.1375913445120.1995435979230.03517277463520.05630333858480.172966689508-0.0007388362588230.193464817942-19.98250013743.2926935456235.872524104
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 40 through 128 )40 - 1281 - 89
22chain 'A' and (resid 129 through 189 )129 - 18990 - 150
33chain 'A' and (resid 190 through 300 )190 - 300151 - 261
44chain 'A' and (resid 301 through 439 )301 - 439262 - 400
55chain 'A' and (resid 440 through 555 )440 - 555401 - 516
66chain 'A' and (resid 556 through 617 )556 - 617517 - 578

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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