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- PDB-7q15: Crystal structure of FcRn and beta-2-microglobulin in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q15
タイトルCrystal structure of FcRn and beta-2-microglobulin in complex with IgG1-Fc-MST-HN (efgartigimod)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • IgG receptor FcRn large subunit p51
  • IgG1-Fc-MST-HN
キーワードIMMUNE SYSTEM / Neonatal Fc Receptor FcRn / FcRn / Fc / IgG1-Fc-MST-HN / efgartigimod / ARGX-113 / FcRn-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions ...IgG immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by FcRn immunoglobulin receptor / IgG binding / beta-2-microglobulin binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of protein binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IgG receptor FcRn large subunit p51 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.301 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Savvides, S.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The Fab region of IgG impairs the internalization pathway of FcRn upon Fc engagement.
著者: Brinkhaus, M. / Pannecoucke, E. / van der Kooi, E.J. / Bentlage, A.E.H. / Derksen, N.I.L. / Andries, J. / Balbino, B. / Sips, M. / Ulrichts, P. / Verheesen, P. / de Haard, H. / Rispens, T. / ...著者: Brinkhaus, M. / Pannecoucke, E. / van der Kooi, E.J. / Bentlage, A.E.H. / Derksen, N.I.L. / Andries, J. / Balbino, B. / Sips, M. / Ulrichts, P. / Verheesen, P. / de Haard, H. / Rispens, T. / Savvides, S.N. / Vidarsson, G.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IgG receptor FcRn large subunit p51
B: Beta-2-microglobulin
C: IgG receptor FcRn large subunit p51
D: Beta-2-microglobulin
E: IgG1-Fc-MST-HN
F: IgG1-Fc-MST-HN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9508
ポリマ－152,9026
非ポリマー3,0482
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Multi-angle laser-light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14960 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area53490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.429, 53.107, 195.745
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.18, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 IgG receptor FcRn large subunit p51 / FcRn / IgG Fc fragment receptor transporter alpha chain / Neonatal Fc receptor


分子量: 37225.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGRT, FCRN / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): MGAT-/- TR+ / 参照: UniProt: P55899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 13732.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): MGAT-/- TR+ / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 IgG1-Fc-MST-HN


分子量: 25492.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1422.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-4-3-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.89 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.146→48.901 Å / Num. obs: 21510 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.942 / Rrim(I) all: 0.38 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 3.146→3.449 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1073 / CC1/2: 0.265 / Rrim(I) all: 0.0156

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N0U

1n0u


解像度: 3.301→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.846 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.805 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.578
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 1003 -RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2077 18236 66.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7863 Å20 Å21.7683 Å2
2---0.2801 Å20 Å2
3---3.0664 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.301→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8310 0 206 0 8516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0058798HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8112122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2645SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1476HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8575HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1224SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5561SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.98
LS精密化 シェル解像度: 3.301→3.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 23 -
Rwork0.2329 --
obs--8.68 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40320.22320.64940.2674-0.30670.3283-0.1192-0.0159-0.2391-0.01590.1357-0.0393-0.2391-0.0393-0.0165-0.3079-0.01310.04360.0364-0.05680.1235-20.0999-43.2579-8.3446
23.5353-2.89270.29453.9839-0.22921.2669-0.2977-0.2435-0.2421-0.24350.21270.0275-0.24210.02750.0851-0.31350.00280.1141-0.0375-0.120.2495-9.8232-51.6318-20.8746
31.10.5028-1.45050.6799-0.72043.19020.2189-0.2074-0.2543-0.20740.1447-0.167-0.2543-0.167-0.36360.31160.0402-0.0905-0.29840.0439-0.2248-48.611327.0497-77.4978
41.9121.9351-2.39164.0241-0.64265.21350.2595-0.0892-0.4163-0.08920.04580.5336-0.41630.5336-0.30540.2984-0.14610.084-0.27260.0964-0.2984-33.0235.6752-75.9643
52.0541-1.07710.49770.4958-0.02110.52530.0321-0.43520.0213-0.43520.0660.05640.02130.0564-0.09820.0431-0.07410.098-0.1534-0.01940.1092-31.7031-19.4508-37.0128
61.31940.9676-1.08731.0792-0.78232.1188-0.1251-0.32570.0872-0.32570.10470.21670.08720.21670.02040.12870.082-0.0005-0.2014-0.0107-0.0492-37.94743.2481-49.9231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C5 - 268
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E236 - 444
6X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E445 - 453
7X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F238 - 444
8X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F445 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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