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万見
- PDB-7q0m: Crystal structure of the peptide transporter YePEPT-K314A in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q0m
タイトルCrystal structure of the peptide transporter YePEPT-K314A in complex with LZNV at 2.66 A
要素Peptide transporter YePEPT
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MFS / peptide transporter / solute transporter / Inhibitor bound / LZNV / PEPT1
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OPK / Peptide transporter YePEPT
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica subsp. palearctica YE-P4 (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Jeckelmann, J.M. / Stauffer, M. / Ilgue, H. / Fotiadis, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_184980 スイス
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Peptide transporter structure reveals binding and action mechanism of a potent PEPT1 and PEPT2 inhibitor.
著者: Stauffer, M. / Jeckelmann, J.M. / Ilgu, H. / Ucurum, Z. / Boggavarapu, R. / Fotiadis, D.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide transporter YePEPT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3733
ポリマ－56,4521
非ポリマー9212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.398, 100.372, 103.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptide transporter YePEPT


分子量: 56451.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. palearctica YE-P4 (腸炎エルシニア)
遺伝子: YEP4_02370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R9TD79
#2: 化合物 ChemComp-OPK / (2~{S})-2-[[(2~{S})-2-azanyl-6-[(4-nitrophenyl)methoxycarbonylamino]hexanoyl]amino]-3-methyl-butanoic acid


分子量: 424.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28N4O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.25 / 詳細: PEG 300, glycine, LZNV

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→45.85 Å / Num. obs: 24643 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.54-2.6611.51.211580.543179.3
2.657-2.74811.71.3711410.579181.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Q0L

7q0l


解像度: 2.54→24.96 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 1223 4.97 %
Rwork0.2671 23379 -
obs0.2683 24602 79.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 232.9 Å2 / Biso mean: 96.0658 Å2 / Biso min: 44.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→24.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3692 0 135 0 3827
Biso mean--126.57 --
残基数----482
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.54-2.640.3402490.3291951100030
2.64-2.760.3684780.32781434151245
2.76-2.910.3515970.33221897199460
2.91-3.090.3561420.3152652279482
3.09-3.330.31061660.30243215338199
3.33-3.660.29671720.265732463418100
3.66-4.190.26721680.256432623430100
4.19-5.270.29131720.259832993471100
5.27-24.960.28181790.257534233602100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9375-0.3157-0.76813.257-1.10064.53410.0846-0.12620.11950.04030.035-0.1776-0.06710.4911-0.11910.3075-0.0251-0.00660.4141-0.06360.3105-7.1642-0.480630.673
26.73790.4332-0.62274.902-0.76843.3728-0.2384-0.53640.1295-0.0281-0.43010.09020.6515-0.49890.62890.47540.01170.08410.4581-0.1410.377-16.5836-6.042337.9006
34.99271.67173.64046.90651.66525.57770.1983-0.72060.09550.8391-0.0653-0.46360.15570.04380.24630.6810.08240.08240.7323-0.14550.5342-6.63775.048841.742
42.3050.0673-0.01777.205-3.66363.65560.11740.12010.612-0.3402-0.458-1.03020.36730.40420.25930.5920.06550.05650.4961-0.21020.5477.4974-14.743126.0745
56.6297-1.2246-1.00878.7073-1.85696.7037-0.23150.05650.00850.00090.06260.7966-0.3247-1.04540.07640.4356-0.1047-0.02850.4094-0.14940.6038-23.2352-15.821928.9843
63.46310.0055-1.62394.6809-0.50831.99-0.13970.1892-0.2231-0.32450.09280.19780.52020.0896-0.02870.7119-0.06280.03650.3975-0.09160.3933-8.7799-24.84528.2715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 143 )A6 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 144 through 180 )A144 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 232 )A181 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 233 through 313 )A233 - 313
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 314 through 370 )A314 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 371 through 503 )A371 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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