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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q0k | ||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase elongation complex in less-swiveled conformation | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNAP transcription elongation / cryo-EM | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhu, C. / Guo, X. / Weixlbaumer, A. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Transcription factors modulate RNA polymerase conformational equilibrium. 著者: Chengjin Zhu / Xieyang Guo / Philippe Dumas / Maria Takacs / Mo'men Abdelkareem / Arnaud Vanden Broeck / Charlotte Saint-André / Gabor Papai / Corinne Crucifix / Julio Ortiz / Albert Weixlbaumer / 要旨: RNA polymerase (RNAP) frequently pauses during the transcription of DNA to RNA to regulate gene expression. Transcription factors NusA and NusG modulate pausing, have opposing roles, but can bind ...RNA polymerase (RNAP) frequently pauses during the transcription of DNA to RNA to regulate gene expression. Transcription factors NusA and NusG modulate pausing, have opposing roles, but can bind RNAP simultaneously. Here we report cryo-EM reconstructions of Escherichia coli RNAP bound to NusG, or NusA, or both. RNAP conformational changes, referred to as swivelling, correlate with transcriptional pausing. NusA facilitates RNAP swivelling to further increase pausing, while NusG counteracts this role. Their structural effects are consistent with biochemical results on two categories of transcriptional pauses. In addition, the structures suggest a cooperative mechanism of NusA and NusG during Rho-mediated transcription termination. Our results provide a structural rationale for the stochastic nature of pausing and termination and how NusA and NusG can modulate it. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q0k.cif.gz | 599.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q0k.ent.gz | 476.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q0k_validation.pdf.gz | 755.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q0k_full_validation.pdf.gz | 802.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7q0k_validation.xml.gz | 86 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q0k_validation.cif.gz | 133.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13746MC 7py0C 7py1C 7py3C 7py5C 7py6C 7py7C 7py8C 7pyjC 7pykC 7q0jC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#1: DNA鎖 | 分子量: 12063.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 11897.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#3: RNA鎖 | 分子量: 4532.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#4: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase #6: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, DNA-directed RNA polymerase #7: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#9: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase elongation complex in less-swiveled conformation タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78470 / 対称性のタイプ: POINT |