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万見
- PDB-7q07: Ketol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q07
タイトルKetol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in the open state with NADP and tartrate
要素Ketol-Acid Reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードISOMERASE / Ketol-acid reductoisomerase / KARI / methanogenic archaea / conformational rearrangement / native purification / oligomerization / thermophile / branched-chain amino acid / biosynthesis
機能・相同性NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L(+)-TARTARIC ACID
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lemaire, O.N. / Mueller, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural Rearrangements of a Dodecameric Ketol-Acid Reductoisomerase Isolated from a Marine Thermophilic Methanogen.
著者: Lemaire, O.N. / Muller, M.C. / Kahnt, J. / Wagner, T.
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-Acid Reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6197
ポリマ－36,5571
非ポリマー1,0626
水2,522140
1
A: Ketol-Acid Reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)451,42484
ポリマ－438,68112
非ポリマー12,74372
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11
単位格子
Length a, b, c (Å)130.827, 130.827, 130.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-719-

HOH

21A-763-

HOH

31A-810-

HOH

41A-831-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ketol-Acid Reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 36556.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

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非ポリマー , 5種, 146分子

#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % / 解説: Flower-shaped plates.
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: KARI was crystallized at 13.5 mg/ml in the following buffer 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 2 mM dithiothreitol, 10% glycerol. The reservoir was filled with 90 ul crystallization solution (33 % (w/v) ...詳細: KARI was crystallized at 13.5 mg/ml in the following buffer 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 2 mM dithiothreitol, 10% glycerol. The reservoir was filled with 90 ul crystallization solution (33 % (w/v) PEG 5000 MME, 100 mM MES/NaOH pH 6.5 and 200 mM ammonium sulphate). Drops of 0.7 ul protein with 0.7 ul of crystallisation solution were applied on the shelf. Crystals were firstly soaked in the crystallisation solution supplemented with 20 mM NADP, 50 mM L-Tartrate and 50 mM MgCl2 for 3 minutes, and then soaked in the crystallisation solution supplemented with 30 % v/v glycerol before freezing.
Temp details: +/- 3 degree

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -l,-k,-h / Fraction: 0.12
反射解像度: 2.2→46.25 Å / Num. obs: 19073 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 2766 / CC1/2: 0.385 / Rpim(I) all: 0.166 / Rrim(I) all: 0.554 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Q03

7q03


解像度: 2.2→41.37 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 133.59 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: The refinement was performed with TLS and intensity-based twin refinement with the following twin law -l,-k,-h
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 1005 5.27 %
Rwork0.1864 18068 -
obs0.19 19073 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.42 Å2 / Biso mean: 30.3423 Å2 / Biso min: 9.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→41.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 49 140 2725
Biso mean--38.5 29.22 -
残基数----327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.320.29051500.22712556270694
2.32-2.460.28121580.22522557271594
2.46-2.650.24591180.20772556267496
2.65-2.920.23131450.1792552269795
2.92-3.340.22771320.17432595272795
3.34-4.20.17341530.16262583273694
4.21-41.370.17851490.19152669281895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9930.08950.00290.8056-0.06470.7630.04220.04230.03560.20740.0248-0.3021-0.09880.1234-0.05420.1817-0.0663-0.04810.16970.04020.252748.730627.10637.542
20.08350.1118-0.03570.32040.14280.2209-0.009-0.00640.01270.0260.0144-0.03760.03070.00550.00460.06480.0044-0.02860.105-0.00910.094432.71562.58433.7557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 172 )A2 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 173 through 328 )A173 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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