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万見
- PDB-7q03: Ketol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q03
タイトルKetol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus in the close state with NADP and Mg2+
要素Ketol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードISOMERASE / Ketol-acid reductoisomerase / KARI / methanogenic archaea / conformational rearrangement / native purification / oligomerization / thermophile / branched-chain keto acid / biosynthesis
機能・相同性NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lemaire, O.N. / Mueller, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Structural Rearrangements of a Dodecameric Ketol-Acid Reductoisomerase Isolated from a Marine Thermophilic Methanogen.
著者: Lemaire, O.N. / Muller, M.C. / Kahnt, J. / Wagner, T.
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,07212
ポリマ－36,5571
非ポリマー1,51511
水1,13563
1
A: Ketol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,858144
ポリマ－438,68112
非ポリマー18,177132
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area129520 Å2
ΔGint-1109 kcal/mol
Surface area129550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.882, 129.882, 129.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 36556.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

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非ポリマー , 7種, 74分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TOE / 2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXYL / トリエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 164.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O4
#5: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 % / 解説: Transparent plates
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: The reservoir was filled with 90 ul of crystallisation solution: 20% (w/v) PEG 6000, 100 mM Tris/HCl pH 8.0 and 200 mM lithium chloride. The protein was crystallized at 13 mg/ml in the ...詳細: The reservoir was filled with 90 ul of crystallisation solution: 20% (w/v) PEG 6000, 100 mM Tris/HCl pH 8.0 and 200 mM lithium chloride. The protein was crystallized at 13 mg/ml in the following buffer 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 2 mM dithiothreitol, 10% (v/v) glycerol. Drops of 0.7 ul protein with 0.7 ul of crystallisation solution were applied on the shelf. Crystals were soaked in the crystallisation solution supplemented with 30% (v/v) ethylene glycol for few seconds before freezing in liquid nitrogen.
Temp details: +/- 3 degrees

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.73913 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73913 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -l,-k,-h / Fraction: 0.32
反射解像度: 2.1→45.92 Å / Num. obs: 21408 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 3090 / CC1/2: 0.468 / Rpim(I) all: 0.212 / Rrim(I) all: 0.774 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TSK

4tsk


解像度: 2.1→41.07 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 39.04 / 位相誤差: 30.48 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: The refinement was performed with TLS and using intensity-based twin refinement with the following twin law -l,-k,-h
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 1093 5.11 %
Rwork0.1759 20315 -
obs0.1886 21408 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.52 Å2 / Biso mean: 45.8799 Å2 / Biso min: 23.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 96 63 2701
Biso mean--50.97 39.99 -
残基数----328
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.20.26911140.26912552266696
2.2-2.310.25871210.23432518263995
2.31-2.460.23971380.21732505264395
2.46-2.650.23821430.20832519266295
2.65-2.910.25761340.20022538267295
2.91-3.330.20011480.19592516266494
3.34-4.20.19971540.16682533268794
4.21-41.070.16081410.16842634277595
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51910.22590.51971.0771-0.08660.55250.17370.2837-0.2038-0.28020.3859-0.83950.60160.3669-0.01450.3217-0.05060.04980.6558-0.10.442653.452125.941-1.1575
20.36920.37860.19910.49210.36310.81320.0463-0.08010.00980.18210.0468-0.2328-0.05480.05410.05880.3202-0.0698-0.10580.33130.03890.368348.196525.13258.8463
30.39210.18080.00450.90060.4002-0.1762-0.0720.0051-0.03760.0150.0961-0.12970.11040.1177-0.00250.19180.0197-0.01350.26010.01650.155732.4831.30164.6431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )A2 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 183 )A27 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 184 through 329 )A184 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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