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- PDB-7q02: Zn-free structure of lipocalin-like Milk protein, inspired from D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q02
タイトルZn-free structure of lipocalin-like Milk protein, inspired from Diploptera punctata, expressed in Saccharomyces cerevisiae
要素Milk protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lipocalin / Milk Protein / Dipolptera punctata
機能・相同性Calycin / metal ion binding / PALMITOLEIC ACID / Milk protein
機能・相同性情報
生物種Diploptera punctata (ゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Banerjee, S. / Dhanabalan, K.V. / Ramaswamy, S.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR5801/INF/22/156/2012 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT-RA fellowship インド
Science and Engineering Research Board (SERB)postdoc fellowship インド
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2022
タイトル: Structure of recombinantly expressed cockroach Lili-Mip protein in glycosylated and deglycosylated forms.
著者: KanagaVijayan, D. / Subramanian, R. / Santhakumari, P.R. / Chavas, L.M.G. / Banerjee, S.
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Milk protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1082
ポリマ－18,8531
非ポリマー2541
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area7770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.362, 47.692, 97.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Milk protein


分子量: 18853.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Diploptera punctata (ゴキブリ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6SVB5
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 % / 解説: Plate-like crystals.
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, HCl, pH 4.5; 25 % (w/v) PEG 3350
Temp details: Controlled room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→48.81 Å / Num. obs: 28438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 12.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 180115 / Scaling rejects: 137
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.485.50.771774614070.7580.3590.8532.1100
7.81-48.815.30.05212432360.9980.0250.05825.199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NYQ

4nyq


解像度: 1.45→48.81 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1945 1402 4.94 %
Rwork0.1498 26970 -
obs0.1519 28372 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.2 Å2 / Biso mean: 18.435 Å2 / Biso min: 7.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 18 224 1490
Biso mean--31.36 35.25 -
残基数----153
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.45-1.50.28681530.219226012754
1.5-1.560.22291410.1726532794
1.56-1.630.2221360.160326562792
1.63-1.720.19231300.156526832813
1.72-1.830.21361540.159526472801
1.83-1.970.17331520.141826732825
1.97-2.170.20171420.134826862828
2.17-2.480.18861210.143727182839
2.48-3.120.19381260.156127692895
3.12-48.810.17621470.141428843031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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