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- PDB-7pzz: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 2 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pzz
タイトルCrystal structure of serine hydroxymethyltransferase, isoform 2 from Arabidopsis thaliana (SHM2)
要素Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / C1 metabolism / tetrahydrofolate / tetramer / PLP-dependent enzyme / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / plastid / cobalt ion binding ...L-serine metabolic process / glycine metabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / plastid / cobalt ion binding / : / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Sekula, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2022
タイトル: Arabidopsis thaliana serine hydroxymethyltransferases: functions, structures, and perspectives.
著者: Nogues, I. / Sekula, B. / Angelaccio, S. / Grzechowiak, M. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Ruszkowski, M.
履歴
登録2021年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
B: Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
C: Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
D: Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,71142
ポリマ－215,0934
非ポリマー2,61838
水38,1202116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30920 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area64530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)115.201, 131.236, 151.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial / AtSHMT2 / Glycine hydroxymethyltransferase 2 / Serine methylase 2


分子量: 53773.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SHM2, SHMT2, At5g26780, F2P16.40 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q94C74, glycine hydroxymethyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 2154分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: SHM2 15 mg/ml; drop 3+2 uL 90% Index (Hampton Research) F8 (0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350) cryoprotection with 20% ethylene glycol in the F8 Index condition

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→80 Å / Num. obs: 274997 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 17.19
反射 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 43063 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6smw

6smw


解像度: 1.65→53.84 Å / SU ML: 0.1732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9491
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 1237 0.45 %
Rwork0.1579 273733 -
obs0.158 274970 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→53.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14980 0 160 2116 17256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.008120880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05792265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00822690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.91675829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.710.28711310.251529026X-RAY DIFFRACTION95.75
1.71-1.790.27851370.229930270X-RAY DIFFRACTION99.84
1.79-1.880.231370.191130350X-RAY DIFFRACTION99.92
1.88-20.17531380.161130367X-RAY DIFFRACTION99.98
2-2.160.17531370.15630468X-RAY DIFFRACTION99.99
2.16-2.370.21131380.152730468X-RAY DIFFRACTION99.98
2.37-2.720.18411380.155630612X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-3.420.16171390.150430736X-RAY DIFFRACTION99.95
3.42-53.840.14381420.138531436X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.786695781072-0.410523903670.0491514494390.603095904929-0.1350343386740.6235972921360.0199699772858-0.0127471914487-0.0873536642443-0.009799934857770.008605636600110.06226509527640.04910055427760.00340158550785-0.02527123149420.1305398885630.00508957642654-0.01385639049730.08525829684950.006290767027430.13545014858839.7199705687-19.755276026924.6077803159
20.475849761825-0.2211355619050.06787110378230.566213056203-0.04351365891911.303801224430.0466518969895-0.0352031945932-0.13994142413-0.01878349004850.04401119010090.2052655146420.152288123735-0.115925552138-0.08350645913320.132422478896-0.00854989671557-0.01570884001870.09169243454810.02416848291290.21350887817934.1837954558-26.036200501225.3657069046
32.17488717051-0.70394246469-0.476628373511.699766057920.7502094192252.162326847820.0663857258226-0.18342887590.2835789601830.002048289117010.0853670597739-0.222849593944-0.2061723028090.271589937613-0.1204731012570.1965344166980.01733303860990.01098824864040.2046583943150.01921915783890.17124812622856.828544287-19.544038641845.5946186651
40.536501851645-0.1958407006770.004007640730470.731001312484-0.05753315578380.7155643700830.06026328558110.07220444078360.0162441201733-0.0527950361076-0.0436287663734-0.05794045872440.03761989007780.110877127884-0.01309670596580.1160108387360.0307304997472-0.006039570198370.1214502275830.003742753543750.12081125865953.2088097751-11.92609922817.8067801914
51.257232637590.01879282557580.2363268340972.14644594774-0.2644949675552.390095111540.08288565038540.210921564256-0.140878153288-0.252377212703-0.06711230335910.3636554593440.250459190431-0.21658423279-0.01425049368720.2900459555120.0903032758628-0.04171770750050.278917968425-0.07720463032680.21838948485246.1138386218-30.0972096801-12.4517142161
60.475624874647-0.1901827897790.0008229631573090.6139913752950.002344744817710.4720850462470.04019321206440.03603167161910.0148491221724-0.0386335597872-0.04885676573810.005458723398170.0250070551294-0.02891692147840.004285447427380.114616539360.0292257326857-0.00910069935880.12563086559-0.004153797966360.12183275348917.157788336723.09191218034.74065395097
70.740954547238-0.00690568374648-0.1786454617420.765507180758-0.2347558400560.7054826834190.05452325284850.0956715941791-0.0105595054983-0.126090115968-0.05543510957790.01113961422250.0689038111822-0.00281749224753-0.008729994460630.1174310654660.0514155696428-0.01410819989030.130936682661-0.01994338745210.11449821862516.619326215125.1781444524-3.20937974501
82.81752853932-0.0733573328924-0.4363233331380.4482075929330.098546470161.121052538450.0643962888828-0.05633346898790.222219660293-0.05712694988790.0195206044599-0.123904368869-0.09973615247750.120604312181-0.0933412795110.1817482219740.04904840886070.03038060644940.1363636071810.02769123243570.24827781707429.144834939748.1315147706-2.66022052504
90.56986192561-0.3429285006170.07046588699520.667387581029-0.04164492248580.538774788759-0.0246138472623-0.05706605883950.01647968619930.07159640115640.0125320672970.0117848703320.0198793783213-0.03330114065510.01169550597530.1280915095270.0125559980125-0.0005603858484890.121739651432-0.01513750153540.1298092440216.634996804924.115830109124.4731363011
100.793951420221-0.18286799407-0.241162869760.699817001572-0.2079593143240.831349623171-0.0269129132919-0.098773377636-0.01310622288260.1327832988670.05211331777110.0445916141146-0.016238653486-0.11360831149-0.03234593945180.145562286110.0183244081974-0.02008812257120.128386174447-0.02176263486930.12400161193714.259840997725.048919640832.6131699928
111.74270313530.335341576455-0.1397631962322.43614192334-0.9634926970691.94421721213-0.02605975155730.0314649979393-0.332236355874-0.1607373917770.1641494860210.3936567504130.216647417169-0.447556400204-0.1097648769720.182101059034-0.005511616064620.01157295729870.364312376099-0.009359261001950.30915789222-10.830063612720.52395458932.327033657
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 43 through 272 )AA43 - 2721 - 230
22chain 'A' and (resid 273 through 372 )AA273 - 372231 - 330
33chain 'A' and (resid 373 through 517 )AA373 - 517331 - 475
44chain 'B' and (resid 44 through 372 )BH44 - 3721 - 329
55chain 'B' and (resid 373 through 517 )BH373 - 517330 - 474
66chain 'C' and (resid 43 through 267 )CP43 - 2671 - 225
77chain 'C' and (resid 268 through 408 )CP268 - 408226 - 366
88chain 'C' and (resid 409 through 517 )CP409 - 517367 - 473
99chain 'D' and (resid 38 through 272 )DAA38 - 2721 - 235
1010chain 'D' and (resid 273 through 415 )DAA273 - 415236 - 378
1111chain 'D' and (resid 416 through 517 )DAA416 - 517379 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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