PDB-7pzh: Phocaeicola vulgatus sialic acid esterase at 2.06 Angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pzh

タイトル

Phocaeicola vulgatus sialic acid esterase at 2.06 Angstrom resolution

要素

Lysophospholipase L1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Serine hydrolase / Sialic acid acetyl esterase

機能・相同性

SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family /

lysophospholipase activity / SGNH hydrolase superfamily /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

metal ion binding / SGNH/GDSL hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Phocaeicola vulgatus (バクテロイデス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Scott, H. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The structure of Phocaeicola vulgatus sialic acid acetylesterase.
著者: Scott, H. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2021年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pzh.cif.gz	338.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pzh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/7pzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/7pzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pzgC 6njcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lysophospholipase L1

BBB: Lysophospholipase L1

CCC: Lysophospholipase L1

DDD: Lysophospholipase L1

EEE: Lysophospholipase L1

FFF: Lysophospholipase L1

HHH: Lysophospholipase L1

GGG: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

202 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Lysophospholipase L1

BBB: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALLS
50.5 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: Lysophospholipase L1

DDD: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー

3

EEE: Lysophospholipase L1

FFF: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー

4

HHH: Lysophospholipase L1

GGG: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.5 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.233, 93.233, 353.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Lysophospholipase L1 / Sialate O-acetylesterase 分子量: 25227.924 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phocaeicola vulgatus (バクテロイデス属) 遺伝子: DW869_04095, DWX04_04065, DXA04_10705, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, F9001_09225, F9Z94_13025, GAS37_03660, GAX98_11820, GAY79_04625, GAY98_11740, GAZ06_07335, GAZ09_ ...遺伝子: DW869_04095, DWX04_04065, DXA04_10705, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, F9001_09225, F9Z94_13025, GAS37_03660, GAX98_11820, GAY79_04625, GAY98_11740, GAZ06_07335, GAZ09_07170, GAZ65_18905, GAZ76_12675, GAZ90_18550, HKQ51_19175, HUV05_02570, SAMN04487923_100221 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174J845
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % w/v PEG 3350, 12.5 % v/v MPD, sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulphate, 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97624 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	h, k, l	1	0.8473
pseudo-merohedral	1	1	-k, -h, -l	2	0.1527

反射

解像度: 2.06→80.74 Å / Num. obs: 106903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度: 2.06→2.1 Å / Num. unique obs: 5267 / CC_1/2: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6njc

6njc

解像度: 2.06→80.742 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 3.793 / SU ML: 0.111 / Average fsc free: 0.9606 / Average fsc work: 0.9754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	5355	5.016 %
R_work	0.185	101414	-
all	0.187	-	-
obs	-	106769	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.958 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.037 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.037 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→80.742 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12619	0	62	259	12940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	13081
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	12425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.64	17695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.32	1.583	28906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.614	5	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.977	23.333	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.037	15	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.72	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	12227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	6293
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.517	3.938	6413
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.517	3.937	6412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.566	5.892	8018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.566	5.892	8019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.606	4.203	6668
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.602	4.203	6666
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.054	6.193	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.051	6.193	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.546	45.953	14743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.546	45.956	14744

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.113	0.298	369	0.238	7559	X-RAY DIFFRACTION	99.8866
2.113-2.171	0.283	381	0.227	7287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.234	0.286	375	0.227	7086	X-RAY DIFFRACTION	99.9732
2.234-2.303	0.296	380	0.214	6895	X-RAY DIFFRACTION	100
2.303-2.379	0.257	355	0.206	6695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.379-2.462	0.294	320	0.207	6482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.555	0.277	346	0.219	6209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.659	0.264	314	0.215	6025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.659-2.778	0.255	331	0.204	5718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.778-2.913	0.246	297	0.196	5538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.913-3.071	0.258	286	0.207	5199	X-RAY DIFFRACTION	100
3.071-3.257	0.239	236	0.205	4984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.257-3.482	0.236	248	0.199	4676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.482-3.761	0.215	245	0.183	4320	X-RAY DIFFRACTION	100
3.761-4.12	0.182	195	0.156	4001	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-4.606	0.177	195	0.141	3619	X-RAY DIFFRACTION	100
4.606-5.318	0.173	185	0.144	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
5.318-6.513	0.215	139	0.17	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
6.513-9.209	0.148	98	0.142	2103	X-RAY DIFFRACTION	100
9.209-80.74	0.169	60	0.158	1150	X-RAY DIFFRACTION	99.835

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