PDB-7pzg: Phocaeicola vulgatus sialic acid esterase at 1.44 Angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pzg

タイトル

Phocaeicola vulgatus sialic acid esterase at 1.44 Angstrom resolution

要素

Lysophospholipase L1

キーワード

HYDROLASE / Serine hydrolase / Sialic acid acetyl esterase

機能・相同性

: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / MALONIC ACID / SGNH/GDSL hydrolase family protein

機能・相同性情報

生物種

Phocaeicola vulgatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Scott, H. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The structure of Phocaeicola vulgatus sialic acid acetylesterase.
著者: Scott, H. / Davies, G.J. / Armstrong, Z.

履歴

登録	2021年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pzg.cif.gz	340.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pzg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/7pzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/7pzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pzhC 6njcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysophospholipase L1

BBB: Lysophospholipase L1

CCC: Lysophospholipase L1

DDD: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
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1

AAA: Lysophospholipase L1

DDD: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALLS
50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Lysophospholipase L1

CCC: Lysophospholipase L1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.269, 90.150, 76.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.289, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lysophospholipase L1 / Sialate O-acetylesterase 分子量: 25227.924 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phocaeicola vulgatus (バクテリア) 遺伝子: DW869_04095, DWX04_04065, DXA04_10705, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, F9001_09225, F9Z94_13025, GAS37_03660, GAX98_11820, GAY79_04625, GAY98_11740, GAZ06_07335, GAZ09_ ...遺伝子: DW869_04095, DWX04_04065, DXA04_10705, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, F9001_09225, F9Z94_13025, GAS37_03660, GAX98_11820, GAY79_04625, GAY98_11740, GAZ06_07335, GAZ09_07170, GAZ65_18905, GAZ76_12675, GAZ90_18550, HKQ51_19175, HUV05_02570, SAMN04487923_100221 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A174J845
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 18 % (w/v) PEG 3350, 200 mM sodium malonate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→70.434 Å / Num. obs: 168248 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / Num. unique obs: 7900 / CC_1/2: 0.712

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6njc

6njc

解像度: 1.44→70.434 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.202 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.044 / Average fsc free: 0.9248 / Average fsc work: 0.9304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	8262	4.913 %
R_work	0.177	159915	-
all	0.178	-	-
obs	-	168177	97.573 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.426 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.072 Å²	-0 Å²	0.685 Å²
2-	-	-0.424 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.258 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→70.434 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6350	0	48	696	7094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	6597
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6239
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.835	1.644	8920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.529	1.582	14505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.392	5	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.925	23.259	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.062	15	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.982	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	3284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.853	2.157	3224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.848	2.156	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.526	3.233	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.525	3.234	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.956	2.458	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.955	2.458	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.37	3.557	4883
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.37	3.558	4884
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.143	26.572	7737
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.141	26.57	7737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.477	0.269	568	0.271	11313	X-RAY DIFFRACTION	93.0821
1.477-1.518	0.258	545	0.25	11315	X-RAY DIFFRACTION	95.7224
1.518-1.562	0.268	550	0.238	11046	X-RAY DIFFRACTION	96.7381
1.562-1.61	0.249	576	0.211	10781	X-RAY DIFFRACTION	96.8449
1.61-1.663	0.227	540	0.206	10500	X-RAY DIFFRACTION	97.0976
1.663-1.721	0.221	531	0.195	10102	X-RAY DIFFRACTION	97.4253
1.721-1.786	0.225	489	0.186	9860	X-RAY DIFFRACTION	97.5401
1.786-1.859	0.214	482	0.181	9498	X-RAY DIFFRACTION	97.8144
1.859-1.941	0.213	491	0.182	9100	X-RAY DIFFRACTION	97.9773
1.941-2.036	0.206	456	0.179	8754	X-RAY DIFFRACTION	98.2505
2.036-2.146	0.198	451	0.177	8284	X-RAY DIFFRACTION	98.4669
2.146-2.276	0.202	386	0.173	7937	X-RAY DIFFRACTION	98.7424
2.276-2.433	0.199	379	0.166	7459	X-RAY DIFFRACTION	98.8399
2.433-2.628	0.21	391	0.166	6939	X-RAY DIFFRACTION	99.0005
2.628-2.879	0.191	339	0.166	6375	X-RAY DIFFRACTION	99.2608
2.879-3.218	0.208	317	0.172	5823	X-RAY DIFFRACTION	99.4493
3.218-3.715	0.19	281	0.175	5137	X-RAY DIFFRACTION	99.5956
3.715-4.548	0.153	207	0.151	4404	X-RAY DIFFRACTION	99.762
4.548-6.424	0.212	195	0.186	3378	X-RAY DIFFRACTION	99.8603
6.424-70.434	0.2	88	0.16	1910	X-RAY DIFFRACTION	98.9109

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関連情報:EMDBヘッダ

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