[日本語] English
万見
- PDB-7pzf: Crystal structure of the OmpK36 TD insertion chimera from Klebsie... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pzf
タイトルCrystal structure of the OmpK36 TD insertion chimera from Klebsiella pneumonia
要素OmpK36
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane porin
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / : / OmpK36
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.499 Å
データ登録者Kwong, H. / Beis, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N020103/1 英国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Widespread emergence of OmpK36 loop 3 insertions among multidrug-resistant clones of Klebsiella pneumoniae.
著者: David, S. / Wong, J.L.C. / Sanchez-Garrido, J. / Kwong, H.S. / Low, W.W. / Morecchiato, F. / Giani, T. / Rossolini, G.M. / Brett, S.J. / Clements, A. / Beis, K. / Aanensen, D.M. / Frankel, G.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OmpK36
B: OmpK36
C: OmpK36
D: OmpK36
E: OmpK36
F: OmpK36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,87936
ポリマ－229,6516
非ポリマー4,22930
水21,7261206
1
A: OmpK36
B: OmpK36
C: OmpK36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,02817
ポリマ－114,8253
非ポリマー2,20314
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14680 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area39420 Å2
手法PISA
2
D: OmpK36
E: OmpK36
F: OmpK36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,85119
ポリマ－114,8253
非ポリマー2,02616
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15060 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area39800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.106, 73.428, 158.837
Angle α, β, γ (deg.)91.12, 97.17, 103.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
OmpK36


分子量: 38275.113 Da / 分子数: 6 / 変異: T115 and D116 insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ompK36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6QLY0
#2: 化合物
ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#3: 化合物...
ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, and 10% PEG 4000 (pH 5.6)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.499→54.25 Å / Num. obs: 369351 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 17954 / CC1/2: 0.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RD3

6rd3


解像度: 1.499→54.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Blow DPI: 0.068 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 18383 4.98 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
obs0.1909 369148 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7842 Å2-3.8572 Å2-0.913 Å2
2--4.4023 Å20.4878 Å2
3----5.1866 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.499→54.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16226 0 249 1206 17681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00816952HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9922912HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5810SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3060HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16733HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.74
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2033SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15704SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.51 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 360 4.88 %
Rwork0.2214 7023 -
all0.2227 7383 -
obs--88.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0592-0.0934-0.03320.1964-0.02260.1634-0.0063-0.006-0.0422-0.01240.003-0.00180.0172-0.0140.0033-0.0234-0.0654-0.00730.0310.0011-0.04578.6496-22.37913.8937
2-0.0097-0.0290.00590.3266-0.03340.3195-0.02470.0165-0.0024-0.01780.0130.0057-0.0257-0.00670.0118-0.0319-0.061-0.01010.03960.0072-0.06123.142810.7648-14.691
3-0.0017-0.05040.00880.3321-0.03760.3766-0.0061-0.02320.01840.05770.01290.0037-0.0544-0.0238-0.0069-0.013-0.0558-0.00140.02940.008-0.0657-1.1139.104123.4624
4-0.00620.0118-0.07220.39530.02620.2319-0.00560.0183-0.0372-0.0017-0.006-0.02240.02010.01110.0116-0.0366-0.0502-0.00550.03140.0095-0.0477-16.4363-31.580280.3437
50.0714-0.1374-0.03910.2579-0.060.2458-0.0279-0.05020.01830.0520.0059-0.0153-0.02990.00730.0221-0.0188-0.0612-0.01210.03730.0043-0.0595-26.36520.396998.9174
60.0018-0.0527-0.01950.34930.04070.3505-0.01270.00960.0088-0.0522-0.0046-0.02510.00760.01820.0172-0.0363-0.0564-0.00070.04410.0127-0.0623-20.69541.459861.084
70.13950.0284-0.00840.1462-0.0205-0.0071-0.02250.0144-0.0281-0.0228-0.0023-0.0010.0088-0.0320.02470.2283-0.0162-0.03930.2099-0.00610.1891-9.413-2.713644.8461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る