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Yorodumi- PDB-7pzf: Crystal structure of the OmpK36 TD insertion chimera from Klebsie... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pzf | ||||||
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Title | Crystal structure of the OmpK36 TD insertion chimera from Klebsiella pneumonia | ||||||
Components | OmpK36 | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / outer membrane porin | ||||||
Function / homology | Function and homology information porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.499 Å | ||||||
Authors | Kwong, H. / Beis, K. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2022 Title: Widespread emergence of OmpK36 loop 3 insertions among multidrug-resistant clones of Klebsiella pneumoniae. Authors: David, S. / Wong, J.L.C. / Sanchez-Garrido, J. / Kwong, H.S. / Low, W.W. / Morecchiato, F. / Giani, T. / Rossolini, G.M. / Brett, S.J. / Clements, A. / Beis, K. / Aanensen, D.M. / Frankel, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pzf.cif.gz | 805.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pzf.ent.gz | 672.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pzf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/7pzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/7pzf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7q3tC 6rd3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38275.113 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: T115 and D116 insertion Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: ompK36 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D6QLY0 #2: Chemical | ChemComp-LI / #3: Chemical | ChemComp-C14 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, and 10% PEG 4000 (pH 5.6) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.499→54.25 Å / Num. obs: 369351 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 17954 / CC1/2: 0.41 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6RD3 Resolution: 1.499→54.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.07 / SU Rfree Blow DPI: 0.068 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
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Displacement parameters | Biso mean: 18.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.499→54.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.51 Å / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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