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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pyi | |||||||||
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タイトル | Structure of LPMO in complex with cellotetraose at 6.65x10^6 Gy | |||||||||
![]() | Auxiliary activity 9 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / lytic polysaccharide monooxygenase / metalloenzyme / AA9 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tandrup, T. / Lo Leggio, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Changes in active-site geometry on X-ray photoreduction of a lytic polysaccharide monooxygenase active-site copper and saccharide binding. 著者: Tandrup, T. / Muderspach, S.J. / Banerjee, S. / Santoni, G. / Ipsen, J.O. / Hernandez-Rollan, C. / Norholm, M.H.H. / Johansen, K.S. / Meilleur, F. / Lo Leggio, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 858.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 858.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pqrC ![]() 7pxiC ![]() 7pxjC ![]() 7pxkC ![]() 7pxlC ![]() 7pxmC ![]() 7pxnC ![]() 7pxrC ![]() 7pxsC ![]() 7pxtC ![]() 7pxuC ![]() 7pxvC ![]() 7pxwC ![]() 7pydC ![]() 7pyeC ![]() 7pyfC ![]() 7pygC ![]() 7pyhC ![]() 7pylC ![]() 7pymC ![]() 7pynC ![]() 7pyoC ![]() 7pypC ![]() 7pyqC ![]() 7pyuC ![]() 7pywC ![]() 7pyxC ![]() 7pyyC ![]() 7pyzC ![]() 7pz0C ![]() 7pz3C ![]() 7pz4C ![]() 7pz5C ![]() 7pz6C ![]() 7pz7C ![]() 7pz8C ![]() 5achS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25272.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 3種, 67分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CU / |
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#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 3.3 M NaCl, 0.1 M Citric acid pH 3.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→89.1 Å / Num. obs: 21166 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.29 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.1 Å / Num. unique obs: 1596 / CC1/2: 0.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ACH 解像度: 2.05→89.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.51 Å2 / Biso mean: 53.726 Å2 / Biso min: 28.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→89.1 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å
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