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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pxc | ||||||
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タイトル | Substrate-engaged mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with open-gate 20S CP - composite map (state A) | ||||||
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![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / AAA motor / ATPAse / mycobacterium / proteasome activator / 20S CP | ||||||
機能・相同性 | ![]() ubiquitin-like protein reader activity / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / protein pupylation / proteasome-activating nucleotidase complex / symbiont-mediated perturbation of host defenses / response to nitrosative stress / zymogen binding / retrograde protein transport, ER to cytosol / ATP-dependent peptidase activity / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process ...ubiquitin-like protein reader activity / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / protein pupylation / proteasome-activating nucleotidase complex / symbiont-mediated perturbation of host defenses / response to nitrosative stress / zymogen binding / retrograde protein transport, ER to cytosol / ATP-dependent peptidase activity / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / proteasome binding / protein unfolding / cellular response to nitric oxide / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasomal protein catabolic process / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | ||||||
![]() | Jomaa, A. / Kavalchuk, M. / Weber-Ban, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of prokaryotic ubiquitin-like protein engagement and translocation by the mycobacterial Mpa-proteasome complex. 著者: Mikhail Kavalchuk / Ahmad Jomaa / Andreas U Müller / Eilika Weber-Ban / ![]() 要旨: Proteasomes are present in eukaryotes, archaea and Actinobacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis, where proteasomal degradation supports persistence inside the host. In ...Proteasomes are present in eukaryotes, archaea and Actinobacteria, including the human pathogen Mycobacterium tuberculosis, where proteasomal degradation supports persistence inside the host. In mycobacteria and other members of Actinobacteria, prokaryotic ubiquitin-like protein (Pup) serves as a degradation tag post-translationally conjugated to target proteins for their recruitment to the mycobacterial proteasome ATPase (Mpa). Here, we use single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of Mpa in complex with the 20S core particle at an early stage of pupylated substrate recruitment, shedding light on the mechanism of substrate translocation. Two conformational states of Mpa show how substrate is translocated stepwise towards the degradation chamber of the proteasome core particle. We also demonstrate, in vitro and in vivo, the importance of a structural feature in Mpa that allows formation of alternating charge-complementary interactions with the proteasome resulting in radial, rail-guided movements during the ATPase conformational cycle. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 213.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 332.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Proteasome subunit ... , 2種, 28分子 02468IKOQTXZdfHJLMNPRSUVWYab
#1: タンパク質 | 分子量: 26911.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first 7 residues were removed (open gate proteasome) 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prcA, Rv2109c / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 30332.006 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: prcB, Rv2110c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 8分子 1ABCDEFG
#2: タンパク質 | 分子量: 67487.930 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Mpa C-terminal extension containing GQYL motif which interacts with the proteasome 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: mpa, Rv2115c, MTCY261.11c / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 7095.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pup, Rv2111c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 11分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-ATP / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterial Proteasome-associated ATPase in complex with substrate and open-gate 20SCP タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 860718 | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 48054 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5KWA Accession code: 5KWA / Source name: PDB / タイプ: experimental model |