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- PDB-7pwy: Structure of human dimeric ACMSD in complex with the inhibitor TE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pwy
タイトルStructure of human dimeric ACMSD in complex with the inhibitor TES-1025
要素2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
キーワードLYASE / ACMSD / de-novo NAD+ synthesis / TES-1025 / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase activity / negative regulation of quinolinate biosynthetic process / picolinic acid biosynthetic process / regulation of 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / secondary metabolic process / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / hydrolase activity / zinc ion binding ...aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase / aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase activity / negative regulation of quinolinate biosynthetic process / picolinic acid biosynthetic process / regulation of 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / secondary metabolic process / tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / hydrolase activity / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8EK / : / 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cianci, M. / Giacche, N. / Carotti, A. / Liscio, P. / Amici, A. / Cialabrini, L. / De Franco, F. / Pellicciari, R. / Raffaelli, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of Human Dimeric alpha-Amino-beta-Carboxymuconate-epsilon-Semialdehyde Decarboxylase Inhibition With TES-1025.
著者: Cianci, M. / Giacche, N. / Cialabrini, L. / Carotti, A. / Liscio, P. / Rosatelli, E. / De Franco, F. / Gasparrini, M. / Robertson, J. / Amici, A. / Raffaelli, N. / Pellicciari, R.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年5月11日Group: Database references / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_volume ..._chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
B: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
C: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
D: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,60016
ポリマ－152,3374
非ポリマー1,26312
水5,206289
1
A: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
B: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,22310
ポリマ－76,1682
非ポリマー1,0548
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
D: 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3776
ポリマ－76,1682
非ポリマー2094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.410, 92.579, 103.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-645-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Picolinate carboxylase / alpha-amino-beta-carboxymuconate-epsilon-semialdehyde decarboxylase


分子量: 38084.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACMSD / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q8TDX5, aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8EK / 2-[3-[(5-cyano-6-oxidanylidene-4-thiophen-2-yl-1H-pyrimidin-2-yl)sulfanylmethyl]phenyl]ethanoic acid


分子量: 383.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13N3O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 100 mM Na(CH3COO), 22% (w/v) PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.89 Å / Num. obs: 51945 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 52.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4423 / CC1/2: 0.766 / CC star: 0.926 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSVERSION Jun 1, 2017データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IH3

4ih3


解像度: 2.5→45.33 Å / SU ML: 0.3606 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.4096
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 2565 4.97 %Random
Rwork0.2105 49045 --
obs0.2125 51610 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10248 0 62 289 10599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002510635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.547414398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04281538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.57583962
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.550.35991560.32042652X-RAY DIFFRACTION99.57
2.55-2.60.36951630.29832687X-RAY DIFFRACTION99.79
2.6-2.660.32031270.2912708X-RAY DIFFRACTION99.86
2.66-2.720.38111240.2942742X-RAY DIFFRACTION99.9
2.72-2.790.31571440.26892693X-RAY DIFFRACTION99.89
2.79-2.860.32711300.26092699X-RAY DIFFRACTION99.79
2.86-2.950.30651370.26442718X-RAY DIFFRACTION99.62
2.95-3.040.28061430.26262714X-RAY DIFFRACTION99.76
3.04-3.150.28491420.2452725X-RAY DIFFRACTION99.69
3.15-3.280.28891310.22542716X-RAY DIFFRACTION99.72
3.28-3.420.24981510.22232714X-RAY DIFFRACTION99.72
3.42-3.610.28911540.23992706X-RAY DIFFRACTION99.72
3.61-3.830.28751160.252570X-RAY DIFFRACTION92.59
3.83-4.130.21661540.18562726X-RAY DIFFRACTION99.9
4.13-4.540.20971420.16282754X-RAY DIFFRACTION99.38
4.54-5.20.18221510.15862778X-RAY DIFFRACTION99.9
5.2-6.550.23651540.19372802X-RAY DIFFRACTION99.93
6.55-45.330.21821460.17312941X-RAY DIFFRACTION99.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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