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- PDB-7pwx: dUTPase from M. tuberculosis in complex with Stl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pwx
タイトルdUTPase from M. tuberculosis in complex with Stl
要素
  • Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
  • Orf20
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / dUTPase / dUTP / DNA / Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP metabolic process / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Orf20
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Marina, A. / Sanz-Frasquet, C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: The Bacteriophage-Phage-Inducible Chromosomal Island Arms Race Designs an Interkingdom Inhibitor of dUTPases.
著者: Sanz-Frasquet, C. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
HHH: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
III: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
JJJ: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
KKK: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
LLL: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
MMM: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
CCC: Orf20
DDD: Orf20
EEE: Orf20
FFF: Orf20
GGG: Orf20
AAA: Orf20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,74128
ポリマ－188,33212
非ポリマー1,41016
水1,71195
1
HHH: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
III: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
JJJ: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
EEE: Orf20
FFF: Orf20
GGG: Orf20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,99516
ポリマ－94,1666
非ポリマー82910
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
KKK: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
LLL: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
MMM: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
CCC: Orf20
DDD: Orf20
AAA: Orf20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,74712
ポリマ－94,1666
非ポリマー5816
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.407, 150.429, 107.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 HHHIIIJJJKKKLLLMMMCCCDDDEEEFFFGGGAAA

#1: タンパク質
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 14209.321 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: dut, Rv2697c, MTCY05A6.18c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNS5, dUTP diphosphatase
#2: タンパク質
Orf20


分子量: 17179.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F0J8

-
非ポリマー , 4種, 111分子

#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 10.000 and 0.1 M Na-Hepes pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→75.33 Å / Num. obs: 61491 / % possible obs: 95.07 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Num. unique obs: 4301 / CC1/2: 0.586

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→75.328 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.662 / ESU R Free: 0.338 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25875 3102 5.045 %
Rwork0.20069 58384 -
all0.204 --
obs0.20371 61491 95.069 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 56.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-3.356 Å2
2--1.149 Å20 Å2
3----0.385 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→75.328 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12091 0 92 108 12291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01312398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01711528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.64316828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4181.57726409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98251608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00322.08548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.26151870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.241577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.022683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22473
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2230.210687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.25934
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.25768
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0660.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1396.2886495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1396.2876490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.429.4158078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.429.4168079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9596.3655903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9596.3655904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1819.4578749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.189.4588750
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.9873.74213116
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.9873.74313117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.8210.3712600.3354301X-RAY DIFFRACTION95.8999
2.821-2.8990.3762230.3044251X-RAY DIFFRACTION96.4848
2.899-2.9830.3221960.2754171X-RAY DIFFRACTION96.2955
2.983-3.0740.3332010.2333980X-RAY DIFFRACTION95.1308
3.074-3.1750.3341970.2293798X-RAY DIFFRACTION93.8895
3.175-3.2860.321790.2223566X-RAY DIFFRACTION91.7218
3.286-3.410.2851860.2123668X-RAY DIFFRACTION96.6157
3.41-3.5490.3141970.2193456X-RAY DIFFRACTION95.7787
3.549-3.7070.2641720.2033383X-RAY DIFFRACTION96.4984
3.707-3.8880.2471490.1813221X-RAY DIFFRACTION96.3959
3.888-4.0980.2171820.1693011X-RAY DIFFRACTION95.3419
4.098-4.3460.2081520.1572707X-RAY DIFFRACTION90.7619
4.346-4.6450.2061600.1442764X-RAY DIFFRACTION97.3693
4.645-5.0170.2121450.1422502X-RAY DIFFRACTION96.2896
5.017-5.4940.2321110.1642345X-RAY DIFFRACTION96.4272
5.494-6.1410.2581020.2052060X-RAY DIFFRACTION92.4327
6.141-7.0870.304980.2291800X-RAY DIFFRACTION93.0392
7.087-8.670.238890.2041565X-RAY DIFFRACTION95.6622

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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