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- PDB-7pwj: dUTPase from human in complex with Stl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pwj
タイトルdUTPase from human in complex with Stl
要素
  • Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
  • Orf20
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / dUTPase / dUTP / human / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide binding / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / peroxisome proliferator activated receptor binding / signaling receptor inhibitor activity / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process ...pyrimidine deoxyribonucleotide binding / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / peroxisome proliferator activated receptor binding / signaling receptor inhibitor activity / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / regulation of protein-containing complex assembly / liver development / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial / Orf20
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.944 Å
データ登録者Sanz-Frasquet, C. / Marina, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities スペイン
引用ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: The Bacteriophage-Phage-Inducible Chromosomal Island Arms Race Designs an Interkingdom Inhibitor of dUTPases.
著者: Sanz-Frasquet, C. / Ciges-Tomas, J.R. / Alite, C. / Penades, J.R. / Marina, A.
履歴
登録2021年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: refine / struct / Item: _refine.pdbx_starting_model / _struct.title
改定 1.22023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CCC: Orf20
AAA: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
BBB: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
DDD: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
EEE: Orf20
FFF: Orf20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,40438
ポリマ－102,0346
非ポリマー2,37032
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25260 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.720, 81.797, 198.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 CCCEEEFFFAAABBBDDD

#1: タンパク質 Orf20


分子量: 18100.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pETNKI-1.10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F0J8
#2: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 15910.923 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33316, dUTP diphosphatase

-
非ポリマー , 4種, 347分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M ammonium sulphate and 1M lithium sulphate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99186 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.944→99.2 Å / Num. obs: 92354 / % possible obs: 98.48 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.944→1.995 Å / Num. unique obs: 5386 / CC1/2: 0.897

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H49, 1Q5U

6h49

1q5u


解像度: 1.944→99.199 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.503 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26191 4665 5.1 %
Rwork0.21424 87692 -
all0.217 --
obs0.21659 92311 98.495 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 48.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.944 Å2-0 Å20 Å2
2---1.866 Å2-0 Å2
3----3.078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.944→99.199 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6555 0 146 315 7016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4851.6539210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3381.5814403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7185852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02222.029340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.444151086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6531540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21359
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.25923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.23338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.23011
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0780.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1490.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0340.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9215.2593414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9215.2583413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6417.8654261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6417.8674262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9325.4683433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9325.4693434
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5898.0474948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5898.0474949
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.78560.7217597
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.78660.7227598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.944-1.9950.5033130.4855386X-RAY DIFFRACTION83.1849
3.285-3.5480.2631880.2033864X-RAY DIFFRACTION100
3.548-3.8860.2641920.1753545X-RAY DIFFRACTION100
3.886-4.3440.2011530.1593231X-RAY DIFFRACTION100
4.344-5.0150.2081450.1462852X-RAY DIFFRACTION100
5.015-6.1380.2361420.1792428X-RAY DIFFRACTION100
6.138-8.6640.1971040.1981936X-RAY DIFFRACTION99.951
8.664-99.1990.212550.2271145X-RAY DIFFRACTION99.9167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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