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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pvw
タイトルCrystal structure of the intertwined dimer of the c-Src SH3 domain E93V-S94A-R95S-T96G-N112G-N113Y-T114N-E115H mutant
要素Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードPROTEIN BINDING / beta barrel / SH3 domain
機能・相同性non-specific protein-tyrosine kinase / ACETATE ION / Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
機能・相同性情報
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
Model detailsChimera construction c-Src-Abl SH3 domain
データ登録者Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BIO2006-78020-R スペイン
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The effect of the hinge loops composition in the domain swapping of the SH3 domain
著者: Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C.
履歴
登録2021年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4604
ポリマ－13,2062
非ポリマー2532
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Intertwined dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.037, 68.037, 46.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Isoform 1 of Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 6603.213 Da / 分子数: 2 / 変異: E93V, S94A, R95S,T96G, N112G, N113Y, T114N, E115H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / プラスミド: pHTP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P00523-1, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.9 M ammonium sulfate, 0.1M Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.64 Å / Num. obs: 19622 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 126662
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.536.61.00864819750.8380.4231.0942.1100
8.22-19.645.90.02971812210.0120.03148.292.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LE9

4le9


解像度: 1.5→19.64 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 1939 5.09 %
Rwork0.1608 36119 -
obs0.1623 38058 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.14 Å2 / Biso mean: 32.9015 Å2 / Biso min: 18.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→19.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数929 0 38 85 1052
Biso mean--57.99 41.09 -
残基数----119
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.540.25451620.23112540270299
1.54-1.580.27471380.21122616275499
1.58-1.630.20861110.18932583269499
1.63-1.680.2041180.19232598271699
1.68-1.740.24121380.19112567270599
1.74-1.810.23061770.1532514269199
1.81-1.890.1761500.13192594274499
1.89-1.990.22091400.186625692709100
1.99-2.110.17351340.161626232757100
2.11-2.280.20321200.169825802700100
2.28-2.510.19311140.174625992713100
2.51-2.870.19661680.184725712739100
2.87-3.610.19541310.1512581271299
3.61-19.640.15921380.139725842722100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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