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- PDB-7pvc: The structure of Kbp.K from E. coli with potassium bound. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pvc
タイトルThe structure of Kbp.K from E. coli with potassium bound.
要素Potassium binding protein Kbp
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / potassium ion binding metal ion binding response to potassium ion response to stimulus cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


response to potassium ion / potassium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transport-associated and nodulation domain, bacteria / bacterial OsmY and nodulation domain / BON domain profile. / BON domain / BON domain / : / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Potassium binding protein Kbp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Smith, B.O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: ACS Sens / 年: 2022
タイトル: Tuning the Sensitivity of Genetically Encoded Fluorescent Potassium Indicators through Structure-Guided and Genome Mining Strategies.
著者: Torres Caban, C.C. / Yang, M. / Lai, C. / Yang, L. / Subach, F.V. / Smith, B.O. / Piatkevich, K.D. / Boyden, E.S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: The Potassium Binding Protein Kbp Is a Cytoplasmic Potassium Sensor.
著者: Ashraf, K.U. / Josts, I. / Mosbahi, K. / Kelly, S.M. / Byron, O. / Smith, B.O. / Walker, D.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2021年10月13日ID: 5FIM
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22022年2月16日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.62023年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium binding protein Kbp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1932
ポリマ－17,1541
非ポリマー391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, NMR Distance Restraints, From inter-molecular 2J 13C=O...203/205Tl+ couplings observed in Kbp.Tl+ complex
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Potassium binding protein Kbp / K(+) binding protein Kbp


分子量: 17154.236 Da / 分子数: 1 / 変異: C-terminal His-tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: kbp, ygaU, yzzM, b2665, JW2640 / プラスミド: pKA1 / 詳細 (発現宿主): pET28 backbone / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADE6
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D 1H-13C NOESY
141isotropic12D HBCBCGHD
151isotropic12D HBCBCGHE
161isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D HBHANH
181isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic13D HN(CA)CB
1111isotropic13D HN(CA)CO
1121isotropic13D HNCO
1131isotropic13D (H)C(CCO)NH
1141isotropic12D 1H-15N HSQC
1151isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.5 mM [U-13C; U-15N] Kbp, 20 mM sodium phosphate, 5 mM potassium chloride, 0.01 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
Label: CN.2 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMKbp[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
5 mMpotassium chloridenatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 25 mM / Label: CN.2 / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2CCPNchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
simulated annealing3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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